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标题: 请教一下，盒子内某物质在Z方向的数量密度的物理意义是什么 [打印本页]

作者
Author: 牧生 时间: 2021-11-21 20:05
标题: 请教一下，盒子内某物质在Z方向的数量密度的物理意义是什么
本帖最后由牧生于 2021-11-21 21:11 编辑

偶然想到这样一个问题，数量密度，是指单位体积内某种分子的数量吗？
以冰文件2304.pdb进行模拟，完成模拟后的盒子体积约为 2.6×3×2.85=22.3 nm3
转为四点水模型后，低温下模拟了一段轨迹。
然后gmx density -f md.xtc -s md.tpr -dens number -ng 1 -symm -sl 10000
得到的图像如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 24)

问题：即使以图中水分子平均数量密度为50 nm-3计算，那么，在22.3 nm3内，就可以有1111个水分子。。但实际上2304.pdb内只有768个水分子。

请问如何去解释

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-22 05:56
是单位体积内的粒子数目，没有特殊情况下，这里的粒子指所有原子和虚拟点。别忘了四点水模型有个虚拟点

作者
Author: L-jun 时间: 2023-3-17 17:11
本帖最后由 L-jun 于 2023-3-18 10:33 编辑

请问使用 mdp文件里写了 energygrps = ，freezegrps = ，freezedim = ，没看懂手册，这样这仨起作用了吗？

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