计算化学公社

标题: 求助：genmixmem建模后拓扑如何产生？ [打印本页]

作者
Author: tanyingjia 时间: 2021-11-13 12:14
标题: 求助：genmixmem建模后拓扑如何产生？
求助，因为genmixmem建膜很方便，对照这sob老师的帖子操作，因为有些地方也没有理解。我在使用genmixmem程序建膜后，上下个128 popc 在后续的优化中发现拓扑没有，我在使用gromacs54a7力场中发现有popc.itp但是里面貌似只有一条链的拓扑信息。所以包含上下各128个popc的磷脂分子膜的gromacs力场的拓扑如何得到。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-13 13:29
顺序正确正常写top就完了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-14 06:53
我在《生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem》（http://sobereva.com/245）里增加了第4节专门说了怎么产生膜的GROMACS的拓扑文件。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)