公社群聊Q&A整理：2016.01.28 20 ~ 2016.02.01 00 - 计算化学公社

2016.01.28 20:53:00
Q:
请教个问题，我做分子在真空中的自聚，建模的时候怎么设定盒子的大小？
我说说我的做法的，麻烦帮我看下，我做的是表面活性剂在甲苯里的自聚，已知表面活性剂的含量是7%，溶液密度0.86，我选了64个表面活性剂分子，通过计算得到甲苯的分子数，在算出盒子的每个边长，然后把甲苯全部删除，不知道是不是合理
A:
真空中自聚都没必要设盒子
Q:
sob老师那怎么得到体系的初始结构
A:
用molclus里的genmer工具生成就行，很省事
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
复杂点的可以用packmol，但一般没必要。
Q:
Maestro也不错啊
A:
正好这两天也算了个自聚问题
genmer产生的含40个分子的初始结构
[图片]
大约2ns MD之后
[图片]
Q:
我按molecus没顾上学，我是用packmol建的，packmol建模的时候不是要写盒子的边长吗，
A:
学genmer的使用只需要你学packmol的1/5的时间
Q:
这个工作漂亮!
自聚做成这样子太理想了
这是用的什么力场……
明天学学吧，molecus都按了几个星期了
A:
antechamber+acpype+gromacs跑的
Q:
还是sob老师厉害啊，
A:
真空下跑的，跑成这样容易，但溶剂下的话就得跑好久了
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2016.01.28 21:05:23
Q:
请问这是怎么回事
我只能找到MO啊
sob老师
刚才我看了您在论坛上给我的回答
我的问题是：
我按照manual的4.0.2中写的，在关键词中加入pop=nboread，然后再末尾在空一行加入$NBO plot file=./ $END，计算后文件夹中出现了LE.31~LE.41这11个文件。然后打开Multiwfn，把LE.31拖进去，让我选择，我输入37后，出现一行文字，我不大明白，把图刮了上来，请老师帮忙看一下，麻烦您了。
[图片]
您的回答是：
你用的基组太大，包含了g或更高的角动量。
要么用小一点的基组，要么高斯计算的时候在#后面写上6d 10f
意思是不是我的关键词需要写成：
#p b3lyp/gen pseudo=read pop=nboread scrf=(solvent=water, smd) 6d 10f
是这样的吗
A:
不要在论坛和群同时问同一个问题，群规里提到了
Q:
哦，sorry
sob老师，用.fch的方法观察到的是MO吧，如何才能观看到NBO呢
A:
都写了
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
Q:
我看了呀，但还是没弄明白分子轨道和自然成键轨道是啥关系
都是轨道
A:
博文是告诉你怎么绘制图像，NBO的原理看这些资料
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
short answer：毛直接关系都没有
Q:
omg
这几天白想了
A:
想搞明白NBO，先了解密度矩阵、自然轨道的概念，然后再去看上述那些NBO资料
Q:
我在.out文件中找到了U-N的自然轨道成键方式，怎么绘制出这个键的轨道啊
A:
那不叫“自然轨道成键方式”
那叫对应于U-N成键的自然键轨道
博文里都说了，NBO plot文件载入.37看相应编号的轨道
要么用pop=saveNBO的fch文件去看，但注意查看输出文件末尾显示的排序前后的对应关系
Q:
哦，这意思啊
上次我用.fch文件去看，结果没找到，找到原因了，呵呵。所以这次我加入了IOp(3/32=2)再算一次，打算用.37文件来观察，这个毕竟不会出现顺序混乱。
天哪！
我没人指导，怎么搞！！！
气死我了
A:
俺当年也全是自学的
Q:
中国只有一个sob啊！
http://baike.baidu.com/link?url=8kH2N0dbYuzZlMozC6TSK41D6jvqvXHJiZpOZ2x_yzCyG-8QLmgN9qs61hxunR_zc64azBIN7lDg5450nRp-_a
邮箱自己查把
不客气
我是纯外行
老师，加了IOp(3/32=2)还是刚才的问题啊
请问multiwfn中观看轨道图中的isovalue一般设置多大
给力
呵呵，有道理
是不是如果两个原子的贡献相当，那么就可以调的大一些也可以看清楚
如果贡献差的较多，就需要调小一些，不然贡献小的那个原子的部分就看不到了
是这样吗
A:
文件再次发给我
Q:
请问在AIM中找到了成键的BCP点，但是在NBO中没有这个键，怎么办
A:
有BCP不代表有化学键
而且NBO是否出现BD也根本不能用来判断是否成键
Q:
那比较弱的化学键怎么才能分析成键方式呢
A:
很多人不懂NBO，不知道其局限性甚巨，严重夸大NBO的用处
Q:
刚才我分析了另一个分子中U-O的弱成键，文献中认为有成键，从键长也可以看出有作用
A:
此文5.2节
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
Q:
但是从NBO中找不到这个键
A:
弄明白NBO的搜索方法就自然知道NBO的任意性有多大
Q:
我想让它找到这个键，有办法吗
A:
用$CHOOSE，看手册
Q:
哦，谢谢老师
请问$choose是一个命令？
我在g09手册中没找到啊
A:
RTFNBOM
Q:
?
