计算化学公社

标题: 用amber的acpype做水合氢离子的top文件报错 [打印本页]

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2021-11-13 21:06
标题: 用amber的acpype做水合氢离子的top文件报错
用multifwn算了电荷，利用mol2计算，一直报错，不知道原因。麻烦sob老师看一下帮帮我吧
以下为报错说明
./acpype.py -i H3O.mol2
============================================================================
| ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE v. 0 0 Rev: 0 (c) 2021 AWSdS |
============================================================================
WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'
Total time of execution: less than a second

这是我的mol2文件

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2021-11-13 21:11
在线计算提交也报错，输出文件是For atom (.R.A) could not find vdW (or other) parameters for type (DU)
我的mol2文件里没有DU。烦请社长帮忙解答吧辛苦！

作者
Author: 牧生 时间: 2021-11-13 21:29

可以用在线版http://bio2byte.be/acpype/，我觉得在线版挺好用，速度也很快

作者
Author: ggdh 时间: 2021-11-14 00:34
本帖最后由 ggdh 于 2021-11-15 13:20 编辑

我发现了一个特别好用的软件ztop
做你这个H3O，3分钟搞定，用了resp2电荷，还顺便优化了键长键角参数（H2O和H3O的键角差3度），不过还需要你把H的vdw参数拷贝一下（后来发现HO的LJ参数就是0，不用拷贝）

ztop.py -g "H.mol2;q=resp2;charge=1" -r e -o H3O.top

复制代码

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-14 05:16
acpype这种主要用于有机体系的东西搞不了H3O+这么特殊的体系

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2021-11-15 08:46

牧生发表于 2021-11-13 21:29
可以用在线版http://bio2byte.be/acpype/，我觉得在线版挺好用，速度也很快

我用了在线版本，也在报错

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2021-11-15 08:48
本帖最后由雨雨xt 于 2021-11-15 08:56 编辑

ggdh 发表于 2021-11-14 00:34
我发现了一个特别好用的软件ztop
做你这个H3O，3分钟搞定，用了resp2电荷，还顺便优化了键长键角参数（H2O ...

非常感谢！不过不太理解怎么拷贝H的VDW数据呢，还麻烦你稍微详细说一下，我还是个初学者

我是用高斯进行计算，您说的这个是不是VASP需要修改的呢

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2021-11-15 08:49

sobereva 发表于 2021-11-14 05:16
acpype这种主要用于有机体系的东西搞不了H3O+这么特殊的体系

感谢sob老师抽空回答，我因为能通过修改脚本获得氢氧根的，所以猜测能得到水合氢离子的，那这么看我是不是可以尝试自己写水合氢离子的top呢

作者
Author: ggdh 时间: 2021-11-15 13:19
本帖最后由 ggdh 于 2021-11-15 13:20 编辑

雨雨xt 发表于 2021-11-15 08:48
非常感谢！不过不太理解怎么拷贝H的VDW数据呢，还麻烦你稍微详细说一下，我还是个初学者我是 ...

不用拷贝了我看到top文件中的LJ参数是0，我以为是他没有识别。后来我去看了一下gaff2中的定义，发现ho或者hw类型的H的lj参数就是0。哈哈这里是我无知了

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2021-11-16 08:25

ggdh 发表于 2021-11-15 13:19
不用拷贝了我看到top文件中的LJ参数是0，我以为是他没有识别。后来我去看了一下gaff2中的定义，发现ho或 ...

好的哈哈

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)