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标题: 关于醇类-水-硼酸分子混合体系计算力场的选择问题 [打印本页]

作者
Author: zhufayan 时间: 2021-11-11 18:12
标题: 关于醇类-水-硼酸分子混合体系计算力场的选择问题
各位老师好，最近我打算采用Gromacs模拟醇类-水-硼酸分子混合体系，想研究不同醇类对硼酸的萃取性能方面的问题。请问我研究上述混合体系时应该选择哪类力场？
另外我选用oplsaa力场研究Mg(NO3)2-H2O体系时审稿人提出的问题是“MD simulations based on non-polarizable model for a charged system is not reliable”。因此我对力场的选择现在很谨慎，如果我研究醇类-水-硼酸分子混合体系时最好选用哪个力场，请各位老师给我提供一些建议。非常感谢！！！

作者
Author: naoki 时间: 2021-11-11 19:20
1. GAFF没硼元素，如果你能从文献中找合适硼酸的参数，添加到GAFF力场用也行。OPLSAA也完全能用。
2. 低浓度完全没问题啊，浓度高了需要用可极化力场。按这位审稿人的说法，带离子的体系都不能用普通力场了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-12 00:07
醇类萃取硼酸很可能是一个共价萃取过程，也就是通过生成硼酸酯来萃取。如果确实如此的话，gromacs肯定是不适用的，应该用高斯、ORCA等量化软件，把这个反应当成一个化学反应来算。只不过这个化学反应的各个物种在不同的溶剂相里面，也就是硼酸(aq) + 3 醇(醇) -> 硼酸酯(醇) + 3 H2O(aq)，算这个反应的deltaG，然后换算成平衡常数就行了

作者
Author: zhufayan 时间: 2021-11-12 17:22

naoki 发表于 2021-11-11 19:20
1. GAFF没硼元素，如果你能从文献中找合适硼酸的参数，添加到GAFF力场用也行。OPLSAA也完全能用。
2. 低浓 ...

谢谢老师

作者
Author: zhufayan 时间: 2021-11-12 17:25

wzkchem5 发表于 2021-11-12 00:07
醇类萃取硼酸很可能是一个共价萃取过程，也就是通过生成硼酸酯来萃取。如果确实如此的话，gromacs肯定是不 ...

老师的意见非常有道理，能不能加个微信或其他联系方式，详细请教下？
我的微信号是：Xiblang 但不知啥原因，好多情况下搜不到这个号
手机号13997193738； QQ：674952929

作者
Author: sun666 时间: 2021-11-13 09:28

wzkchem5 发表于 2021-11-12 00:07
醇类萃取硼酸很可能是一个共价萃取过程，也就是通过生成硼酸酯来萃取。如果确实如此的话，gromacs肯定是不 ...

这种萃取过程算deltaG时都应该按您这样在各自溶剂中算单点能吗

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Author: wzkchem5 时间: 2021-11-13 16:01

sun666 发表于 2021-11-13 02:28
这种萃取过程算deltaG时都应该按您这样在各自溶剂中算单点能吗

对，都可以这样算。即使是非共价萃取过程，这样算也可以，只不过此时MD可能会更准一些（尤其假如有非常准确的力场的话）。共价萃取就必须用ab initio方法，但AIMD又跑不动，所以只能这样做

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