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标题: 酸碱水三种环境下的结构变化情况模拟的gromacs mdp文件求助 [打印本页]

作者
Author: tww 时间: 2021-11-11 16:44
标题: 酸碱水三种环境下的结构变化情况模拟的gromacs mdp文件求助
本帖最后由 tww 于 2021-11-12 10:40 编辑

我将蛋白在酸碱水三种环境下进行模拟，三种环境下的力场均为amber99sb,水环境下直接跟着官网的教程走，酸碱两种环境下现在H++上对蛋白进行质子化，然后通过脚本amb2gmx.py(文件中有)将H++网站上生成的.crd和.top文件生成为model_GMX.gro和model_GMX.top文件，后面的流程基本上跟水环境下模拟相同。mdp文件是根据官网教程更改，nvt、npt时长为1ns，md为200ns，温度我更改为363K（90摄氏度），最后结果发现三种环境的结果很接近，想请教一下大家是不是我的mdp文件设置的参数有问题（文件已经上传，只上传了酸环境下，因为三种环境下的mdp文件一样）。并且会出现如图片所示的note，想问问这个是不是也跟mdp文件有关。ps:第一次的提问说的很不详细，感谢各位老师的提醒，以后提问会尽可能完善

作者
Author: zaqxs234 时间: 2021-11-11 16:47

先把mdp文件传上来再说吧，跑NPT、还是NVT都没说清楚，怎么回答

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-11 17:33
这提示只和计算效率有关，跟模拟结果无关

什么模拟细节都没有，三种情况质子化位点相差在哪里，什么条件跑的，跑了多长时间，用的什么力场等等一概不提，谁也没法回答。

仔细看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: tww 时间: 2021-11-12 10:38

zaqxs234 发表于 2021-11-11 16:47
先把mdp文件传上来再说吧，跑NPT、还是NVT都没说清楚，怎么回答

已重新编辑，麻烦老师您看一下

作者
Author: tww 时间: 2021-11-15 11:11

zaqxs234 发表于 2021-11-11 16:47
先把mdp文件传上来再说吧，跑NPT、还是NVT都没说清楚，怎么回答

我已经重新编辑了，麻烦您看一下，给我一些建议

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