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标题: 请问大家如何解释PB模型中非极性溶剂化能值为零？ [打印本页]

作者
Author: NicoleDH 时间: 2021-11-20 21:10
标题: 请问大家如何解释PB模型中非极性溶剂化能值为零？
大家好！

本人最近在学习用Amber的MMPBSA.py模块计算结合自由能，以及做残基的能量分解。发现能量分解使用PB模型时，计算出来的非极性溶剂化能值全部为0，感到疑惑。
结合自由能是由范德华能量项、静电能量项、极性溶剂化能和非极性溶剂化能四项组成，如果非极性溶剂化能都为0，后面解释残基的能量贡献要怎么去解释呢？
我在网上查了原因，有人解释说PB模型未实现对非极性溶剂化的分解，请问有老师知道有文献或者靠谱的官方说明文档对此解释吗？

非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-22 06:01
PB算的是极性部分，非极性部分是MMPBSA里面SA这部分的事，跟PB一点关系也没有
程序不支持SA的分解那就只能想别的法子。比如溶解自由能的非极性部分往往是对SASA做scale来得到的，因此你可以试图用VMD算蛋白、蛋白-配体复合物中各个残基对应的局部SASA（见下文），再手动折算成各个残基对溶解自由能的非极性部分的贡献，并从而得到对结合自由能的非极性部分的贡献
使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积
http://sobereva.com/487（http://bbs.keinsci.com/thread-13392-1-1.html）

作者
Author: NicoleDH 时间: 2021-11-22 15:44

sobereva 发表于 2021-11-22 06:01
PB算的是极性部分，非极性部分是MMPBSA里面SA这部分的事，跟PB一点关系也没有
程序不支持SA的分解那就只能 ...

嗯嗯，感谢sob老师，我再去学习一下。

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