计算化学公社

标题: ICSS在作图时如何合理定义平面 [打印本页]

作者
Author: 邓苏微 时间: 2021-11-18 13:44
标题: ICSS在作图时如何合理定义平面
本帖最后由邓苏微于 2021-11-21 18:16 编辑

最近学习Sob老师的帖子（http://sobereva.com/261）学着做NICS分析，后期做平面填色图时参考了《通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性》（http://sobereva.com/216）这个文章来作图。由于Sob老师大多给的是简单的单个平面分子，在作图时比较好定义参考平面。但是我目前做的分子是双平面的(Fig.1)。所以做出来的图形不是很理想（Fig.2）,觉得不理想的原因是两个苯环处芳香性没能很好地展示（应该全部都是黄色区域才是比较理想的）。我也知道解决这个问题可能是在导入cube文件之后第四步的选择平面命令需要修改的(Fig.3)，但是不太清楚该如何去思考选择平面。想问问论坛里的同行该如何解决这个问题.

作者
Author: 邓苏微 时间: 2021-11-18 15:07
以及还有另一个问题。我在做苯环的时候感觉NICS值和颜色还是很匹配的，但是做我自己想做的分子时NICS值和填色图的效果不匹配(如上图4),不知道问题出在哪儿？

作者
Author: wangzhe 时间: 2021-11-18 17:54
　可以考虑绘制3D ICSS，参考 https://doi.org/10.1038/s41557-019-0399-2

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-19 06:02
仔细看下文4.2节关于绘制平面图的相关说明
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

不好用平面图展现的立体结构，直接用Multiwfn画ICSS_ZZ等值面图就完了，例如下图，是我的一篇文章里用Multiwfn+VMD画的，对每个体系两个方向都给出，足够看清楚。

J. Phys. Chem. C 2019, 123, 18593−18599 DOI: 10.1021/acs.jpcc.9b06302
(, 下载次数 Times of downloads: 20)

或者把等值面图和比较关键的截面的二维图同时给出便于读者对照观看。光给个二维图读者可能都搞不清楚你画的是什么、对应体系什么地方

作者
Author: 邓苏微 时间: 2021-11-19 09:53

wangzhe 发表于 2021-11-18 17:54
　可以考虑绘制3D ICSS，参考 https://doi.org/10.1038/s41557-019-0399-2

谢谢，我试着看看。好像是不是已经知道有芳香性的话这种ICSS绘图分析解释是不是没有必要啊

作者
Author: 邓苏微 时间: 2021-11-19 10:42

sobereva 发表于 2021-11-19 06:02
仔细看下文4.2节关于绘制平面图的相关说明
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

谢谢sob老师。今天我又重新思考了一下，对于我用的这种双苯环平行的时候计算某一个苯环的NICS时，会有两个Bq(Bq_1 和 Bq_2)，其中一个Bq（Bq_1）在两个苯环之间，这样的话是不是应该不能用Bq_1来计算NICS，而用Bq_2来计算NICS？因为我计算后使用两个Bq的magnetic shielding tensor计算的NICS值区别很大，而用Bq_2的magnetic shielding tensor计算的NICS值（-28.3）与苯（NICS=-28.8）比较相近。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-20 07:44

邓苏微发表于 2021-11-19 09:53
谢谢，我试着看看。好像是不是已经知道有芳香性的话这种ICSS绘图分析解释是不是没有必要啊

依然有意义，可以对比芳香性强弱、考察复杂体系不同区域芳香性特征，等等

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-20 07:46

邓苏微发表于 2021-11-19 10:42
谢谢sob老师。今天我又重新思考了一下，对于我用的这种双苯环平行的时候计算某一个苯环的NICS时，会有两 ...

应当用靠外的的Bq来算NICS_ZZ(1)，用内侧的Bq来算会受到另一个苯环的干扰

作者
Author: 邓苏微 时间: 2021-11-21 18:14
本帖最后由邓苏微于 2021-11-21 18:17 编辑

sobereva 发表于 2021-11-20 07:46
应当用靠外的的Bq来算NICS_ZZ(1)，用内侧的Bq来算会受到另一个苯环的干扰

嗯嗯，谢谢sob老师的指导。我已经明白了。这两天我有准备用GIMIC软件来研究这个双环平行体系中某一个环的环电流，但是结果展示好像是整个体系的（如帖子上图5）。我不知道是不是因为做NMR时分析整个体系导致的，还是因为GIMIC软件分析时无法分析单个环电流（虽然猜测这个环电流图像也是和苯环差不多）？又或是因为GIMIC环电流图中心那个导向小球需要换方向？想请教一下您，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-22 05:43

邓苏微发表于 2021-11-21 18:14
嗯嗯，谢谢sob老师的指导。我已经明白了。这两天我有准备用GIMIC软件来研究这个双环平行体系中某一个环的 ...

GIMIC本来就只能对整体分析

作者
Author: 邓苏微 时间: 2021-11-22 08:38

sobereva 发表于 2021-11-22 05:43
GIMIC本来就只能对整体分析

好的，谢谢sob老师

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