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标题: 求助水-碳纳米管复合体系AIM分析问题 [打印本页]

作者
Author: chenchen0119 时间: 2021-11-15 16:54
标题: 求助水-碳纳米管复合体系AIM分析问题
我的体系是水-碳纳米管复合体系，使用AIM计算两个水分子之间的键鞍点的参数来说，氢键是O-H...O ρ=0.045-0.068a.u. ∇2ρ=0. 15-0.21a.u. ,根据 Lipkowski 等提出的氢键 (X—H…Y)存在的三个最基本标准, 即其键鞍点处的电子密度 ρ 和 Laplacian 值▽2 ρ 分别在 0.002～0.04和 0.024～0.139范围内，我的是不是不属于氢键了？如果是请见有什么依据吗？

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-11-15 19:30
标题严重不恰当，参看：发帖时务必注意恰当填写标题！http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

“急急急”。经验表明这种人几乎100%是不急的，其中相当大一部分又都是极端基础、搜索一下就能知道的问题，如果真的“急急急”早就自己去搜了。这些人常妄想说了“急急急”大家就会重视、快速回复，其实正相反，它让人觉得提问者既轻浮又懒惰，根本不愿理。
参看：新手求助报错时的注意事项http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-15 20:41
我觉得可以认为属于强氢键，因为虽然你的结果不在普通氢键的范围内，但差得不远，而且关键是它是往键更强的方向偏的。如果说“不属于氢键”，容易被误解为比普通氢键弱。

作者
Author: chenchen0119 时间: 2021-11-15 21:21

wzkchem5 发表于 2021-11-15 20:41
我觉得可以认为属于强氢键，因为虽然你的结果不在普通氢键的范围内，但差得不远，而且关键是它是往键更强的 ...

对啊，这个没在氢键范围里面，我仔细检查了一下，也没有算错

作者
Author: chenchen0119 时间: 2021-11-15 21:25

北大-陶豫发表于 2021-11-15 19:30
标题严重不恰当，参看：发帖时务必注意恰当填写标题！http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

...

不好意思，初次发帖，但是我确实很急，谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-15 22:07

chenchen0119 发表于 2021-11-15 14:21
对啊，这个没在氢键范围里面，我仔细检查了一下，也没有算错

另外提醒一下，这个氢键的定义范围有一定的任意性，因为氢键和非氢键之间并没有天然的界限，这个界限是人为画出来的。所以如果只是刚刚超过了氢键的范围，还是应该强调一下你只是刚刚超过。这就好比你体检，一项指标正常范围5~10，你测出来10.1，虽然也算异常，但是医生一定会跟你说不要紧张，平时稍微注意一点就行了，不是病。因为5~10这个范围不是自然界定的，而是人定的，9.9的人和10.1的人没有本质差别

作者
Author: chenchen0119 时间: 2021-11-15 22:29

wzkchem5 发表于 2021-11-15 22:07
另外提醒一下，这个氢键的定义范围有一定的任意性，因为氢键和非氢键之间并没有天然的界限，这个界限是人 ...

好的呢，感谢大佬

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-15 23:51
BCP叫键临界点不叫键鞍点，看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

Lipkowski的氢键标准只适合一般强度氢键情况，不是普适的。强氢键的情况（BCP处电子密度超过了0.04 a.u.）若反倒不当成氢键，明显十分荒唐。不要教条地盲目套用别人的判据。用任何判据的时候要理解判据的提出依据、背景是什么。

强烈建议看此文，搞清楚不同类型氢键的强度，以及与BCP处电子密度的关系：
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

作者
Author: chenchen0119 时间: 2021-11-16 11:27

sobereva 发表于 2021-11-15 23:51
BCP叫键临界点不叫键鞍点，看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs ...

感谢社长

作者
Author: chenchen0119 时间: 2021-11-20 14:16
本帖最后由 chenchen0119 于 2021-11-20 14:21 编辑

sobereva 发表于 2021-11-15 23:51
BCP叫键临界点不叫键鞍点，看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs ...

社长你好，还是那个问题O-H...O键的电子密度 ρ 为0.04519~0.06895a.u.，根据中性体系y=-223.08x+0.7423。氢键能为-9.33869~-14.63907Kcal/mol，由文章的分类来说属于中等偏弱氢键，请问有什么问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-20 14:22

chenchen0119 发表于 2021-11-20 14:16
社长你好，还是那个问题O...H键的电子密度 ρ 为0.04519~0.06895a.u.，根据中性体系y=-223.08x+0.7423。 ...

下文里−2.5 to −14.0 kcal/mol对应weak ~ medium，这个范围不叫“中等偏弱”，而是“弱~中”。你的那个氢键键能比水的氢键都要大了，足够说成中等强度氢键了
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

作者
Author: chenchen0119 时间: 2021-11-20 16:17

sobereva 发表于 2021-11-20 14:22
下文里−2.5 to −14.0 kcal/mol对应weak ~ medium，这个范围不叫“中等偏弱”，而是“弱~中” ...

比水的氢键大这么多，有问题吗，我这个属于纳米受限水体系，我老师说这个太大了有问题，让我换基组再算，您觉得能解决问题吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-20 16:24

chenchen0119 发表于 2021-11-20 09:17
比水的氢键大这么多，有问题吗，我这个属于纳米受限水体系，我老师说这个太大了有问题，让我换基组再算， ...

建议先在相同理论级别下算一下真空里的水dimer，看看能否重复出来实验的结合能（或者CCSD(T)高精度计算的结果），如果不能，再考虑换方法

作者
Author: chenchen0119 时间: 2021-11-20 16:28

wzkchem5 发表于 2021-11-20 16:24
建议先在相同理论级别下算一下真空里的水dimer，看看能否重复出来实验的结合能（或者CCSD(T)高精度计算的 ...

好的，感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-21 06:06

chenchen0119 发表于 2021-11-20 16:17
比水的氢键大这么多，有问题吗，我这个属于纳米受限水体系，我老师说这个太大了有问题，让我换基组再算， ...

受限环境下，有可能氢键比孤立状态下更强。受限结构下弱相互作用研究已经有不少人做了，比如印度的Pratim K. Chattaraj近些年就做了不少，多看看相关文章。当然也不排除是你本身计算有问题。

作者
Author: chenchen0119 时间: 2021-11-22 13:55

sobereva 发表于 2021-11-21 06:06
受限环境下，有可能氢键比孤立状态下更强。受限结构下弱相互作用研究已经有不少人做了，比如印度的Pratim ...

好的，感谢社长

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)