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标题: 求助 MD是否可以计算分子体积和表面积 [打印本页]

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晓滨MD    时间: 2021-11-15 19:59
标题: 求助 MD是否可以计算分子体积和表面积
请教一下各位老师,MD是否能分别计算图中离子液体阴阳离子的范德华体积和分子表面积?有没有相关的教程。

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wzkchem5    时间: 2021-11-15 20:38
你要求两者分别的体积和表面积,还是两者的总体积、总表面积?因为两者在一起的时候电子云会有一点重叠,总体系的体积和表面积不严格等于离子的体积和表面积之和
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naoki    时间: 2021-11-15 22:28
好像不关MD什么事,可以看看Sob老师博文
谈谈分子体积的计算http://sobereva.com/102
使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积http://sobereva.com/487
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴http://sobereva.com/426

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sobereva    时间: 2021-11-15 23:12
这跟MD没有关系
怎么算你截图里的面积和体积,3L的链接里已经说了。
如果你是要算MD过程中每一帧的面积和体积,可以自己写批处理脚本,循环对每一帧调用Multiwfn做计算和提取数据,参考
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html
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晓滨MD    时间: 2021-11-16 08:39
wzkchem5 发表于 2021-11-15 20:38
你要求两者分别的体积和表面积,还是两者的总体积、总表面积?因为两者在一起的时候电子云会有一点重叠,总 ...

谢谢老师,我是要计算两者的总体积,因为后续是要把阴阳离子作为一个整体定义
作者
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晓滨MD    时间: 2021-11-16 08:40
naoki 发表于 2021-11-15 22:28
好像不关MD什么事,可以看看Sob老师博文
谈谈分子体积的计算http://sobereva.com/102
使用Multiwfn和VMD ...

谢谢老师,我学习一下
作者
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晓滨MD    时间: 2021-11-16 08:41
sobereva 发表于 2021-11-15 23:12
这跟MD没有关系
怎么算你截图里的面积和体积,3L的链接里已经说了。
如果你是要算MD过程中每一帧的面积和 ...

谢谢老师,我学习一下
作者
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晓滨MD    时间: 2021-11-17 17:21
wzkchem5 发表于 2021-11-15 20:38
你要求两者分别的体积和表面积,还是两者的总体积、总表面积?因为两者在一起的时候电子云会有一点重叠,总 ...

再请问老师,如果我要计算离子液体的总体积和表面积,可以拿优化出来的几何构型直接计算吗?
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wzkchem5    时间: 2021-11-17 18:11
晓滨MD 发表于 2021-11-17 10:21
再请问老师,如果我要计算离子液体的总体积和表面积,可以拿优化出来的几何构型直接计算吗?

要做构型搜索,确保计算用的是最稳定构型
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晓滨MD    时间: 2021-11-19 17:13
wzkchem5 发表于 2021-11-17 18:11
要做构型搜索,确保计算用的是最稳定构型

好的,谢谢老师




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