计算化学公社

标题: vasp任务中断，提示虚拟内存不足 [打印本页]

作者
Author: 夙雪夜归 时间: 2021-11-18 23:02
标题: vasp任务中断，提示虚拟内存不足
本帖最后由夙雪夜归于 2021-11-18 23:01 编辑

vasp版本5.4.4，单节点28核心运行，计算节点内存64GB，服务器是实验室的集群，不是超算

如题，在使用vasp的过程中，计算任务有可能自己断掉，此时OUTCAR中没有提示报错，只是在任务断掉的地方没有继续输出信息，任务管理系统的输出文件中会提示虚拟内存不足，报错信息见图1和图2，
查看任务中断的位置，发现不一定是离子步结束之后中断，有的任务是在电子步迭代不收敛的情况下断掉的。
而对于正在运算中的计算任务，内存占用如图3所示，看起来内存占用并不高
vasp_std和vasp_gam都出现过这样的中断问题，也不止在一个节点上出现这种vasp任务的中断，编译新的vasp之后依然存在这一问题。
服务器上同时还运行有其他的计算化学程序，如g09，gromacs，cp2k，均没有遇到过类似的问题.

想请教论坛里的各位老师有没有遇到过这种情况的，导致这种问题的原因可能有哪些，提前感谢各位老师同学不吝赐教

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作者
Author: 夙雪夜归 时间: 2021-12-11 19:46
http://bbs.keinsci.com/thread-16082-1-1.html
帖子中，“安装mpi2015解决内存溢出”一节给出一个解决方法
感谢@wypkdhd老师

作者
Author: ymeng 时间: 2021-12-11 21:21

夙雪夜归发表于 2021-12-11 19:46
http://bbs.keinsci.com/thread-16082-1-1.html
帖子中，“安装mpi2015解决内存溢出”一节给出一个解决方 ...

我之前也试过，没成功

然后放弃了

作者
Author: zqqhandsone 时间: 2023-2-21 15:49
你好！请问你这个问题还记得吗，当初是怎么解决的呢？

作者
Author: 夙雪夜归 时间: 2023-2-21 18:30

zqqhandsone 发表于 2023-2-21 15:49
你好！请问你这个问题还记得吗，当初是怎么解决的呢？

就是按照2#的那个方法来的，你可以尝试一下

作者
Author: xuexuedawang 时间: 2024-5-10 11:26
你好我也出现了同样的问题可以向你请教一下怎么解决的吗

作者
Author: 吞木木 时间: 2024-7-22 18:36
本帖最后由吞木木于 2024-7-22 18:37 编辑

xuexuedawang 发表于 2024-5-10 11:26
你好我也出现了同样的问题可以向你请教一下怎么解决的吗

理论上来说，有那么一种“富豪”的解决办法，假如一个节点跑满核（64核），vasp虚拟内存不足，就可以多个节点并行，每个节点不满核（比如48核，并且每个节点都是独占节点），最后就是使用48*x个核同时并行跑作业，如果还是报虚拟内存不足，就继续增加节点数量，直到MPI-rank0后边的内存能够支撑你跑作业

作者
Author: xuexuedawang 时间: 2024-12-24 22:12
谢谢你的指导，因为我不太用这个网站，所以问完了才登录

非常抱歉，我以为会没人回复，这个问题我最后还是没有解决，我也不知道为什么某一天突然就自己好了。我到现在也没搞清楚原因，谢谢你的回复。

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