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标题: 求问两个药物小分子相互作用的研究方法 [打印本页]

作者
Author: compume 时间: 2016-1-26 14:45
标题: 求问两个药物小分子相互作用的研究方法
请问大家，我想研究两个化学分子之间的相互作用等等，使用什么软件比较好呢？
以及选择什么力场比较合适？

我目前考虑使用gromacs进行模拟分析，然后使用OPLS全原子力场，不知道这个方法靠谱吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-26 16:51
gromacs+OPLS没问题

各种分子动力学程序，Amber、NAMD、Tinker也都可以，力场用gromos、GAFF、CGenFF、MM3、MMFF94也都可以

作者
Author: teller3531 时间: 2016-1-27 09:12
我也做的这方面的工作，我用lammps atom_stlye full cvffl力场做的不知道能不能得到可靠的结果。

作者
Author: compume 时间: 2016-1-27 11:27

sobereva 发表于 2016-1-26 16:51
gromacs+OPLS没问题

各种分子动力学程序，Amber、NAMD、Tinker也都可以，力场用gromos、GAFF、CGenFF、M ...

谢谢sob老师，只是不知道这几种力场那种在小分子方面做得更好

作者
Author: compume 时间: 2016-1-27 11:33

teller3531 发表于 2016-1-27 09:12
我也做的这方面的工作，我用lammps atom_stlye full cvffl力场做的不知道能不能得到可靠的结果。

没有用过lammps哎，我当时是看opls里面有很多不同化学环境的原子类型，所以感觉应该挺靠谱的，就打算用这个……

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-27 12:08

compume 发表于 2016-1-27 11:27
谢谢sob老师，只是不知道这几种力场那种在小分子方面做得更好

你要追求精确直接用量化算就完了。

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