计算化学公社

标题: 求助：在显式溶剂中恒定pH的分子动力学模拟 [打印本页]

作者
Author: wangxm 时间: 2021-11-15 17:12
标题: 求助：在显式溶剂中恒定pH的分子动力学模拟
  请教各位老师：本人最近需用到恒定pH的分子动力学模拟，看了Amber18的说明书，其中对于在显式溶剂下运行MD部分存在不解与困惑，有几个问题想要请教老师：    1.首先用source leaprc.constph给蛋白加了力场，然后给水加了力场后，按正常步奏保存了inpcrd文件和prmtop文件，再根据说明书要生成cpin文件，在pH=9时，输入"cpinutil.py -resnames HIP CYS LYS TYR -p aaa.prmtop -o aaa.cpin"，但是生成的cpin文件里有70多个可滴定的残基（而我看其他文献，滴定的残基只有10 个），请问滴定这么多残基合理吗？
   2.接下来进行能量最小化应该同样在显式溶剂下进行，输入文件如下，但是提交作业后报错如下，那么这一步的正确操作应该是怎样的呢？
   3.说明书中提到显式条件下蒙特卡洛技术不起作用，给出了一个显式溶剂下CpHMD的工作流程如下图，但是我按照下面的示例写好输入文件后，依然会出现问题，求教显式溶剂下的CpHMD应该怎么跑呢？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)