计算化学公社

标题: 求助cp2k计算过剩电子的回旋半径和VDE [打印本页]

作者
Author: dhdhdh 时间: 2021-11-10 10:34
标题: 求助cp2k计算过剩电子的回旋半径和VDE
请教大家，cp2k中利用什么样的命令或者脚本，来提取一个体系中过剩电子回旋半径、VDE随时间的变化呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-11 04:46
没有特殊限定下，不要直接用VDE这种可能导致歧义的缩写
说明当前体系是什么特征，过剩电子是怎么来的、怎么衡量

作者
Author: Lyy1 时间: 2023-1-29 19:25
本帖最后由 Lyy1 于 2023-1-29 22:38 编辑

sobereva 发表于 2021-11-11 04:46
没有特殊限定下，不要直接用VDE这种可能导致歧义的缩写
说明当前体系是什么特征，过剩电子是怎么来的、怎 ...

老师您好，我的体系是一个碳笼封装原子后，垂直注入1或2个电子探究电子对原子的影响。想做出类似下面的这种图。所以请问下老师：cp2k用什么命令可以计算VDE、Rg呢？还是只能提取出每个点用高斯逐点计算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-29 22:01

Lyy1 发表于 2023-1-29 19:25
老师您好，我的体系是一个碳笼封装原子后，垂直注入1或2个电子探究电子对原子的影响。想做出类似下面的这 ...

没看见图

作者
Author: Lyy1 时间: 2023-1-29 22:03

sobereva 发表于 2023-1-29 22:01
没看见图

老师现在上传成功了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-30 12:20
VDE/VAE就是不同的态能量求差的简单问题，用CP2K算还是Gaussian等量化程序算都行，后者更好。用CP2K算的话必须记得当非周期性体系算静电作用

回转半径用Multiwfn算，通常可以通过自旋密度描述过量电子的分布。Multiwfn载入CP2K的molden文件，进主功能200的子功能11，选3把函数选成自旋密度，然后选2计算函数中心位置，再选1计算描述函数分布的量，其中就有回转半径

CP2K做动力学过程中可以要求一定帧数输出一次molden文件，结合下文写的方式自己弄个脚本做批处理就完了
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-30 22:01
专门写了篇文章
使用Multiwfn展现过剩电子（excess electron）并计算它的回转半径
http://sobereva.com/658（http://bbs.keinsci.com/thread-34812-1-1.html）

作者
Author: Lyy1 时间: 2023-2-3 21:34

sobereva 发表于 2023-1-30 22:01
专门写了篇文章
使用Multiwfn展现过剩电子（excess electron）并计算它的回转半径
http://sobereva.com/6 ...

老师您好，我仿照您发的这个帖子用cp2k的molden文件和轨道的cube文件分别计算了回旋半径，其中用cube时也把iuserfunc设置为-1了。按着帖子中“基于轨道概率密度计算过剩电子回转半径的例子”进行计算时发现二者计算出的半径不一样，cube文件算出的是4.9埃左右，而Molden文件是9.0埃左右。请问老师应该以cube文件还是Molden文件哪个为准呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-4 05:30

Lyy1 发表于 2023-2-3 21:34
老师您好，我仿照您发的这个帖子用cp2k的molden文件和轨道的cube文件分别计算了回旋半径，其中用cube时也 ...

上传压缩后的具体文件，超过5MB传网盘

作者
Author: Lyy1 时间: 2023-2-4 10:15

sobereva 发表于 2023-2-4 05:30
上传压缩后的具体文件，超过5MB传网盘

老师您看一下
链接：https://pan.baidu.com/s/1PpNvpRkFQBqOlrP9mKFcxw?pwd=iqfp
提取码：iqfp
--来自百度网盘超级会员V4的分享

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-6 01:41

Lyy1 发表于 2023-2-4 10:15
老师您看一下
链接：https://pan.baidu.com/s/1PpNvpRkFQBqOlrP9mKFcxw?pwd=iqfp
提取码：iqfp

说明两个计算的完整操作步骤，体现每一条输入的命令。
并且描述具体你传的cube文件是怎么产生的，具体对应什么函数的格点数据

作者
Author: Lyy1 时间: 2023-2-6 11:15

sobereva 发表于 2023-2-6 01:41
说明两个计算的完整操作步骤，体现每一条输入的命令。
并且描述具体你传的cube文件是怎么产生的，具体对 ...

1.都是启动Multiwfn，输入
6 //修改波函数
26 //修改轨道占据数
0 //选择所有轨道
0 //占据数设为0
332 //alpha-HOMO轨道的序号（进入Multiwfn主功能0的时候在文本窗口就会告诉你HOMO的序号）
1 //电子数设为1。此时总电子密度就正好对应于alpha-HOMO的概率密度了
q //返回
-1 //回到主菜单
200 //主功能200
11 //计算函数中心、一阶、二阶矩和回转半径
2 //计算函数中心。默认的函数就是总电子密度
y //将算出来的中心坐标作为后续计算的参考中心
1 //计算各种量
2.cube文件是cp2k计算时输出的homo轨道的cube

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-7 01:59

Lyy1 发表于 2023-2-6 11:15
1.都是启动Multiwfn，输入
6 //修改波函数
26 //修改轨道占据数

你传了4个文件，哪个是什么都注明清楚
cub文件没法给Multiwfn提供波函数信息，用cub文件当输入文件时按1的做法毫无意义，仔细看下文
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

作者
Author: xmn 时间: 2024-1-6 11:56

sobereva 发表于 2023-2-7 01:59
你传了4个文件，哪个是什么都注明清楚
cub文件没法给Multiwfn提供波函数信息，用cub文件当输入文件时按1 ...

老师好，像CP2K输出了spin.cube文件，没有设置输出molden文件，我之间按照图上方法计算了水合电子的回旋半径，计算结果是8.4埃，与文献中数值不符，cube文件和multiwfn计算的输出文件我上传到网盘了，麻烦老师帮忙看一下。
链接：https://pan.baidu.com/s/166_jx0K1CsLfLl7TbY8qyA
提取码：1234

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-6 18:15

xmn 发表于 2024-1-6 11:56
老师好，像CP2K输出了spin.cube文件，没有设置输出molden文件，我之间按照图上方法计算了水合电子的回旋 ...

你这个是周期性体系，前面的讨论都是孤立体系
multiwfn的这个功能目前不支持周期性体系。Multiwfn明确支持周期性的分析功能看相应版本手册2.9.2.2和2.9.3节。

作者
Author: xmn 时间: 2024-1-18 17:50

sobereva 发表于 2024-1-6 18:15
你这个是周期性体系，前面的讨论都是孤立体系
multiwfn的这个功能目前不支持周期性体系。Multiwfn明确支 ...

老师，我的这个周期性体系算例能够用什么办法准确算出水合电子的回旋半径？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-19 07:18

xmn 发表于 2024-1-18 17:50
老师，我的这个周期性体系算例能够用什么办法准确算出水合电子的回旋半径？

当前的自旋密度分布主要在盒子边缘，如果你平移体系，让主要分布的部分在盒子中央，然后算单点得到molden文件（注意不把[Cell]写进去，让Multiwfn视为孤立体系），再用Multiwfn基于自旋密度计算回转半径，估计倒还可以（但XY方向用更大盒子做模拟会明显更好）

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