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标题: 求助：VASP运行不了，似乎是mpi的问题？ [打印本页]

作者
Author: Little-Extra 时间: 2021-11-16 21:09
标题: 求助：VASP运行不了，似乎是mpi的问题？

求助VASP运行问题：如下
采用pbs脚本提交任务，在输出的log文件开头是这些信息，vasp运行不成功，查了很多还是不清楚怎么解决，求助该怎么解决？
/opt/intel//impi/5.0.2.044/intel64/bin/mpirun: line 124: whoami: command not found
/opt/intel//impi/5.0.2.044/intel64/bin/mpirun: line 95: grep: command not found
/opt/intel//impi/5.0.2.044/intel64/bin/mpirun: line 95: uname: command not found
[mpiexec@cu36] set_default_values (../../ui/mpich/utils.c:3908): no executable provided
[mpiexec@cu36] HYD_uii_mpx_get_parameters (../../ui/mpich/utils.c:4405): setting default values failed

Usage: ./mpiexec [global opts] [exec1 local opts] : [exec2 local opts] : ...

Global options (passed to all executables):

####分割线####pbs脚本里的信息，这个脚本之前都能正常提交作业的
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N F1n2
#PBS -j oe
#PBS -q LF2
#PBS -l nodes=1:ppn=40

cd ${PBS_O_WORKDIR}

NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
sleep 10

source /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh
mpirun -np $NP /opt/software/vasp.5.4.1/bin/vasp_std >& log
############
另外，如果不采用脚本提交任务，把VASP_std可执行文件拷贝到计算文件夹下，直接运行VASP_std能正常在屏幕输出。

作者
Author: Little-Extra 时间: 2021-11-16 21:11
测试的INCAR, POSCAR, POTCAR, KPPOINT文件都是之前成功算完的输入文件

作者
Author: abin 时间: 2021-11-16 21:58
脚本未正确加载部分设定.
具体, 查询该平台的使用手册.

作者
Author: Little-Extra 时间: 2021-11-17 12:10

abin 发表于 2021-11-16 21:58
脚本未正确加载部分设定.
具体, 查询该平台的使用手册.

为什么同样的脚本，别人账号可以运行，我这个不行，请问可能要修改什么地方？

作者
Author: abin 时间: 2021-11-17 12:14

Little-Extra 发表于 2021-11-17 12:10
为什么同样的脚本，别人账号可以运行，我这个不行，请问可能要修改什么地方？

你确定你的.bashrc 和别人的一样？
明显，PATH 搞错了嘛……

作者
Author: Little-Extra 时间: 2021-11-17 12:37

abin 发表于 2021-11-17 12:14
你确定你的.bashrc 和别人的一样？
明显，PATH 搞错了嘛……

对啊都是用的集群上root安装的程序。
不过我没改.bashrc 改了一下提交脚本，突然就弄好了，还是很懵

作者
Author: abin 时间: 2021-11-17 14:20

Little-Extra 发表于 2021-11-17 12:37
对啊都是用的集群上root安装的程序。
不过我没改.bashrc 改了一下提交脚本，突然就弄好了，还是很懵

懵圈啥呀？

设定PATH ，
丢掉了$，
或者仅仅写了MPI的PATH ，
抹掉了系统的PATH ，
当然会提示whoami 都没有了。

这点技能，要仔细一点。
要不然，使用root很危险的。

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