计算化学公社

标题: 求助TDDFT计算旋光度？ [打印本页]
作者
Author: hplc2008    时间: 2016-1-31 00:23
标题: 求助TDDFT计算旋光度？
本帖最后由 hplc2008 于 2016-1-31 11:06 编辑

本人利用TDDFT计算旋光，总是死在l914.exe
关键词：# p td=(nstates=10) b3lyp/6-31g* scrf=(solvent=methanol) geom=connectivity CPHF=RdFreq  polar=OptRot
波长589.0nm
请高人指点错误之处，感激不尽！
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-31 08:20
把完整输入输出文件压缩下传上来
作者
Author: hplc2008    时间: 2016-1-31 09:14
sobereva老师我已上传了计算的文件，请帮我看看那里有问题，谢谢！！！！！
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-31 09:33
貌似你的输入文件和输出文件不太对应
输入文件第二步是
# p b3lyp/6-31g* td=(nstates=10,root=10) scrf=(solvent=methanol) polar=optrot geom=check guess=read cphf=rdfreq
输出文件第二步显示的是
# p b3lyp/6-31g* td=(nstates=10) scrf=(solvent=methanol) polar=optrot
geom=check guess=read

另外，你用的高斯版本太老，是A.01，bug太多，建议改用D.01
作者
Author: hplc2008    时间: 2016-1-31 09:41
本帖最后由 hplc2008 于 2016-1-31 09:44 编辑

那个root是我改写进去的，计算时没有，我本想改写后计算看行不行！！！我没有D.01版。

我写的关键词没有问题是吗？
作者
Author: wxy    时间: 2016-1-31 12:15
sobereva 发表于 2016-1-31 08:20
把完整输入输出文件压缩下传上来

看到这个求助，顺便在此求教Sob老师：读文献发现旋光度计算有的用DFT（不含时）、有的用TD-DFT方法。不清楚什么情况下用DFT、什么情况下得用TD-DFT？
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-31 14:25
hplc2008 发表于 2016-1-31 09:41
那个root是我改写进去的，计算时没有，我本想改写后计算看行不行！！！我没有D.01版。

我写的关键词没有 ...

D.01在本版资源交流区就有
A.01太老
作者
Author: sobereva    时间: 2016-1-31 14:26
wxy 发表于 2016-1-31 12:15
看到这个求助，顺便在此求教Sob老师：读文献发现旋光度计算有的用DFT（不含时）、有的用TD-DFT方法。不清 ...

说用DFT的实际上就是TDDFT
作者
Author: wxy    时间: 2016-1-31 16:14
sobereva 发表于 2016-1-31 14:26
说用DFT的实际上就是TDDFT

就是说旋光度计算得用TDDFT。谢谢！
作者
Author: hplc2008    时间: 2016-1-31 23:27
含时的是不是要加td=（），DFT不用加是吗？
计算一定得用含时的吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2016-2-1 00:39
hplc2008 发表于 2016-1-31 23:27
含时的是不是要加td=（），DFT不用加是吗？
计算一定得用含时的吗？


就用polar=OptRot CPHF=RdFreq就够了，不要写TD
TDDFT是在这类型计算时理论层次上会涉及到的，但是你不用写TD来表示做一般性的TDDFT电子激发计算。
作者
Author: bomsaude    时间: 2016-2-3 17:47
楼主，你这个计算和实际测试的误差大吗？我看了一些这方面的文献，感觉很难计算，对于一个手性小分子而言，采用的的方法和基组都很大了，结果也不理想：有的连正负都算不对，更不用说数值了，如果是大的分子，就很难算得动了，太费时间了，而且结果也不好说。请问楼主计算得如何？谢谢！
作者
Author: bomsaude    时间: 2016-2-3 18:22
从文献上找了一个分子，我算了一下如下，结果如下：

输入文件：


  2. %chk=or1.chk
  3. # b3lyp/6-311+g** opt freq

  5. Title Card Required

  7. 0 1
  8. C                 -1.81661868    0.71874227   -0.02995386
  9. H                 -1.29576013   -0.16152962   -0.34416362
  10. H                 -1.37450660    1.57793245   -0.48955057
  11. H                 -2.84405289    0.64796662   -0.32024638
  12. C                 -1.72383932    0.85094818    1.50155311
  13. C                 -1.73590925    2.07748999    2.07776189
  14. H                 -1.64984590   -0.02561221    2.11070568
  15. C                 -1.74797916    3.30403168    2.65397091
  16. H                 -1.82196840    4.18059236    2.04481824
  17. C                 -1.65520579    3.43623705    4.18547828
  18. H                 -0.62777262    3.50701065    4.47577501
  19. H                 -2.17606392    4.31650987    4.49968613
  20. H                 -2.09732140    2.57704762    4.64507299

  22. --link1--
  23. %chk=or1.chk
  24. # b3lyp/6-311+g** polar=optrot geom=allcheck guess=read cphf=rdfreq

