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标题: 关于蛋白质模拟问题 [打印本页]

作者
Author: yangjunfang 时间: 2021-11-13 13:35
标题: 关于蛋白质模拟问题
各位前辈好，我从RCSB中取出蛋白质之后删除了结晶水和一些没用的小分子进行分子动力学模拟，使用pbd2gmx产生力场时出现了如图的问题，检查了蛋白质PDB文件发现988号残基缺少一部分原子，这个应该怎么办？需要自己补充出来吗？还是有什么解决办法吗

作者
Author: tanyingjia 时间: 2021-11-13 14:39
主要缺少的氢原子吧，你可以的-ignh忽略氢原子，它会根据力场添加或者减少氢原子。如果对端点残基HIE有特定得要求，可以手动添加氢原子

作者
Author: yangjunfang 时间: 2021-11-13 15:40
本帖最后由 yangjunfang 于 2021-11-13 15:56 编辑

tanyingjia 发表于 2021-11-13 14:39
主要缺少的氢原子吧，你可以的-ignh忽略氢原子，它会根据力场添加或者减少氢原子。如果对端点残基HIE有特 ...

不是，是缺少一个HIS的环，我手动添加了，然后又出现了下图这样的问题，这个怎么解决啊，而且我检查了residue 1，它的残基名字也不是GLU，而是ALA，如图二。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-14 05:20

yangjunfang 发表于 2021-11-13 15:40
不是，是缺少一个HIS的环，我手动添加了，然后又出现了下图这样的问题，这个怎么解决啊，而且我检查了res ...

不得24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新社员必读贴。群里已经给你回了，VMD的residue是从0开始记的，对应pdb文件里第1个残基。

作者
Author: 言葉似風 时间: 2021-11-15 21:46

tanyingjia 发表于 2021-11-13 14:39
主要缺少的氢原子吧，你可以的-ignh忽略氢原子，它会根据力场添加或者减少氢原子。如果对端点残基HIE有特 ...

请问具体点需要怎么解决呢，我遇到了类似的问题，已经新发了帖子，谢谢！

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