计算化学公社

标题: 请问有没有小分子溶剂在蛋白质表面结合的概率分析工具 [打印本页]

作者
Author: azero 时间: 2021-11-17 09:39
标题: 请问有没有小分子溶剂在蛋白质表面结合的概率分析工具
想分析小分子甲醇更乐于呆在蛋白质表面的哪个区域

然后搜到了一个FTMap的网页工具，说能分析hot-spot，但自定义小分子的功能下线了，只能分析默认的16种小分子（有乙醇就是没甲醇）
ethanol, isopropanol, isobutanol, acetone, acetaldehyde, dimethyl ether, cyclohexane, ethane, acetonitrile, urea, methylamine, phenol,
benzaldehyde, benzene, acetamide and N,N-dimethylformamide

① 请问有没有类似的工具

② 或者说能不能vina 多次进行蛋白质全局的分子对接，然后取平均值（计算平均值似乎就不容易吧，每一次排名就不一样）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-18 05:49
可以给溶剂里放一个要考察的小分子，跑MD，最后做个空间分布函数统计。为了同样模拟时间内采样更充分，可以适度多加几个被考察的分子

作者
Author: azero 时间: 2021-11-18 09:31
本帖最后由 azero 于 2021-11-18 10:35 编辑

sobereva 发表于 2021-11-18 05:49
可以给溶剂里放一个要考察的小分子，跑MD，最后做个空间分布函数统计。为了同样模拟时间内采样更充分，可以 ...

试了试GMX计算SDF，然后用VMD作图
发现ISOVALUE是负值，查了查，负值指的是处于“内部”吧

① ISOVALUE 绝对值越小，小分子更乐于出现在该区域吧
比如 A区域-1 出现了点，而B区域-0.2才出现点，那应该是小分子更乐于呆在A区域吧
② 假设我把A区域进行了氨基酸的突变，使得小分子呆在该区域的频率降低了。怎么对比突变前和后的SDF值

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-19 05:14

azero 发表于 2021-11-18 09:31
试了试GMX计算SDF，然后用VMD作图
发现ISOVALUE是负值，查了查，负值指的是处于“内部”吧

理应不会有负值
gmx spatial加上-nodiv再试试

另外，也可以用VMD自带的这个，由于自动做了平滑化处理，效果比gmx spatial更好

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: azero 时间: 2021-11-19 14:29

sobereva 发表于 2021-11-19 05:14
理应不会有负值
gmx spatial加上-nodiv再试试

gmx spatial加上-nodiv 没问题了

能不能标准化?
就是我想对比该区域突变前后SDF的区别

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-20 07:41

azero 发表于 2021-11-19 14:29
gmx spatial加上-nodiv 没问题了

能不能标准化?

加上-nodiv后可以直接对比

作者
Author: azero 时间: 2021-11-20 20:34

sobereva 发表于 2021-11-20 07:41
加上-nodiv后可以直接对比

尝试分析了两条WT的轨迹，vmd的 ISOVALUE 分别为0.135和 0.121，还打算把 ISOVALUE设置为同一值后看点的密度

那该怎么比较来着，还是说用其他软件作图T_T

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-21 06:09

azero 发表于 2021-11-20 20:34
尝试分析了两条WT的轨迹，vmd的 ISOVALUE 分别为0.135和 0.121，还打算把 ISOVALUE设置为同一值后看点的 ...

我不知道你说的WT是什么（如果是指wild type，不要没有注明的情况下用缩写）、为什么isovalue设成不同的值，也不知道你具体想做什么、想怎么比

作者
Author: azero 时间: 2021-11-21 15:34

sobereva 发表于 2021-11-21 06:09
我不知道你说的WT是什么（如果是指wild type，不要没有注明的情况下用缩写）、为什么isovalue设成不同的 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 23)

就是说有两条轨迹，ISOVALUE的值设为0的话，“点”的分布是糊的。。
但两条轨迹的“Range”范围是不一样。ISOVALUE的值该怎么设置，才能对两条轨迹中蛋白某一区域的“点”进行比较

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-22 05:39

azero 发表于 2021-11-21 15:34
就是说有两条轨迹，ISOVALUE的值设为0的话，“点”的分布是糊的。。
但两条轨迹的“Range”范围是不 ...

得把Draw设成isosurface啊... Points多难看
而且显然Isovalue不可能设成0，0还怎么比。要搞明白等值面图的定义。

作者
Author: azero 时间: 2021-11-25 11:19

sobereva 发表于 2021-11-22 05:39
得把Draw设成isosurface啊... Points多难看
而且显然Isovalue不可能设成0，0还怎么比。要搞明白等值面图 ...

哦哦，似乎懂了
两条轨迹的Isovalue设置成相同值就行了吧

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-26 10:57

azero 发表于 2021-11-25 11:19
哦哦，似乎懂了
两条轨迹的Isovalue设置成相同值就行了吧

对

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