计算化学公社

标题: 如何分析轨迹中金属离子和蛋白作用 [打印本页]

作者
Author: vandenberg 时间: 2021-11-11 11:20
标题: 如何分析轨迹中金属离子和蛋白作用
各位老师，如何分析轨迹中可能和金属离子发生相互作用的氨基酸残基呢？
谢谢

作者
Author: 牧生 时间: 2021-11-11 13:04
http://sobereva.com/598

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-11 16:41
用gmx pairdist可以分析金属离子和特定的组（比如特定残基）最近距离随时间的变化，由此可分析接触情况。也可以用gmx mindist计算二者间在模拟过程中的最近距离。其它基于结构的分析可以结合实际情况，自己写VMD tcl脚本分析。

也建议用下文的图形化分析方法
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
http://sobereva.com/591（http://bbs.keinsci.com/thread-21826-1-1.html）

作者
Author: HZW 时间: 2021-11-11 21:23

sobereva 发表于 2021-11-11 16:41
用gmx pairdist可以分析金属离子和特定的组（比如特定残基）最近距离随时间的变化，由此可分析接触情况。也 ...

请问下卢老师如何判断金属离子和生物大分子的最佳结合位点呢，比如DNA G-quadruplex和K离子的配位

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-12 00:14

HZW 发表于 2021-11-11 21:23
请问下卢老师如何判断金属离子和生物大分子的最佳结合位点呢，比如DNA G-quadruplex和K离子的配位

你可以加很多KCl，跑长时间动力学，统计一下钾离子空间分布，看哪里最多

作者
Author: HZW 时间: 2021-11-12 12:52

sobereva 发表于 2021-11-12 00:14
你可以加很多KCl，跑长时间动力学，统计一下钾离子空间分布，看哪里最多

好的，谢谢卢老师，我试试

作者
Author: vandenberg 时间: 2021-11-12 17:51

sobereva 发表于 2021-11-11 16:41
用gmx pairdist可以分析金属离子和特定的组（比如特定残基）最近距离随时间的变化，由此可分析接触情况。也 ...

精彩谢谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)