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标题: AMD7742 CentOS 7 VASP 5.4.4编译翻车经验总结 [打印本页]

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Author: Epikur 时间: 2021-11-19 16:52
标题: AMD7742 CentOS 7 VASP 5.4.4编译翻车经验总结
其实编译VASP5.4.4已经没啥好说的，社长的教程，刘博士的视频照着做都应该没有问题。
我的问题主要出在使用oneapi上，最开始直接下载了当时最新的oneapi 2021.3，编译很顺利，运行vasp_std正常出结果，但是mpirun的时候没有报错，没有scf输出，直接卡住了。

接下来想找旧一些版本的oneapi来重新编译，没有在官网上找到历史版本的下载接口，好在知乎上有人记录了wget 2021.1版本，重新下载Oneapi 2021.1，当时看起来一切正常，任务能跑。稍微让我有点疑虑的有几点，一是OUTCAR中的计算时间user time 和system time居然是相当的，二是不同核数并行的耗时差不多，总任务耗时和超算的E5-2690 V4对比差不太多，没有再详细对比。

使用了一段时间后，一运行vasp就出现segmentation fault报错，各种ulimit操作都用了也毫无办法。请教了专家，在编译的时候FFLAGS 加了heap-arrays 64重新编译，然后可以恢复运行，这时候用vasp_gam做了一些计算，发现在vasp_gam得到的结果中，system time居然是远低于user time的，就此又咨询了一些高人，才真正意识到编译的有问题，机器的性能根本没有发挥出来。

接下来用各种编译器重新编译，包括Oneapi 2021.4，2017和2019版本的parallelstudio，Oneapi的问题仍然是不进行电子scf计算。使用2017编译，在一开始parse icpc的时候直接报错跑去调用gcc了，更换2019也有同样的问题，高人指点下把GXX_PARS = icpc 后面加上 -ansi，然后顺利编译，新的vasp_std运算的system time也正常了。Makefile.include在Make file.include.intel的基础上只修改了以下内容，不知道为何，-xhost编译会报错，-xcore-avx2能够顺利编译。

FFLAGS = -assume byterecl -w -heap-arrays 64
OFLAG = -O2 -xcore-avx2
OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
CXX_PARS = icpc -ansi

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Author: biogon 时间: 2021-11-19 17:14
本帖最后由 biogon 于 2021-11-20 11:35 编辑

之前oneapi21.3编vasp5.4.4不管是8352Y还是7502上编出来的都是有一样的问题，属于根本不能用，后来编vasp6就没这些破事了

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Author: Epikur 时间: 2021-11-19 17:21

biogon 发表于 2021-11-19 17:14
之前oneapi21.3编vasp5.4.4不管是8352Y还是7542上编出来的都是有一样的问题，属于根本不能用，后来编vasp6 ...

关键是21.1编出来还能跑，我才知道编译，能运行和编译对了不是一回事儿

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Author: pwzhou 时间: 2021-11-19 19:28
vasp和intel编译器版本之间的兼容简直就是一个灾难，记得最好选用vasp这个版本出来之前的intel编译器版本，用最新版的出不出问题纯看运气。一旦知道哪个版本好用，以后就一直用这个版本就是了。我到现在编译vasp 5还是用的intel 2015u3。

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Author: abin 时间: 2021-11-19 19:29
2015, 2016年发布的代码，
凭啥要支持后来新出来的编译器？

Intel手册有讲xHost是做啥的？

虽然都是x86处理器，两者支持的指令集还是有差异的，
尤其是采用intel工具。

intel又没说，俺家的工具，
在竞品上，能100%可用。

作者
Author: ShangChien 时间: 2021-11-20 19:11
我在5950x上也使用oneapi编译过vasp5.4和6.1，也是不报错且不出电子部。所以楼主最后还是用2019版的intel编译器吗？

作者
Author: Epikur 时间: 2021-11-21 09:55

ShangChien 发表于 2021-11-20 19:11
我在5950x上也使用oneapi编译过vasp5.4和6.1，也是不报错且不出电子部。所以楼主最后还是用2019版的intel编 ...

应该是2019，2018，2017都行

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Author: z9527567 时间: 2021-11-26 12:59

biogon 发表于 2021-11-19 17:14
之前oneapi21.3编vasp5.4.4不管是8352Y还是7502上编出来的都是有一样的问题，属于根本不能用，后来编vasp6 ...

我21.1编译vasp6.1还是各种吐核

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Author: vantasyoscar 时间: 2021-12-4 17:01
想问一下OUTCAR中的user time和system time是什么意思呢？为什么这两个相同就代表有一点问题呢？感激不尽

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Author: zblxyrz 时间: 2022-1-17 16:40
请问楼主，我也是7742，按照楼主的方法编译，我发现最多只能使用32核跑，再多就会不出电子步，看OUTCAR发现是停在“serial 3D FFT for wavefunctions”这一句，请问您是否遇到过这种问题？

作者
Author: Epikur 时间: 2022-2-22 13:37

zblxyrz 发表于 2022-1-17 16:40
请问楼主，我也是7742，按照楼主的方法编译，我发现最多只能使用32核跑，再多就会不出电子步，看OUTCAR发现 ...

没有，换个intel全家桶试试？现在解决了吗？

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Author: zblxyrz 时间: 2022-2-27 20:50

Epikur 发表于 2022-2-22 13:37
没有，换个intel全家桶试试？现在解决了吗？

还没有，请问您linux用的什么版本？

作者
Author: Epikur 时间: 2022-3-17 09:27

zblxyrz 发表于 2022-2-27 20:50
还没有，请问您linux用的什么版本？

用的是centos7.6

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