计算化学公社

标题: 使用anterchamber进行RESP拟合时报错 [打印本页]

作者
Author: xuxu 时间: 2021-11-10 15:26
标题: 使用anterchamber进行RESP拟合时报错
本帖最后由 xuxu 于 2021-11-10 15:28 编辑

请问下各位老师，在使用antechamber拟合MG的电荷时报错了，如下图，这应该怎样修改命令（antechamber -fi gout -fo ac -i WT.log -o WT_resp.ac -c resp -rn WT）呢？
报错内容：Welcome to antechamber 19.0: molecular input file processor.

acdoctor mode is on: check and diagnose problems in the input file.
-- Check Format for Gaussian Output File --
Status: pass
-- Check Unusual Elements --
Warning: Unusual element (Mg) for atom (ID: 8, Name: Mg1).
Warning: Unusual element (Mg) for atom (ID: 9, Name: Mg2).
/home/programs/amber18/bin/to_be_dispatched/antechamber: Fatal Error!
GAFF does not have sufficient parameters for molecules having unusual
   elements (those other than H,C,N,O,S,P and halogens).
   To ensure antechamber works properly, one may need to designate
   bond types for bonds involved with unusual elements.
   To do so, simply freeze the bond types by appending "F" or "f"
   to the corresponding bond types in ac or mol2 files
   and rerun antechamber without unusual element checking via:
   antechamber -dr no

作者
Author: coolrainbow 时间: 2021-11-10 16:41
Multiwfn里面的RESP拟合已经足够好了，用那个就行

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-10 21:22
antechamber局限性非常大，有机体系以外的体系大多没法搞

Multiwfn是最灵活强大普适的计算RESP电荷的程序，对任何体系都能非常方便地算RESP电荷，有了这个就再也没必要用antechamber算RESP电荷了
仔细看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

作者
Author: xuxu 时间: 2021-11-11 09:54
本帖最后由 xuxu 于 2021-11-11 09:56 编辑

sobereva 发表于 2021-11-10 21:22
antechamber局限性非常大，有机体系以外的体系大多没法搞

Multiwfn是最灵活强大普适的计算RESP电荷的程 ...

好的，sob老师，multiwfn是不是可以计算esp，我是不是不需要再像antechamber一样需要用gaussian计算esp了？是不是可以直接用优化完的fchk文件作为输入文件使用multiwfn计算

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-12 00:18

xuxu 发表于 2021-11-11 09:54
好的，sob老师，multiwfn是不是可以计算esp，我是不是不需要再像antechamber一样需要用gaussian计算esp了 ...

当然是，而且速度极快
这里有对比测试：
Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表！
http://sobereva.com/614（http://bbs.keinsci.com/thread-24940-1-1.html）

本来下文里的例子就都是用的fch文件，一看便知
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: xuxu 时间: 2021-11-14 09:41
请问sob老师，进行gauss优化完后，直接用Multiwfn进行resp拟合与gauss优化+esp计算后使用Multiwfn进行resp拟合区别大吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-14 09:49

xuxu 发表于 2021-11-14 09:41
请问sob老师，进行gauss优化完后，直接用Multiwfn进行resp拟合与gauss优化+esp计算后使用Multiwfn进行resp ...

毫无必要用Gaussian算拟合静电势电荷，这又不影响Multiwfn算RESP电荷的结果，显然写相应关键词毫无意义，还因此多浪费计算时间。

作者
Author: xuxu 时间: 2021-11-14 10:23
好的，谢谢sob老师，我是看您之前的例子里面有的用gaussian算了opt+esp后再导入到Multiwfn的

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-15 03:34

xuxu 发表于 2021-11-14 10:23
好的，谢谢sob老师，我是看您之前的例子里面有的用gaussian算了opt+esp后再导入到Multiwfn的

我不知道你看的什么例子。如果是指此文的《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》（http://sobereva.com/441）

先选择一次选项8把状态切换为Yes后，在计算RESP或普通拟合静电势过程中，Multiwfn会从用户输入的Gaussian的pop=MK或pop=CHELPG并带有IOp(6/33=2)关键词的任务的输出文件中直接读取拟合点的位置和拟合点上的静电势数值，此时Multiwfn就不会自己去设定拟合点位置并计算静电势了。另外，Gaussian还有个选项IOp(6/42=x)，x是设定用pop=MK做拟合静电势电荷计算时候每平方埃上的拟合点数，建议用6，这也正对应于Multiwfn默认的情况。一般来说，从Gaussian输出文件里读取拟合点的这个功能一般用不着，但如果你习惯在服务器上做计算，而在配置不怎么样的PC上用Multiwfn做分析和写文章，那么就这个功能就能派上用场了，在PC上计算拟合静电势电荷时直接读服务器上产生的带有拟合点信息的Gaussian输出文件即可。还有，如果你可能对一个体系多次计算拟合静电势电荷，每次计算用不同的设置，那么产生带有拟合点信息的Gaussian输出文件后，就不用每次做拟合静电势计算的时候重算静电势了，省了很多时间。

什么特定前提下才适合这么用IOp和pop=MK/CHELPG在上面都写明了。

博文里几乎所有例子都是直接用的fch文件，完全没提过要用pop=MK/CHELPG，没法理解你怎么会产生那种理应要加关键词让Gaussian算MK/CHELPG电荷的认识。

作者
Author: xuxu 时间: 2021-11-22 17:12
sob老师，我的意思是需要用gaussian计算静电势吗？还是Multiwfn也可以计算静电势？

作者
Author: snljty 时间: 2021-11-22 17:47

xuxu 发表于 2021-11-22 17:12
sob老师，我的意思是需要用gaussian计算静电势吗？还是Multiwfn也可以计算静电势？

先把卢老师给你的链接认真看完。

作者
Author: xuxu 时间: 2021-11-22 17:55
ok，我知道了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)