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标题: 请教一下，improper和dihedral的区别是什么呢 [打印本页]

作者
Author: 宽巷子 时间: 2021-11-15 18:00
标题: 请教一下，improper和dihedral的区别是什么呢
本帖最后由宽巷子于 2021-11-15 18:01 编辑

lammps对dihedra的定义是这样的(https://docs.lammps.org/dihedral_style.html)：

(, 下载次数 Times of downloads: 24)
对improper的定义是这样的(https://docs.lammps.org/improper_harmonic.html)：
If the 4 atoms in an improper quadruplet (listed in the data file read by the read_data command) are ordered I,J,K,L then (the proper) is the angle between the plane of I,J,K and the plane of J,K,L.
这两个定义看起来是一样的吧，比如把上图中的几个原子编号为I,J,K,L，
(, 下载次数 Times of downloads: 20)
那么这个叫就成了I,J,K构成的平面与J,K,L构成的平面的夹角。
所以dihedral与improper的区别到底是什么呢？

作者
Author: ggdh 时间: 2021-11-15 18:32
improper 的I原子要同时和J K L 连接，J K L 互不连接

作者
Author: 宽巷子 时间: 2021-11-16 15:39

ggdh 发表于 2021-11-15 18:32
improper 的I原子要同时和J K L 连接，J K L 互不连接

哦，这样啊，谢了：）

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-11-21 13:12
本帖最后由 tjuptz 于 2021-11-21 13:17 编辑

ggdh 发表于 2021-11-15 18:32
improper 的I原子要同时和J K L 连接，J K L 互不连接

老师请教个问题，对于gaff中的improper dihedral type，在lmp中直接定义为dihedral type是否可以呢？根据手册对应，lmp中dihedral的fourier应该是对应gmx中类型9 周期型函数形式的，但是improper则没有对应类型。最近发现InterMol 进行gmx2lmp 转换的时候，它把gmx中类型9和4的proper improper都转化为lmp中的multi/harmonic 类型了。我看了下gmx中周期型函数形式似乎也可以转为multi/harmonic，但不知道这样对不对。

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