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标题: 求助，gromacs冻结分子时遇到问题 [打印本页]

作者
Author: zll 时间: 2021-11-7 11:36
标题: 求助，gromacs冻结分子时遇到问题
求助，我在冻结氧化石墨烯的时候，刚开始只冻结的z方向，然后可能因为xy方向有周期性，孔的位置就发生变化了，然后我把xyz方向都冻结了，所有气体都跑到氧化石墨烯上面去了，在盒子中不是均匀分布了，这是什么问题呢？我用的冻结方式是freeze，想请问一下，这是我哪出问题了吗?这是只冻结Z方向的，气体通过氧化石墨烯很均匀的分布在盒子中。

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这是我冻结了XYZ三个方向的，气体也通过了氧化石墨烯，但是上方和下方的气体都吸附到了氧化石墨烯上。我想问问这个属于很严重的错误吗？有可能是什么原因造成的呢？
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作者
Author: Seymour 时间: 2021-11-8 10:30
氧化石墨烯和气体分子你用的什么力场呀

作者
Author: zll 时间: 2021-11-8 15:40

Seymour 发表于 2021-11-8 10:30
氧化石墨烯和气体分子你用的什么力场呀

opls

作者
Author: Seymour 时间: 2021-11-8 16:07

zll 发表于 2021-11-8 15:40
opls

你做的是自由扩散的话那应该是气体分子和氧化石墨烯的相互作用比较强。你可以查看一下你只冻结Z方向的体系的轨迹，气体分子应该是从边缘扩散的而不是孔洞里。

作者
Author: zll 时间: 2021-11-8 16:12

Seymour 发表于 2021-11-8 16:07
你做的是自由扩散的话那应该是气体分子和氧化石墨烯的相互作用比较强。你可以查看一下你只冻结Z方向的体 ...

好的，谢谢，那就是说我的力场不太符合我这个体系是吗？

作者
Author: Seymour 时间: 2021-11-8 16:45

zll 发表于 2021-11-8 16:12
好的，谢谢，那就是说我的力场不太符合我这个体系是吗？

力场没有问题吧，我见有的文献里用过。之前做过类似体系也出现了一样的问题，问题没有解决但是我觉得体系不太合理就没有再做了。或许你可以试试换个力场

作者
Author: zll 时间: 2021-11-8 16:48

Seymour 发表于 2021-11-8 16:45
力场没有问题吧，我见有的文献里用过。之前做过类似体系也出现了一样的问题，问题没有解决但是我觉得体系 ...

好的，特别感谢，我在试试

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-8 22:39
问题描述得很混乱

都没说清楚“孔”到底是什么、到底要研究什么、期望得到什么现象、遇到的问题是什么、初始结构是什么、模拟的设置是什么（如温度、控压设置等）

作者
Author: zll 时间: 2021-11-9 16:14

sobereva 发表于 2021-11-8 22:39
问题描述得很混乱

都没说清楚“孔”到底是什么、到底要研究什么、期望得到什么现象、遇到的问题是什么、 ...

我想做的是带缺陷的氧化石墨烯-离子液体复合膜分离二氧化碳的研究，缺陷我研究的就是孔，然后首先我想验证一下这个孔的大小能不能让二氧化碳通过，因此我建立了求助中的体系，二氧化碳在氧化石墨烯上方，通过NVT模拟，验证二氧化碳能不能从孔中穿过，由于上方有气体，有压力，模拟完气体把氧化石墨烯推到了盒子最下方，于是我考虑到用冻结的方式固定氧化石墨烯，用的是freeze，刚开始只固定了Z 轴，由于XY方向有周期性，孔的位置就不在中间了，发生了移动，于是我固定了XYZ三个方向，模拟以后二氧化碳都吸附在了氧化石墨烯上，我不知道这个现象是不是一个错误的现象，我期望的结果是气体在盒子里均匀分布，就跟只冻结Z方向一样，因为他们的差别就只是冻结方向的不同，但是结果却相差很大，我不知道哪种应该是正确的结果，然后造成这个结果的原因有可能是什么，想了解一下这个，谢谢老师给我的解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-10 02:12

zll 发表于 2021-11-9 16:14
我想做的是带缺陷的氧化石墨烯-离子液体复合膜分离二氧化碳的研究，缺陷我研究的就是孔，然后首先我想验 ...

和温度有关。如果温度不够高，二氧化碳自然会（主要由于范德华作用）吸附在氧化石墨烯上，温度够高的话二氧化碳才能自发随意运动。但如果力场参数不合适，可能也会导致温度不低的情况仍然看到这种不期望的现象。

NVT下，把氧化石墨烯做XYZ方向的冻结本身是没问题的。

作者
Author: zll 时间: 2021-11-10 08:16

sobereva 发表于 2021-11-10 02:12
和温度有关。如果温度不够高，二氧化碳自然会（主要由于范德华作用）吸附在氧化石墨烯上，温度够高的话二 ...

好的，谢谢老师，我在试试。

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