没懂
A:
RTFM的变体
Q:
手册里还是找不到 choose rtfnbom rtfm
A:
[图片]
Q:
不好意思
让你见笑了
关于NBO的真的没大看过，也看不大懂
以前看的都是您写的关于计算结构的资料
sob老师，请问那个choose方法咋用？
怎么才能让g09NBO计算中找到我想要的那个键呢
看NBO手册B-20节
更正，B.4节，B-20页
[图片]
多谢
多谢
[图片]
哈哈哈哈往上翻了一下，好萌
见笑
请问能把您刚才给我发的截图的那个g09英文版手册发给我一份吗
我的是中文版的@LiYuanhe
谢谢了，还在吗？
[图片]
1. 学会用google搜索RTFM什么意思
2. 在提问前学会用google搜索其他涉及到的问题
3. 仔细读别人的回复
[图片]
?
求指点
真晕了
Read the Fucking NBO Manual
"NBO Manual"
我的手册是中文的
找不到这一页啊
NBO！
不是G09
！
NBO是一个独立的程序
A:
[图片]
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2016.01.28 21:09:04
Q:
Liu同志新搞的iCI，让我想起了Krylov的iOpenShell
[图片]
以后编个软件叫iQuantum
A:
现在大liu的scope挺广
相对论、TDDFT、NMR、片段加速、post-HF
Q:
[表情]突然对于一直不知道刘文建老师到底在做什么感到释然
网上能找到的量子化学教学视频，有刘文剑老师的，可是那音质简直是折磨人....哪位有更好的推荐吗？
开学后来北大听课233
噫，确实应该上课的时候录一份
北大不让进……
你找一张以红色为主的花花绿绿的卡，放到钱包里露个头，离校门5米的地方主动掏出来闪一下就收起来，就行了
以及东门和小西门比东南门和西门松的多
A:
想当年高中时候去北大都是随便进的
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2016.01.28 21:33:06
Q:
请问能分享一下B3lyp的源文献么，谢谢啦[表情]
A:
J. Phys. Chem., Vol. 98, 11623
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2016.01.29 11:08:06
Q:
物理化学进展，是不是算一本普通刊物呢？有人知道吗，但是普通刊物也没有1800的出版费，这个价格都核心一的版面费了。
A:
是普通刊物。
物理化学进展有时有半价活动，赶上的话版面费能少一半
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2016.01.29 11:08:06
Q:
[图片]请问下各位这种spatial distribution function图是用什么软件画的呀？
啊呀~
A:
VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法
http://sobereva.com/14
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2016.01.29 11:08:06
Q:
想问个问题，用Multiwfn进行拓扑分析生成键径的时候，Multiwfn那个标准是什么？打个比方，在甲醛和水的团簇里面，甲醛上的氢原子与水里面的氧原子距离是2.0A，正常这两个原子间应该生成键径的，但是Multiwfn却没有显示，希望有人能解答！谢谢！
A:
先搜索出相应的BCP再谈键径。没有什么“标准”，只要是该有的CP，Multiwfn都能找出，前提是CP的搜索方式用得合理。
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2016.01.29 13:04:15
Q:
老师，请教下您关于反铁磁性的问题。看文献中算CeO2按照对称破缺计算，您的帖子中也谈到过两个含Mn和Fe的反铁磁性体系的例子。遇到一个体系如何判断它是否是反铁磁性的呢，有什么标准和规律吗？
A:
你能得到对称破缺单重态就说明是
如果经验不足，就实际算算
Q:
哦，只有含过渡金属原子的体系才有可能涉及反铁磁吧？主族金属不用试吧？
A:
对
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2016.01.29 16:08:46
Q:
[表情]
[表情]
[图片]娃娃来啦
[表情]
快跑！
[图片]
A:
不要刷无聊的图，否则扣分了
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2016.01.29 16:24:56
Q:
./Multiwfn: relocation error: ./Multiwfn: symbol kmp_set_warnings_off_, version VERSION not defined in file libiomp5.so with link time reference
安装后，启动multiwfn，这是什么错误？
A:
你的机子里是不是已经有其它的libiomp5.so文件了？导致没自动用Multiwfn里自带的这个文件
