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标题: 如何计算结构中每一个原子的自由能？ [打印本页]

作者
Author: 不知去向的小狼 时间: 2021-11-13 20:56
标题: 如何计算结构中每一个原子的自由能？
edr文件中包含了原子的xyz坐标和角变量等，但是没有每个原子的自由能，这个问题可以用gmx什么功能计算出来？还是得用mmdpsa脚本？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-14 04:26
每一个原子的自由能怎么定义

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-14 05:15
那叫mmpbsa
mmpbsa是用来算两个片段的结合自由能的，和原子的自由能也完全没有任何关系
“原子的自由能”这种描述非常莫名其妙，直接说清楚想算什么问题

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-14 18:10
自由能是体系整体的性质，不能分解成原子的贡献之和

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