标题: 关于QM计算选取含金属蛋白初始结构与HOMO−LUMO gap的关系的询问 [打印本页] 作者Author: 18217265596 时间: 2021-11-18 10:29 标题: 关于QM计算选取含金属蛋白初始结构与HOMO−LUMO gap的关系的询问 The QM calculations are conducted with the proposed charge states and final charges are chosen, for which the optimized structure most closely shows integer orbital occupations and a maximized HOMO−LUMO gap.
作者在优化一系列含金属蛋白，用 Schrödinger’s PROPKA pKaprediction tool 预测了ph7下的质子化状态和电荷，然后基于 maximized HOMO−LUMO gap选取了合适的输入结构
请问这点的原理大致是什么？ 作者Author: wzkchem5 时间: 2021-11-18 16:40
这个的关键在于轨道是整数占据，HOMO-LUMO gap是决定占据数的，而直接决定选哪个结构的是占据数而不是HOMO-LUMO gap。
如果靠人来决定一个蛋白的电荷数，一般就是把每个残基以及各种辅因子的电荷加起来。但是如果让程序自动做的话，程序不一定知道每种辅因子是多少电荷。所以就要每个电荷数都跑一个SCF计算，因为实际的蛋白大概率是单参考态体系，所以轨道占据数接近整数，因此挑那个让轨道占据数最接近整数的电荷数，就最有可能是对的