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标题: vmd里如何输出所有resid质心随时间的变化？ [打印本页]

作者
Author: tangzi_via 时间: 2021-11-15 21:47
标题: vmd里如何输出所有resid质心随时间的变化？
请问一下，大家知道在vmd里如何输出所有resid的质心随时间变化的坐标吗

，我现在只会写一个残基的质心坐标随时间的变化。理论上来说在套一个for循环，就可以得到所有残基的质心坐标随轨迹时间的变化，但是在最后写入txt文件的时候，应该怎么把不同残基的xyz写在对应的列呢

，麻烦大家了，希望大家能够给点意见，同时也感谢所有回复的人，本人才刚开始接触vmd的命令，还不太懂。（图片是一个残基的质心坐标随时间的变化，第一列为帧数，第2-4列分别为质心的坐标x,y,z）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-15 23:07
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“vmd输出所有resid质心随时间的变化”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-15 23:10
我不知道你说的“对应的列”是什么。你在输出的时候要求不换行，下一个残基质心的xyz在前一个残基后面累加就完了。

可以让脚本最后再输出个提示，每一列对应哪个残基质心的哪个笛卡尔坐标。

作者
Author: tangzi_via 时间: 2021-11-16 11:46

sobereva 发表于 2021-11-15 23:10
我不知道你说的“对应的列”是什么。你在输出的时候要求不换行，下一个残基质心的xyz在前一个残基后面累加 ...

感谢sob老师的回复，以后发帖的时候我也一定会注意老师所说的格式问题，减轻老师的修改量，感谢老师

作者
Author: GUDUGUDU 时间: 2021-12-27 19:43
请问楼主解决了吗？最近我也遇到了同样的问题

作者
Author: tangzi_via 时间: 2021-12-29 10:27

GUDUGUDU 发表于 2021-12-27 19:43
请问楼主解决了吗？最近我也遇到了同样的问题

所有的残基都输入到一个文件里面，其他残基会自动排列到一个残基的下面，以此类推

作者
Author: tangzi_via 时间: 2022-1-5 14:55
这是我的vmd脚本，需要用的到可自行下载，输出文件为framescomxyz.txt，第一列为帧数，后面为残基xyz坐标，一个残基循环完所有帧之后紧接第一个残基......

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