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标题: 请教大家几个Gromacs与Gaussian的基本问题 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2021-11-16 09:23
标题: 请教大家几个Gromacs与Gaussian的基本问题
各位老师好，想问大家几个现在还没完全明白的问题

。
1.Gromacs里面是在哪个文件里给体系添加外加电场呢，目前只知道添加电场的命令，但是不知道在哪个文件里添加。
2.Gromacs里面做蛋白配体的动力学模拟时，需要给配体做添加限制势的操作，请问这样的目的是什么呢？对最后体系的能量计算有没影响。
3.Gromacs里面计算的能量，是体系的各种能量之和吗？还是说只有动能，静电势能项。
4.Gromacs与Gaussian计算的能量有什么区别。

最近在做Gromacs的动力学模拟，但是因为疫情延期的缘故，还没有参加Gromacs培训，所以想在这里先问一下大家这几个问题。感谢各位！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-17 03:30
1 mdp里

2 加限制势不是必须的。只不过在模拟蛋白-配体复合物之前往往先做一段给蛋白和配体都加位置限制的短时间动力学（如200 ps），让溶剂分子弛豫开，免得初始加的溶剂分子位置不当导致破坏了蛋白质构象、配体和蛋白的结合。之后必须撤掉限制势后再做正式的MD

3 gmx energy你想从edr文件里提取什么能量都可以

4 GROMACS是基于力场算的能量，Gaussian通常基于量子化学方法计算能量，但Gaussian也支持力场的计算

作者
Author: uenh1998 时间: 2021-11-17 09:18

sobereva 发表于 2021-11-17 03:30
1 mdp里

2 加限制势不是必须的。只不过在模拟蛋白-配体复合物之前往往先做一段给蛋白和配体都加位置限制 ...

感谢sob老师，我明白了！

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