计算化学公社

标题: CCSD(T)算不动较大体系有没有什么解决办法 [打印本页]

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-11-8 20:08
标题: CCSD(T)算不动较大体系有没有什么解决办法
我需要计算反应能垒，有一个中间体特别大，有6个硝基，42个非氢原子（只含CNO），其他体系是用CCSD(T)/def2TZVPP//M062X/6-311+g(2d,p)算的，这个有点算不动，有没有什么解决办法

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-8 20:25
用orca的DLPNO-CCSD(T)算，计算时间大概也就是DFT的10倍的量级。这么大的体系，高斯之类的软件不可能算得动。
因为DLPNO引入了一些近似，绝对能量和普通的CCSD(T)不可比，所以其他的CCSD(T)单点也要用orca重算才能比较。不过opt+freq不需要重算

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-11-8 20:26
这都2021年快要结束了，DLPNO-CCSD(T)已经很普及了，下载个ORCA，用上DLPNO-CCSD(T)，岂非爽哉？
《用ORCA做DLPNO-CCSD(T)计算》，《ORCA 5.0安装及运行》

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-11-8 20:28

wzkchem5 发表于 2021-11-8 20:25
用orca的DLPNO-CCSD(T)算，计算时间大概也就是DFT的10倍的量级。这么大的体系，高斯之类的软件不可能算得动 ...

闭壳层DLPNO-CCSD(T1) VeryTightSCF TightPNO搭配同样的基组，再开RI，也应该是可以比的吧，都超级接近了。

作者
Author: 红米饭1234 时间: 2021-11-8 21:05
反应位垒没必要用后HF做单点，基组改大一点就行了。推荐 M062X//6-311+g(2d,p)//M062X/6-311g*

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-8 21:10
用DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ，看下文相应部分
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

如果算着还吃力，在ORCA里用PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVPP，看上文，用Multiwfn可以直接产生输入文件，非常方便

PS：如果对势垒精度要求较高，M062X/6-311+g(2d,p)级别不够用。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-8 22:08

zjxitcc 发表于 2021-11-8 13:28
闭壳层DLPNO-CCSD(T1) VeryTightSCF TightPNO搭配同样的基组，再开RI，也应该是可以比的吧，都超级接近了 ...

反正如果是我的话，除非针对我的体系自己做benchmark确认一下，否则不太敢这么减。。。
而且这样做的话写文章也不好写，写我只用高斯或者只用orca都不反映实际情况，如果写有的用高斯有的用orca又会被审稿人喷得体无完肤。。。

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-11-8 23:00

sobereva 发表于 2021-11-8 21:10
用DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ，看下文相应部分
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://so ...

PS：如果对势垒精度要求较高，M062X/6-311+g(2d,p)级别不够用。

有哪些推荐的优化级别？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-8 23:01

mfdsrax2 发表于 2021-11-8 23:00
PS：如果对势垒精度要求较高，M062X/6-311+g(2d,p)级别不够用。

有哪些推荐的优化级别？

我针对的是5L说的，这个级别对于算能量不够用，优化完全足够。实际上加弥散都完全多余

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-12-4 20:56

zjxitcc 发表于 2021-11-8 20:28
闭壳层DLPNO-CCSD(T1) VeryTightSCF TightPNO搭配同样的基组，再开RI，也应该是可以比的吧，都超级接近了 ...

你好，我试了
! DLPNO-CCSD(T1) tightPNO RIJK def2-TZVPP def2-TZVPP/JK def2-TZVPP/C verytightSCF noautostart miniprint nopop

但是提示下面的问题，def2-TZVPP不需要JK吗？
         !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
                              INPUT ERROR
         UNRECOGNIZED OR DUPLICATED KEYWORD(S) IN SIMPLE INPUT LINE
                     DEF2-TZVPP/JK
         !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

作者
Author: biogon 时间: 2021-12-4 22:23

mfdsrax2 发表于 2021-12-4 20:56
你好，我试了
! DLPNO-CCSD(T1) tightPNO RIJK def2-TZVPP def2-TZVPP/JK def2-TZVPP/C verytightSCF no ...

自动生成关键词一下先确认版本

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-12-4 22:24

mfdsrax2 发表于 2021-12-4 20:56
你好，我试了
! DLPNO-CCSD(T1) tightPNO RIJK def2-TZVPP def2-TZVPP/JK def2-TZVPP/C verytightSCF no ...

