计算化学公社

标题: 求助:使用ATB生成小分子拓扑文件过程中遇到的问题 [打印本页]

作者
Author:
wangdafeixh    时间: 2021-11-16 19:53
标题: 求助:使用ATB生成小分子拓扑文件过程中遇到的问题
在使用ATB生成小分子拓扑文件,网站报错如下:
Semi-empirical geometry optimisation failed. The most likely cause is that either: (1) the geometry was inappropriate; (2) the number of hydrogen atoms or the net charge was inappropriate. Details: *** FAILURE TO LOCATE STATIONARY POINT, SCF HAS NOT CONVERGED (seems to only fail on step 1)

小分子是蛋白质结构中自带的配体,提取出来加氢后上传到ATB网站,具体文件在下面,请各位老师看看问题出在哪里,谢谢!


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sobereva    时间: 2021-11-17 02:29
确认体系净电荷没设错
如果能确认,先自行用量化程序优化一下结构再提交上去试试。还不行就发邮件问开发者
作者
Author:
wangdafeixh    时间: 2021-11-17 20:17
sobereva 发表于 2021-11-17 02:29
确认体系净电荷没设错
如果能确认,先自行用量化程序优化一下结构再提交上去试试。还不行就发邮件问开发者

谢谢老师回答!
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ZHIMING123    时间: 2022-10-22 17:24
sobereva 发表于 2021-11-17 02:29
确认体系净电荷没设错
如果能确认,先自行用量化程序优化一下结构再提交上去试试。还不行就发邮件问开发者

老师,净电荷用pymol查看可以吗?另外结构优化咋优化啊?用chem3d里面的MM2可以吗?




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