计算化学公社

标题: 求助：大体系吸附的几何优化计算难收敛 [打印本页]

作者
Author: 小萌新 时间: 2021-11-9 10:31
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作者
Author: zhouoh 时间: 2021-11-9 11:31
试试opt=calcfc

作者
Author: biogon 时间: 2021-11-9 12:52

zhouoh 发表于 2021-11-9 11:31
试试opt=calcfc

算不动的

作者
Author: ymygca 时间: 2021-11-10 01:47
https://gaussian.com/integral/
Grid=UltraFine requests a pruned (99,590) grid. It is recommended for molecules containing lots of tetrahedral centers and for computing very low frequency modes of systems. This grid is also useful for optimizations of larger molecules with many soft modes such as methyl rotations, making such optimizations more reliable.

g09 default是fine，g16 default是ultra fine。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-10 02:17
明显不该用PM6，对色散作用描述得一塌糊涂。要么用PM7要么用PM6D3

也不建议高层用M06-2X，比B3LYP-D3(BJ)对于opt freq没额外好处，还耗时高，容易出虚频

你这种体系，最好用GFN-xTB对整体先做个预优化，然后把整个体系直接用B3LYP-D3(BJ)进一步优化，SO2和吸附位点附近的原子用6-311G**，中等重要区域用6-31G*，很不重要的区域直接截掉或者用3-21G凑合一下。用混合基组而甭用ONIOM。下文说了ONIOM能不用就不用
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

之后如果还遇到难收敛，看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

作者
Author: 小萌新 时间: 2021-11-10 09:56

ymygca 发表于 2021-11-10 01:47
https://gaussian.com/integral/
Grid=UltraFine requests a pruned (99,590) grid. It is recommended fo ...

谢谢您的回复，我用的是G16

作者
Author: 小萌新 时间: 2021-11-10 09:57

sobereva 发表于 2021-11-10 02:17
明显不该用PM6，对色散作用描述得一塌糊涂。要么用PM7要么用PM6D3

也不建议高层用M06-2X，比B3LYP-D3(BJ ...

好的，感谢sob老师的解惑！

作者
Author: 小萌新 时间: 2021-11-10 21:27
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作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-11 04:01

小萌新发表于 2021-11-10 21:27
sob老师，我按照您教的方法用GFN2-xTB对体系做了一个预优化，发现SO2的起始位置无论放在哪里，最后都会优 ...

可能是GFN-xTB本身合理性问题。你可以先不考虑SO2，只跑MOF部分看看能否维持

另外，你图中的结构看起来比较小，如果体系能简化到这种程度，就没必要用GFN-xTB了，直接用合适的级别做DFT的优化就完了。

顺带一提，截取出局部后别忘了冻结边缘原子，恰当饱和悬键。

作者
Author: scf 时间: 2021-11-11 04:08
本帖最后由 scf 于 2021-11-11 04:21 编辑

我用xtb算过几次共轭体系，至少在gfn 0的时候经常有散开的趋势（苯环上的羧酸根解离成了二氧化碳）。可能tight binding的形式描述共轭体系有一定困难。

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