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标题: 求助，pdb2gmx过程中报错Incomplete ring in HIS367 [打印本页]

作者
Author: 言葉似風 时间: 2021-11-15 15:39
标题: 求助，pdb2gmx过程中报错Incomplete ring in HIS367
如题，选择的gromacs版本为支持AVX2版的gmx2020.6版本，蛋白质为rcsb数据库下载，并进行了去水与去除配体等处理，力场选用为charmm36-feb2021.ff在进行pdb2gmx过程中，弹出如下提示：
(, 下载次数 Times of downloads: 24)
经查询后，发现可能是蛋白质结构不完整，尝试采用chimera1.13.1版进行修复，但未发现缺失残基的红框，修复失败。（chainB也未发现缺失）
(, 下载次数 Times of downloads: 23)
求问：
1.如何确认蛋白质链具体何处不完整？
2.如何对其进行修复？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-15 23:28
在VMD等可视化程序里肉眼看看HIS367是否缺原子，如果是，通过WHAT IF在线服务器、PDB2PQR在线服务器等都可以修补。

作者
Author: 言葉似風 时间: 2021-11-16 09:31

sobereva 发表于 2021-11-15 23:28
在VMD等可视化程序里肉眼看看HIS367是否缺原子，如果是，通过WHAT IF在线服务器、PDB2PQR在线服务器等都可 ...

谢谢sob老师，在查询其他帖子时，发现使用spbdv同样可以对蛋白质进行修复，尝试之后发现可以成功修复，那么相较于sob老师您提到的WHAT IF与PDB2PQR，谁的结果精确度更高呢？谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-17 02:12

言葉似風发表于 2021-11-16 09:31
谢谢sob老师，在查询其他帖子时，发现使用spbdv同样可以对蛋白质进行修复，尝试之后发现可以成功修复，那 ...

都一样

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