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2016.01.29 16:39:20
Q:
[图片]SOB老师，昨天您教我画表面静电式图，对一些小分子我们做的和一本教材上给的图例完全吻合，但这个碳酸根离子，我们做出来的是[图片]，做不出书上的那种结果，不知道问题出在啥地方了
A:
调调色彩刻度范围
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2016.01.29 17:08:55
Q:
Hartree fock theory最大的问题是不是距离了电子直接的exchange correlation ？
A:
不懂你的意思
关键问题是没考虑电子库仑相关
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2016.01.29 17:11:39
Q:
老师这个0.003 au怎么测试啊
[图片]
计算超极化率密度用的
A:
通过格点数值加和计算的超极化率和polar关键词直接给出的超极化率对比
Q:
老师如果我想考查beta对电场的稳定性（用FF方法），可以用高斯里的polar=（enonly，step=N）吗？
计算水平是DFT
A:
什么叫稳定性？
Q:
静态beta超极化率对电场强度关系
因为要用FF方法算beta 不用解析的
A:
如果你是指beta结果在FF计算时对电场的有限差分步长的敏感性可以这么弄
Q:
因为在计算超极化率密度之前，例子里测算了差分步长
[图片]
我想刚刚那个方法能不能也可以这么干
A:
这个自己手动弄就完了
你只需要测试考察你研究的那个分量
而enonly那个会计算所有分量，很耗时
Q:
那就是要用field关键词算单点能了把
A:
恩
算带field的单点是为了得到电场下的波函数文件
Q:
这么干需要零点能校正吗
A:
根本不是一码事
算超极化率密度算ZPE干嘛
Q:
不不不，老师可能误会了我的意思，我是指那个手工算的最佳步长怎么弄的
A:
用超极化率密度格点数据加和，和解析导数方法算的超极化率结果对比
一直说的就是这个问题
Q:
哦老师是不是事先算了一些列不同步长下的超极化率密度图然后选择最佳的对比？
A:
得到超极化率密度格点数据才能绘图
格点数据乘上空间微元加和就是FF+立方格点积分方式算的超极化率，结果受步长影响。看步长为多少的时候得到的结果和解析导数方法得到的最接近，之后就用什么步长时候做的超极化率密度图来分析讨论问题
Q:
啊我看到了老师
[图片]
是不是这样的
A:
y
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2016.01.29 20:15:25
Q:
sob 老师我想得到一个分子的二聚体，我用genmer得到初始结构，在discovery中跑了2ns，但是这个分子二聚体以前研究表明有三种缔合方式，这样只能得到一种缔合方式这该怎么办
A:
多生成一些初始结构
Q:
谢谢了。
sob 不是写过一个软件，找各种结合方式的
molecus
molclus
moleus能调用discovery吗
A:
非要拼错么
Q:
molclus
A:
本来molclus就根本不调用任何分子动力学程序
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2016.01.29 21:46:14
Q:
各位老师，是不是我用xqc方法优化出来的分子不是能量最低点啊？
A:
没有直接关系
原理上xqc根本不影响优化
Q:
Sobereva老师，我用xqc关键字和正常计算结束的Sum of electronic and thermal Enthalpies相差很多，不知道为啥，[图片]，[图片]。
A:
你既然不加xqc都能跑完，加它干嘛？
不要写一大堆dirty的关键词
Q:
因为我怕它跑不完，就算了两个
A:
比较结构差异，scf done的差异
哪个单点能低用哪个
Q:
哦哦，好的
那有些分子我可能用普通方法收敛不出来，必须用xqc，这怎么办呢
A:
先尽可能不用xqc
绝大多数情况用其它关键词都能解决
到最后非得靠qc才能收敛的情况，需要有所警惕
Q:
好，谢谢老师
嗯，请您指教在哪里要警惕？
A:
有一定可能结构不合理、电子态设定不合理、基组不合理等等，必要时做一下波函数稳定性测试。
凡是比较chemically meaningful的体系和设定，大多数不会非得靠qc才能苟且收敛
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2016.01.29 21:47:24
Q:
[图片]请问老师我能量化的描述的这几个等值点，例如20个极大值点有相同的静电势
A:
想问什么？
Q:
[图片]老师，因为我数了一下，我圈出的环形中共有20个蓝色的点，那表述为20个静电势极小值点形成了一个环形结构正确吗，还是仅仅笼统的说成许多
A:
就是体现出那个环形区域静电势数值都差不多
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2016.01.29 22:02:41
Q:
如果想用gaussian计算苯的6个C的2pz轨道线性组合成分子轨道，该怎么处理呢?
