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标题: gmx gangle计算质心的角度变化求助 [打印本页]

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Author: landian666 时间: 2021-11-17 17:29
标题: gmx gangle计算质心的角度变化求助
怎么计算体系中三个多原子分子质心的角度随时间的变化？感觉要用选区命令，但是研究半天语法总是不对。请教各位如何做才可以~~

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Author: lyj714 时间: 2021-11-17 17:59
本帖最后由 lyj714 于 2021-11-17 18:24 编辑

如果你对选择语法很难理解，我建议自己写程序分析轨迹，比如可以先导出分子质心坐标（gmx traj），然后自己算两个向量的点乘即可。

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Author: sobereva 时间: 2021-11-18 05:53
这种简单的轨迹结构分析问题我一般都自己写VMD tcl脚本，自己写比学用gangle更省事，还可以按需灵活定制

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Author: landian666 时间: 2021-11-19 09:15

sobereva 发表于 2021-11-18 05:53
这种简单的轨迹结构分析问题我一般都自己写VMD tcl脚本，自己写比学用gangle更省事，还可以按需灵活定制

还有个问题想请教一下，我想用下面命令先用gmx_mpi select 得到13、15、14组的质心索引，然后再用gmx_mpi gangle得到三个质心组成的角度随时间的变化，以15的质心为角的顶点，下面有哪里出错了吗？用的时候不成功
gmx_mpi select -f step5-whole-nojump.xtc -s step5.tpr -n index.ndx -oi angle.dat -on angle.ndx -select "com of group 13 plus com of group 15 plus com of group 14 permute 1 2 3"

gmx_mpi gangle -f step5-whole-nojump.xtc -s step5.tpr -n index.ndx -sf angle.dat -oav angaver.xvg -oall angles.xvg -oh anghist.xvg -g1 angle -selrpos mol_com -group1

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Author: wxx18879173572 时间: 2023-4-19 15:12
gmx_mpi gangle -f step5-whole-nojump.xtc -s step5.tpr -n index.ndx -g1 vector -group1"com of group 13 plus com of group 15 " -g2 vector -group2"com of 13 plus com of 14" -oav angaver.xvg -oall angles.xvg -oh anghist.xvg

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