是def2/JK

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-12-4 23:11

zjxitcc 发表于 2021-12-4 22:24
是def2/JK

好的可以了，程序运行时有两个警告，这个有影响吗？

================================================================================
                                    WARNINGS
                     Please study these warnings very carefully!
================================================================================

WARNING: MDCI localization with Augmented Hessian Foster-Boys
  ===> : Switching off randomization!

WARNING: Post HF methods need fully converged wavefunctions
  ===> : Setting SCFConvForced true
      You can overwrite this default with %scf ConvForced false

INFO : the flag for use of LIBINT has been found!

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-12-4 23:13

zjxitcc 发表于 2021-12-4 22:24
是def2/JK

还有一个问题，RIJK def2/JK和def2-TZVPP/C都是加速方法吗，如果不写是否可以提高精度？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-12-4 23:43

mfdsrax2 发表于 2021-12-4 23:13
还有一个问题，RIJK def2/JK和def2-TZVPP/C都是加速方法吗，如果不写是否可以提高精度？

看如下几篇，了解相关的基本知识
《在ORCA的SCF计算中使用RI近似》
《RI-MP2简介及用ORCA做RI-MP2计算》
《用ORCA做DLPNO-CCSD(T)计算》

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-5 07:14

mfdsrax2 发表于 2021-12-4 23:13
还有一个问题，RIJK def2/JK和def2-TZVPP/C都是加速方法吗，如果不写是否可以提高精度？

里面有简要介绍
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-5 07:14

mfdsrax2 发表于 2021-12-4 23:11
好的可以了，程序运行时有两个警告，这个有影响吗？

============================================== ...

不用管

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-12-5 22:17
每次算到DLPNO BASED TRIPLES CORRECTION这一步都会提示内存不足
[file orca_tools/qcmem.cpp, line 884, Process 24]: OUT OF MEMORY ERROR!
我用48核/2GB内存算16个原子的DLPNO-CCSD/def2-TZVPP，这个是内存给少了吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-12-5 22:36

mfdsrax2 发表于 2021-12-5 15:17
每次算到DLPNO BASED TRIPLES CORRECTION这一步都会提示内存不足
[file orca_tools/qcmem.cpp, line 884, ...

如果每个核都给2GB，应该是够的

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-12-5 22:52

wzkchem5 发表于 2021-12-5 22:36
如果每个核都给2GB，应该是够的

我也觉得，关键词这么些应该是这个意思吧
|  1> ! DLPNO-CCSD(T1) RIJK TightPNO def2-TZVPP def2/JK def2-TZVPP/C tightSCF noautostart miniprint nopop
|  2> %maxcore  2000
|  3> %pal nprocs 48 end
|  4> * xyz 0 1

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-12-5 23:26

mfdsrax2 发表于 2021-12-5 15:52
我也觉得，关键词这么些应该是这个意思吧
| 1> ! DLPNO-CCSD(T1) RIJK TightPNO def2-TZVPP def2/JK de ...

应该没问题。另外你的机子有多大物理内存？maxcore足够不代表内存一定够，必须实际的物理内存也够才行

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-12-5 23:27

wzkchem5 发表于 2021-12-5 23:26
应该没问题。另外你的机子有多大物理内存？maxcore足够不代表内存一定够，必须实际的物理内存也够才行

单节点48核64G内存

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-12-6 00:21

mfdsrax2 发表于 2021-12-5 23:27
单节点48核64G内存

你机子才64G内存，你却在输入文件里指定2*48 = 96G内存？这不明摆着不够用么。。。

敢于指定2*48 = 96G内存的，机子上至少得有128G内存，你这个配置还离得很远。

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-12-6 08:32

zjxitcc 发表于 2021-12-6 00:21
你机子才64G内存，你却在输入文件里指定2*48 = 96G内存？这不明摆着不够用么。。。

敢于指定2*48 = 96 ...

