计算化学公社

标题: oniom计算时高层中含有金属原子时如何设置混合机组 [打印本页]

作者
Author: zhining 时间: 2021-11-6 21:07
标题: oniom计算时高层中含有金属原子时如何设置混合机组
最近想学一下oniom，想问一下如果高层中含有金属原子，设置混合机组，如何在输入文件里修改机组，便于在linux里计算。不胜感激。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-6 21:15
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“oniom的使用”改了，以后务必注意

没有机组只有基组

说清楚什么程序做的ONIOM
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

当前问题和Linux没有任何直接联系

作者
Author: zhining 时间: 2021-11-7 09:43

sobereva 发表于 2021-11-6 21:15
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

谢谢老师。之前在windows系统里做了一个丙醛分子，使用oniom方法能直接用，但是在linux里试了很多次，显示输入文件里有错误。最后改为如下，才有了输出。虽然直接在oniom里不用混合基组是也可以。但是不知道今后如果有金属的话该如何对应。想问问，最后原子的设定规则如何。谢谢。
#p opt=(cartesian,gdiis) freq oniom(wb97xd/gen:b3lyp/gen)

Title Card Required

0 1 0 1 0 1
C             -1 -0.93076929 -0.87692306 0.00000000 L H 8
H             -1 -0.57411487 -1.88573307 0.00000000 L
H             -1 -0.57409645 -0.37252487 -0.87365150 L
C             -1 -2.47076929 -0.87690409 0.00000000 L
H             -1 -2.82742321 0.13190609 0.00000013 L
H             -1 -2.82744186 -1.38130270 -0.87365137 L
H             -1 -2.82744236 -1.38130250 0.87365128 L
C             0 -0.41742707 -0.15096679 1.25740497 H
O             0 0.77961131 -0.01552715 1.49205839 H
H             0 -1.20234109 0.24184536 1.93764329 H

C O 0
6-31g*
****
H 0
3-21g*
****

C O 0
6-31g*
****
H 0
3-21g
****

C O 0
3-21g*
****
H 0
3-21g
****

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-7 23:19

zhining 发表于 2021-11-7 09:43
谢谢老师。之前在windows系统里做了一个丙醛分子，使用oniom方法能直接用，但是在linux里试了很多次，显 ...

直接用wB97XD结合混合基组就完了，不重要的地方用小基组，重要的地方用大基组。根本就不需要牵扯ONIOM，用ONIOM纯粹是自找麻烦、瞎折腾

作者
Author: zhining 时间: 2021-11-8 14:26

sobereva 发表于 2021-11-7 23:19
直接用wB97XD结合混合基组就完了，不重要的地方用小基组，重要的地方用大基组。根本就不需要牵扯ONIOM， ...

谢谢老师。老师，您好，如果只用混合基组，在大体系中有相同的原子用不一样的基组的时候，应该怎么设置呢？比如一个体系，想固定的地方含碳和贵金属，但是重要的部分也含C和贵金属，应该怎么设置呢？

作者
Author: snljty 时间: 2021-11-8 14:31

zhining 发表于 2021-11-8 14:26
谢谢老师。老师，您好，如果只用混合基组，在大体系中有相同的原子用不一样的基组的时候，应该怎么设置呢 ...

看卢老师博文《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60。顺便，强行分两层还用不同的杂化泛函真的很无厘头，不同杂化泛函计算量差别根本没那么大，至少是同一个数量级的。

作者
Author: zhining 时间: 2021-11-8 18:55

snljty 发表于 2021-11-8 14:31
看卢老师博文《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60。顺便，强 ...

谢谢，这篇看了。只是因为在过程中，体系很大，想要节省时间，把下面的固定住

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-8 19:20

zhining 发表于 2021-11-8 14:26
谢谢老师。老师，您好，如果只用混合基组，在大体系中有相同的原子用不一样的基组的时候，应该怎么设置呢 ...

用原子序号来指定就完了，又不是只能用元素来指定。6楼提到的我的博文里都说了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-8 19:21

zhining 发表于 2021-11-8 18:55
谢谢，这篇看了。只是因为在过程中，体系很大，想要节省时间，把下面的固定住

固定就固定，和用ONIOM有什么关系
混合基组+固定部分原子又不冲突

作者
Author: zhining 时间: 2021-11-9 08:56
懂了懂了，谢谢各位老师

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