  26. 589.3nm

  28. --link1--
  29. %chk=or2.chk
  30. # hf/6-311+g** opt freq

  32. Title Card Required

  34. 0 1
  35. C                 -1.81661868    0.71874227   -0.02995386
  36. H                 -1.29576013   -0.16152962   -0.34416362
  37. H                 -1.37450660    1.57793245   -0.48955057
  38. H                 -2.84405289    0.64796662   -0.32024638
  39. C                 -1.72383932    0.85094818    1.50155311
  40. C                 -1.73590925    2.07748999    2.07776189
  41. H                 -1.64984590   -0.02561221    2.11070568
  42. C                 -1.74797916    3.30403168    2.65397091
  43. H                 -1.82196840    4.18059236    2.04481824
  44. C                 -1.65520579    3.43623705    4.18547828
  45. H                 -0.62777262    3.50701065    4.47577501
  46. H                 -2.17606392    4.31650987    4.49968613
  47. H                 -2.09732140    2.57704762    4.64507299

  49. --link1--
  50. %chk=or2.chk
  51. # hf/6-311+g** polar=optrot geom=allcheck guess=read cphf=rdfreq

  53. 589.3nm

复制代码


部分结果如下：

DFT结果：Molar Mass =     68.1182 grams/mole, [Alpha] ( 5893.0 A) =      103.70 deg
HF结果：Molar Mass =     68.1182 grams/mole, [Alpha] ( 5893.0 A) =       82.36 deg

似乎这个结果还可以，不知道结果是误差互相抵消了，还是能够预测这个分子的旋光度？
作者
Author: hplc2008    时间: 2016-2-15 11:29
旋光度计算出来也不是很对的上，有时误差也大，只要初始结构对计算的正负一般没发现问题
作者
Author: qcn    时间: 2017-8-19 21:46
请问sob老师，计算旋光用什么泛函和基组较好，需要考虑添加弥散函数吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2017-8-19 23:38
qcn 发表于 2017-8-19 21:46
请问sob老师，计算旋光用什么泛函和基组较好，需要考虑添加弥散函数吗？

PBE0就可以
必须有弥散函数
作者
Author: qcn    时间: 2017-8-20 10:20
谢谢Sob老师
作者
Author: qcn    时间: 2017-8-20 23:35
请问Sob 老师，旋光计算，耦合常数计算，NMR计算，是否都要做构象搜索，结构优化，单点能，确定构象分布，最终才做以上计算。
作者
Author: sobereva    时间: 2017-8-20 23:55
qcn 发表于 2017-8-20 23:35
请问Sob 老师，旋光计算，耦合常数计算，NMR计算，是否都要做构象搜索，结构优化，单点能，确定构象分布， ...

看体系，一般柔性体系需要
作者
Author: qcn    时间: 2017-8-21 16:09
谢谢sob老师
作者
Author: qcn    时间: 2017-8-21 22:45
请问sob 老师，pc-J序列和IGLO序列基组不是高斯09的内置基础，我在EMSL数据如何下载来用？有没有具体的步骤？
作者
Author: qcn    时间: 2017-8-21 22:51
我在计算偶和常数，输入文本这样写：b3lyp/epr III nmr=spinspin mixed 有问题吗？
作者
Author: qcn    时间: 2017-8-21 23:16
请问 sob 老师，EMSL基组库的基组拷贝需要选择元素，选择依据是什么？凡是分子体系里的含有的原子都要全部选上吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2017-8-22 00:28
qcn 发表于 2017-8-21 23:16
请问 sob 老师，EMSL基组库的基组拷贝需要选择元素，选择依据是什么？凡是分子体系里的含有的原子都要全部 ...


只对程序没有内置的基组，但体系中某些元素又需要用那个基组，才去EMSL拷。缺哪个元素拷哪个，都缺就都拷。
作者
Author: sobereva    时间: 2017-8-22 00:29
qcn 发表于 2017-8-21 22:51
我在计算偶和常数，输入文本这样写：b3lyp/epr III nmr=spinspin mixed 有问题吗？

照着手册写，是epr-III
mixed多余
作者
Author: qcn    时间: 2017-8-22 01:32
谢谢sob老师的回复。您的意思我可以这样理解吗：假如我有个分子含C H O N四种原子，在 EMSL数据库想拷贝pc-J
序列基组，是不是要在页面的元素周期表选择点击C H O N四种元素再拷贝？
作者
Author: qchem    时间: 2018-5-14 22:25
sobereva 发表于 2017-8-20 23:55
看体系，一般柔性体系需要

这个算出来的值大于360度要怎么处理呀？实验上只是几十度的
作者
Author: sobereva    时间: 2018-5-15 06:49
qcn 发表于 2017-8-22 01:32
谢谢sob老师的回复。您的意思我可以这样理解吗：假如我有个分子含C H O N四种原子，在 EMSL数据库想拷贝pc- ...

是



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3