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标题: 求助两个催化剂催化小分子的过渡态寻找 [打印本页]

作者
Author: 半凡轩轩 时间: 2021-11-10 20:38
标题: 求助两个催化剂催化小分子的过渡态寻找
老师好，使用GAUSSIAN猜测过渡态时，我的是一个反应物A，两个催化剂(B、C)，之前做过一个催化剂A和一个小分子B的过渡态都找出来了，现在我计算加两种催化剂的协同影响，来和实验的结果相互印证，过渡态一直没找出来，一直是9999报错，输出文件往上翻是 Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 131
-- Flag reset to prevent archiving.

，optimization plot中没有震荡，大体上收敛，我把最后一步结构保存后又算了一遍，结果还是9999报错，之前调节过多次初猜结构，也是这个问题。除此之外，加两个催化剂后，催化剂的摆放也比放一个的时候情况多得多，不知道怎么摆放，我想问问我这样考虑两个催化剂有没有意义，如果有是我的方法不对吗？谢谢老师指点。附件glu8是第一次的输入文件，glu8-1是第二次的输入文件。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-10 21:43
一般如果两个催化剂协同影响一个反应，更多情况下是两个催化剂各自影响两个不同的基元反应，而不是两个催化剂同时在同一步基元反应参与反应。即便两个催化剂影响的是同一个基元反应，绝大部分情况下也是先有一个催化剂和底物结合，另一个催化剂再过来，也就是原来的一步基元反应在两个催化剂的存在下变成了两个基元反应。这是因为三分子基元反应极其少见，直觉上认为是三分子的反应，实际上往往分为两个双分子反应，分步完成。

作者
Author: 半凡轩轩 时间: 2021-11-11 16:38
谢谢老师的解答，还请教一下老师，如果考虑是影响的同一个基元反应，您说的先有一个催化剂与底物相结合，这个怎么理解？因为我的反应物是氨基酸小分子，催化剂是两种盐，实验时是将催化剂和反应物混合后反应，盐和氨基酸在结构上如何结合呢？

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