计算化学公社

标题: 关于mopac计算弱相互作用体系速率的问题 [打印本页]

作者
Author: 18217265596 时间: 2021-11-12 13:41
标题: 关于mopac计算弱相互作用体系速率的问题
在学习了这篇博文http://sobereva.com/214  后大体系弱相互作用计算的解决之道本人尝试用mopac进行类似的测试是一个蛋白质+配体体系算单点能
关键词
1 PM6-D3H4 CHARGE=-9 MOZYME
2 ac
3 abc

一共4400个原子用4核/单核计算速度非常慢远比社长的“PM7 MOZYME 1/4threads 323.8/325.5s -16765.64836 KCAL/MOL，用了300MB内存"时间久
附上对应的mop文件
算了近四个小时算到了
9304  CYCLE: 162 TIME: 113.973 TIME LEFT:  1.84D  GRAD.: 123.258 HEAT: -22337.42
9305  CYCLE: 163 TIME:  79.930 TIME LEFT:  1.84D  GRAD.: 76.262 HEAT: -22342.61
请问是我哪里做的有问题吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-12 19:31
看清楚文中写的

计算任务都是算体系的单点能

MOPAC默认做的是几何优化

作者
Author: 18217265596 时间: 2021-11-15 09:01

sobereva 发表于 2021-11-12 19:31
看清楚文中写的
MOPAC默认做的是几何优化

感谢社长我以为mopac和其它软件一样不加关键词默认是sp

作者
Author: 18217265596 时间: 2021-11-15 15:12

sobereva 发表于 2021-11-12 19:31
看清楚文中写的
MOPAC默认做的是几何优化

社长请问我算一个蛋白和小分子互作
在用xtb 在gfn0 xtb/gfnff 带与不带隐式溶剂用gbsa和alpb溶剂
和在mopac下用PM7/ PM6D3H4
算的相互作用能有较大差别，请问可信度/参考价值应如何取舍？
单位均为kcal/mol
gfn0 43.08 gfnff -86.46 gfnff with gbsa water -6.4866 gfn0 with gbsa waer -14.89 gfnff with gbsa water -7.003 mopac PM6D3H4 74.0
或者再加上mmpbsa/gbsa
这些方法算互作的优劣您怎么看？
还是说取互作区域做簇模型

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-15 15:42

18217265596 发表于 2021-11-15 08:12
社长请问我算一个蛋白和小分子互作
在用xtb 在gfn0 xtb/gfnff 带与不带隐式溶剂用gbsa和alpb溶剂
和 ...

这里的每个计算都在相应级别下重新优化了结构吗

作者
Author: 18217265596 时间: 2021-11-15 15:44

wzkchem5 发表于 2021-11-15 15:42
这里的每个计算都在相应级别下重新优化了结构吗

没有结构是朋友提供的尚未问过是晶体来源还是什么来源
但蛋白结构来自晶体小分子结构来自晶体或数据库都是实验结构还需要进一步优化各自吗/还是说需要优化复合物结构？
如果复合物结构来自晶体应当是没必要用计算方法优化的吧？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-15 15:48

18217265596 发表于 2021-11-15 08:44
没有结构是朋友提供的尚未问过是晶体来源还是什么来源
但蛋白结构来自晶体小分子结构来自晶体或数据 ...

首先氢原子必须优化，因为大部分氢原子是XRD解不出来的。其次蛋白晶体结构的原子分辨率很差，所以但凡是涉及蛋白的计算都要把所有物种都优化一下，严格的处理还需要跑动力学跑平衡。其实即便是晶体结构质量很好的小分子，一般也需要优化一下，除非确实找不到足够准确的结构优化方法。参见http://sobereva.com/569

作者
Author: 18217265596 时间: 2021-11-15 16:00

wzkchem5 发表于 2021-11-15 15:48
首先氢原子必须优化，因为大部分氢原子是XRD解不出来的。其次蛋白晶体结构的原子分辨率很差，所以但凡是 ...

好的您的意思是在每个不同的方法计算前分别用对应的方法优化吗？
对蛋白体系用mopac可能优化不动
您认为是在每个方法下限制重原子优化氢好一点，还是我统一的拿动力学平衡的模型/rosetta优化的模型去算呢

作者
Author: 18217265596 时间: 2021-11-15 16:02

wzkchem5 发表于 2021-11-15 15:48
首先氢原子必须优化，因为大部分氢原子是XRD解不出来的。其次蛋白晶体结构的原子分辨率很差，所以但凡是 ...

另外对同一结构的不同方法计算的结合能差别较大也不仅是未在对应方法下优化的问题吧？
我仍然对这些方法计算的结合能可信度/可参考程度有疑惑
这个方面您怎么看？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-15 17:01

18217265596 发表于 2021-11-15 09:00
好的您的意思是在每个不同的方法计算前分别用对应的方法优化吗？
对蛋白体系用mopac可能优化不动
您认 ...

个人觉得还是跑一下动力学比较好。
当计算方法足够准确的时候，优化级别和单点级别不一致没关系。但是如果优化和单点的计算方法误差都很大，可能两者统一比较好。比如假如PM6D3H4会高估vdW络合物的平衡距离，但是vdW结合能比较准，那么实验结构很可能处在PM6D3H4的势能面的排斥区，所以结合能为正。但是如果在PM6D3H4级别下优化过，可能结果就合理了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-16 01:02

18217265596 发表于 2021-11-15 15:44
没有结构是朋友提供的尚未问过是晶体来源还是什么来源
但蛋白结构来自晶体小分子结构来自晶体或数据 ...

如果复合结构是晶体结构，若解析度较高，只优化氢原子，若解析度较低，所有原子都优化。
半经验、GFN-xTB做个优化还可以，不建议用这个级别算相互作用能。从复合物里抠个<300原子的簇，用DFT计算相互作用能可靠度高得多得多。相关知识看
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

如果复合物是分子对接得到的，由于对口袋处的残基考虑不够充分，应当跑一段MD，之后再做优化和结合能计算。

作者
Author: 18217265596 时间: 2021-11-17 12:29

sobereva 发表于 2021-11-16 01:02
如果复合结构是晶体结构，若解析度较高，只优化氢原子，若解析度较低，所有原子都优化。
半经验、GFN-xT ...

收到谢谢社长的指导

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-17 12:35
Mopac优化其实还是蛮快的，PM6-D3H4/MOZYME带隐式溶剂模型优化个核酸-小肽复合物晶体结构(大概1000多原子)在i5-10500上也就是两小时不到，这玩意真到大体系还是其他半经验程序比不了的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)