抱歉我写错了，单节点是24核64G内存，计算时用了2个节点

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-12-6 18:27

mfdsrax2 发表于 2021-12-6 01:32
抱歉我写错了，单节点是24核64G内存，计算时用了2个节点

会不会是提交脚本有什么问题，导致其实是在一个节点上跑的？
如果你只用一个节点跑，并且把maxcore相应地设小，看看会不会还出现这个问题？

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-12-8 08:28

wzkchem5 发表于 2021-12-6 18:27
会不会是提交脚本有什么问题，导致其实是在一个节点上跑的？
如果你只用一个节点跑，并且把maxcore相应 ...

我试了一下，内存过大或者过小都会报OUT OF MEMORY ERROR!的错误
用单节点跑，24核/1GB，24核/2GB，12核/5GB，12核/2GB内存都会报内存不足，有的是在算三重激发态时出错，有的还没有算到CCSD就已经出错了，12核/4GB在结束的时候内存不足，但是程序也能正常结束，能够得到结果，只有12核/3GB能够正常算完，不太清楚ORCA的内存策略。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-12-8 16:42

mfdsrax2 发表于 2021-12-8 01:28
我试了一下，内存过大或者过小都会报OUT OF MEMORY ERROR!的错误
用单节点跑，24核/1GB，24核/2GB，12核 ...

这里有两种内存不足，一种是物理内存不足，一种是你设定的内存不足。
程序不知道这个机子有多少物理内存（原则上程序可以知道，但是考虑到当服务器有排队系统的时候，可能你只有权限用其中一部分物理内存，所以一般程序都要求你手动设定内存），它假设你输多少内存就是有多少内存可以用。那么有三种情况：
（1）你设的内存大于、等于、或者只略小于物理内存。此时程序以为你设多少就是有多少，因此用消耗内存比较大的算法，以求计算快，实际做计算才发现内存没那么多，于是不得不从头再来，换用消耗内存更小的算法，但是从写代码的角度，与其自动改用内存消耗较少的算法从头来过，更方便的做法是报错，让用户手动调小内存重跑。
（2）你设的内存明显小于物理内存，且大于那个内存消耗较少的算法消耗的内存。此时皆大欢喜，可以跑完。
（3）你设的内存小于那个内存消耗较少的算法需要的内存。此时没法做计算，程序报错。

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-12-8 17:23

wzkchem5 发表于 2021-12-8 16:42
这里有两种内存不足，一种是物理内存不足，一种是你设定的内存不足。
程序不知道这个机子有多少物理内存 ...

是这样的

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-1-20 20:27

wzkchem5 发表于 2021-12-8 16:42
这里有两种内存不足，一种是物理内存不足，一种是你设定的内存不足。
程序不知道这个机子有多少物理内存 ...

您好，我想问一下CCSD(T)-F12计算和DLPNO-CCSD(T)相比谁好点呢，我看着CCSD(T)-F12结合aug-cc-pVTZ就可以达到CCSD(T)/aug-cc-pV5Z精度。DLPNO-CCSD(T)/aug-cc-pVTZ算几十个原子体系还是很轻松的，CCSD(T)-F12/aug-cc-pVTZ可以算多大体系呢，服务器大概500G内存。我想算一个30原子的有机分子，不知道能不能算的动

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-1-20 22:00
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-1-20 22:02 编辑

七尺贱发表于 2024-1-20 20:27
您好，我想问一下CCSD(T)-F12计算和DLPNO-CCSD(T)相比谁好点呢，我看着CCSD(T)-F12结合aug-cc-pVTZ就可以 ...

你说的比法不成立。要这样比较：
CCSD(T)与CCSD(T)-F12比，差别在F12，同样基组下CCSD(T)-F12更准；
DLPNO-CCSD(T)与CCSD(T)比，前者是后者的近似，同样基组下CCSD(T)更准；
DLPNO-CCSD(T)-F12与CCSD(T)-F12比，前者是后者的近似，同样基组下后者更准。

另外，CCSD(T)-F12/aug-cc-pVTZ应该是算不动30个原子的体系的，DLPNO-CCSD(T)-F12肯定算得动。而且F12方法一般搭配适配基组，例如cc-pVTZ-F12。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-1-20 22:08

zjxitcc 发表于 2024-1-20 22:00
你说的比法不成立。要这样比较：
CCSD(T)与CCSD(T)-F12比，差别在F12，同样基组下CCSD(T)-F12更准；
DL ...

原来如此，谢谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)