计算化学公社

标题: 使用Toolchain安装好cp2k后（包含sirius）为什么在计算时第一行提示安装sirius [打印本页]

作者
Author: 孙小莫 时间: 2021-11-17 20:01
标题: 使用Toolchain安装好cp2k后（包含sirius）为什么在计算时第一行提示安装sirius
如图所示

作者
Author: 孙小莫 时间: 2021-11-17 20:03
第一次发帖，两个图的顺序颠倒过来看哈

作者
Author: 孙小莫 时间: 2021-11-17 20:05
sirius在使用Toolchain安装时已经显示成功了，在install文件夹里面也是有success文件的

作者
Author: abin 时间: 2021-11-17 20:55
There’s a bug.
Check out GitHub issues for details.

作者
Author: Aridea 时间: 2021-11-17 22:44
本帖最后由 Aridea 于 2021-11-17 22:46 编辑

这个组件不建议安装，没啥用，好像每次还要联网验证特烦
计算报错可能原因很多，mpi环境没弄好，执行命令有问题都有可能，具体得你自己多试，看input在别电脑有无问题，不行重新配置环境重编译

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-18 06:00

孙小莫发表于 2021-11-17 20:03
第一次发帖，两个图的顺序颠倒过来看哈

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: 孙小莫 时间: 2021-11-18 09:35

Aridea 发表于 2021-11-17 22:44
这个组件不建议安装，没啥用，好像每次还要联网验证特烦
计算报错可能原因很多，mpi环境没弄好，执行命令 ...

sirius不是用于pw计算的吗？我的计算过程需要这个模块的功能，没办法不安装

。我的是非联网机器，所以出现的提示是说sirius没有联网验证？
这个报错是和sirius没有关系吗？那除了mpi环境的问题还有别的环境的问题吗？能否请您详细一点，感谢

作者
Author: 孙小莫 时间: 2021-11-18 09:36

sobereva 发表于 2021-11-18 06:00
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的，不好意思，下次发帖回好好整

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-19 05:15

孙小莫发表于 2021-11-18 09:35
sirius不是用于pw计算的吗？我的计算过程需要这个模块的功能，没办法不安装。我的是非联网机器，所以 ...

通常，用平面波计算的人会用Quantum ESPRESSO之类的程序，用CP2K做平面波计算有点莫名其妙，我认为CP2K这个是比较鸡肋、多余的功能。一般用CP2K的人都不会用平面波做计算（平面波只作为辅助基）

作者
Author: 孙小莫 时间: 2021-11-19 09:57

sobereva 发表于 2021-11-19 05:15
通常，用平面波计算的人会用Quantum ESPRESSO之类的程序，用CP2K做平面波计算有点莫名其妙，我认为CP2K这 ...

嗯嗯，其实我也是这么想，但是我计算材料的能量和力的时候，还是需要scf收敛计算电子，qe优化结构之后放在cp2k里面不再需要计算了吗？刚开始使用，我觉得cp2k还是需要计算电子来解薛定谔方程根据一阶二阶偏导计算能量和力

作者
Author: Epikur 时间: 2021-11-19 18:23

孙小莫发表于 2021-11-19 09:57
嗯嗯，其实我也是这么想，但是我计算材料的能量和力的时候，还是需要scf收敛计算电子，qe优化结构之后放 ...

请教您一下，dft软件中的力是怎么计算出来的？不是在得到电子结构后通过电子密度采用经典力学方法计算出来的吗？cp2k给出的受力不是由电子结构得到的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-20 07:34

Epikur 发表于 2021-11-19 18:23
请教您一下，dft软件中的力是怎么计算出来的？不是在得到电子结构后通过电子密度采用经典力学方法计算出 ...

都DFT了哪还有经典力学
力是能量对坐标的导数。许多对理论算法写得有一定深度的量子化学/第一性原理的书里都说了具体怎么实现，涉及轨道展开系数和电子积分的导数

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-20 07:38

孙小莫发表于 2021-11-19 09:57
嗯嗯，其实我也是这么想，但是我计算材料的能量和力的时候，还是需要scf收敛计算电子，qe优化结构之后放 ...

我不知道你要在CP2K里算什么
CP2K该算什么就算什么，和QE什么直接关系都没有
QE和CP2K用的理论都是一样的，只不过数值实现层面上不一样而已

作者
Author: Epikur 时间: 2021-11-20 13:49

sobereva 发表于 2021-11-20 07:34
都DFT了哪还有经典力学
力是能量对坐标的导数。许多对理论算法写得有一定深度的量子化学/第一性原理的书 ...

不好意思社长，Hellmann-Feynman定理的意思不是说得到电子结构以后，原子受力就是一个经典的问题了么？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-21 06:23

Epikur 发表于 2021-11-20 13:49
不好意思社长，Hellmann-Feynman定理的意思不是说得到电子结构以后，原子受力就是一个经典的问题了么？

这个定理是说，原子核的受力可以直接由电子密度分布和其它核电荷分布得到，从电动力学视角来说计算这个力是经典的，这跟分子力场那个层面的经典力学完全不是一码事。
Hellmann-Feynman定理不是所有情况都满足（必须是全变分波函数、基函数不依赖于原子核时才满足），而且就算满足，你用这个定理求核受力，通常还是先得做基于量子力学的计算（如KS-DFT）得到电子密度分布。而且实际数值计算时还是要牵扯到算电子积分、轨道系数那些玩意，复杂度远远超过经典力学模型（看看分子力场的表达式便知）。

作者
Author: 孙小莫 时间: 2021-11-22 10:51

sobereva 发表于 2021-11-20 07:38
我不知道你要在CP2K里算什么
CP2K该算什么就算什么，和QE什么直接关系都没有
QE和CP2K用的理论都是一样 ...

是的，cp2k里面也有dft的模块，这样我认为cp2k完全包含了qe的scf收敛计算功能，而我确实需要cp2k来进行aimd计算，这样会弥补qecp模块计算效率低的问题，所以我需要sirius这个模块来参与scf这部分的计算

作者
Author: 孙小莫 时间: 2021-11-22 11:03

sobereva 发表于 2021-11-20 07:38
我不知道你要在CP2K里算什么
CP2K该算什么就算什么，和QE什么直接关系都没有
QE和CP2K用的理论都是一样 ...

对，所以我还是需要这个模块，cp2k是一个aimd的计算软件，所以我主要使用的是aimd计算qe无法计算或者计算效率较低的超胞，因此我还是需要cp2k的平面波计算

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-23 06:43

孙小莫发表于 2021-11-22 11:03
对，所以我还是需要这个模块，cp2k是一个aimd的计算软件，所以我主要使用的是aimd计算qe无法计算或者计算 ...

“cp2k是一个aimd的计算软件”这种认识是大错特错
AIMD只是CP2K擅长的一个功能，别以为CP2K只适合跑AIMD
计算超胞和跑AIMD没有任何直接联系。而且CP2K目前版本对于常用的计算也都支持考虑k点算尺寸不太大的原胞，考虑k点计算速度也很快。所以“需要cp2k的平面波计算”这句话的前提根本就不充分。

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