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标题: 求助含表面活性剂的油水界面表面张力如何计算 [打印本页]

作者
Author: 努力学习 时间: 2021-11-10 20:43
标题: 求助含表面活性剂的油水界面表面张力如何计算
各位老师好，我在使用gromacs计算表面张力时，用了sob老师讲的方法，但是根据该公式计算的表面张力却是负值，我重复跑了好几遍体系依旧存在该问题，所以来向各位老师求教。

ppt出处：北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）
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Author: Entropy.S.I 时间: 2021-11-10 21:32
1. 在NPT下平衡足够长的时间，至少20ns。注意把x/y方向压缩系数设置为0，否则因为界面张力的影响盒子x/y方向尺寸会一直缩小直到x/y方向压力接近ref_p，最终导致界面张力为负数，此时你看MD输出的结构会发现盒子变得细长，甚至有表面活性剂掉进水里。
2. 凝聚相压力波动很大，需要设置很小的nstenergy值以增加压力采样数。
3. 做到以上两点，你计算pres_xx、pres_yy、pres_zz时理应得到很接近于0的Error Estimate和Total-Drift，这样的数据用来获取界面张力是准确的。

作者
Author: 努力学习 时间: 2021-11-11 12:55

Entropy.S.I 发表于 2021-11-10 21:32
1. 在NPT下平衡足够长的时间，至少20ns。注意把x/y方向压缩系数设置为0，否则因为界面张力的影响盒子x/y方 ...

谢谢老师解答，请问怎么设置xy方向的压缩系数为0呢？是在mdp文件里设置吗

作者
Author: 努力学习 时间: 2021-11-11 13:03

Entropy.S.I 发表于 2021-11-10 21:32
1. 在NPT下平衡足够长的时间，至少20ns。注意把x/y方向压缩系数设置为0，否则因为界面张力的影响盒子x/y方 ...

这是我npt模拟的mdp文件，已经设置nstenergy为500了，还要更小吗？能帮我看看我的mdp文件还有什么其他问题吗

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2021-11-11 14:08

努力学习发表于 2021-11-11 13:03
这是我npt模拟的mdp文件，已经设置nstenergy为500了，还要更小吗？能帮我看看我的mdp文件还有什么其他问 ...

nstenergy = 50
pcoupltype = semiisotropic
ref_p = 1.01325 1.01325
compressibility = 0 4.5e-5
如果你的机器速度比较快，可以试试rcoulomb=rvdw=1.4，更精确地考虑范德华作用有利于提升界面/表面张力计算的准确度。
另外，平衡相模拟时应该用Berendsen压力耦合，防止震荡，如果这是Production run的MDP，当我没说…

作者
Author: 努力学习 时间: 2021-11-11 14:26

Entropy.S.I 发表于 2021-11-11 14:08
nstenergy = 50
pcoupltype = semiisotropic
ref_p = 1.01325 1.01325

多谢老师指点，我的是平衡时的mdp文件，已经改成berendsen了，这样没问题了吧

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2021-11-11 14:38

努力学习发表于 2021-11-11 14:26
多谢老师指点，我的是平衡时的mdp文件，已经改成berendsen了，这样没问题了吧

ok了

作者
Author: chema 时间: 2022-11-13 21:58

Entropy.S.I 发表于 2021-11-10 21:32
1. 在NPT下平衡足够长的时间，至少20ns。注意把x/y方向压缩系数设置为0，否则因为界面张力的影响盒子x/y方 ...

老师您好，请问我如果想对体系的x/y方向控压，z方向不控压。
应当设置为
ref_p = 1.01325 1.01325
compressibility = 0 4.5e-5
还是
ref_p = 1.01325 1.01325
compressibility = 4.5e-5 0

作者
Author: tllll 时间: 2024-3-26 21:54
请问楼主问题解决了吗，也遇到了表面张力为负值的情况，但是按上述老师说的修改并未改善

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-6-12 15:12

Entropy.S.I 发表于 2021-11-11 14:08
nstenergy = 50
pcoupltype = semiisotropic
ref_p = 1.01325 1.01325

请问老师如果界面是垂直于x轴，pcoupltype 应该怎么设置？还是一样的吗

作者
Author: 3163582842 时间: 2024-9-5 09:26
那按照这个公式，岂不是lz取的越大，表面张力越大，lz应该取多少呢？

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-11-27 20:26

Entropy.S.I 发表于 2021-11-10 21:32
1. 在NPT下平衡足够长的时间，至少20ns。注意把x/y方向压缩系数设置为0，否则因为界面张力的影响盒子x/y方 ...

老师你好，想请问一下你跑需要计算界面张力的模拟时的经验，npt平衡跑20ns，生产步骤跑多久比较合理呀？
我自己跑模拟npt平衡跑5ns，生产跑20ns，但两次跑出来界面张力值差距差了快一倍

作者
Author: xishaofan 时间: 2025-1-9 12:28

Entropy.S.I 发表于 2021-11-11 14:08
nstenergy = 50
pcoupltype = semiisotropic
ref_p = 1.01325 1.01325

老师，我用的gaff力场，如果修改要修改成rcoulomb=rvdw=1.4，是不是应该能量最小化，平衡，生产都要修改一致。

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