A:
做单点计算就完了，看图形找对应的MO
Q:
[图片]
不含金属的体系显示的分子轨道都是alpha MOs，一个轨道填充俩电子。但有金属体系的却分成了alpha MOs和beta MOs，一个轨道填充了一个电子
[图片]
这该如何判断分子轨道呢？
A:
后者是开壳层体系，轨道都是单占据的
同样是看图形考察
Q:
那图中这个是表明有97个分子轨道填充了电子？还是认为左边右边序号相同的是一个分子轨道呢？
A:
alpha MO填充了50个电子，beta MO填充了47个电子
当前是非限制性开壳层计算，alpha和beta电子的MO是不同的
这种alpha-beta轨道形状、能量不匹配是由于自旋极化效应造成的
Q:
啊，明白了，这也叫自旋轨道
所以在分子中，左右编号相同的自旋相反的电子是配对的吧
A:
没有严格配对，只能说近似配对，通过看轨道图形考察，或者通过Multiwfn来计算alpha与neta轨道间的重叠积分定量讨论
有些体系诸如双自由基，其中对应于单电子的alpha和beta几乎完全不配对
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2016.01.29 22:44:29
Q:
[图片]
hse06 这个泛函需要引用这么多文献么
有引用过这个泛函的么请指点一下
A:
引THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 124, 219906
Q:
谢谢sob老师我去查查
sob 老师这个是勘误表只引这个就可以么
A:
是
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2016.01.29 22:49:34
Q:
老师，请问NBO中 LP*的专业术语是什么啊@Sobereva
A:
姑且说成反键LP，虽然化学上说不通，但NBO框架内在形式上有这个东西
Q:
那写文章的时候LP*这种符号需要标注解释一下吗老师？
A:
不用
Q:
好的
老师，还有问题NBO中除了E(2),还有个E(j)-E(i),后者指的是什么啊？这个写文章需要标注吗？
A:
就是NBO轨道能
j、i两个NBO轨道的差值
Q:
就是它对应的donor和acceptor两个轨道的差值吗
A:
y
Q:
好的。那这个也不用解释吧？
A:
提一下
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2016.01.29 22:49:47
Q:
请教sob老师
低等级下单点算完了想换大基组再算
除了 guess=read 还需要加scf=restart吗
A:
不加
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2016.01.29 23:07:48
Q:
请问TDOS, PDOS , OPDOS 在multiwfn可以得到麼？
A:
可，看手册4.10节的例子
Q:
没有网页版的指引麼？
A:
[图片]
Q:
CDA能否支持激发态？g09的操作是否与基态一样？
A:
激发态仅限于你能用delta SCF方式描述的激发态。比如基态是单重态，你算的时候用三重态UDFT
Q:
看不懂，S0,S1或者T1能够用cda描述谁？
A:
不能
Q:
它是化合物
A:
用CDA的前提是你感兴趣的电子态能直接用HF、DFT轨道构成的单slater行列式描述
Q:
有这样一个想法，化合物有个键，会断裂，得到两个碎片（自由基），那么断裂前是三线态，于是看能不能使用cda来研究它断裂前的电荷变化
A:
可以
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2016.01.29 23:33:05
Q:
大家好，这么晚了，咨询一个电脑问题，升级win10之后，很多快捷键失效，而且好几个办公还有科研软件失效，打开错误。咋整？能再还原我的win7不？office都不管用了。
A:
好像听说能还原...
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2016.01.30 00:08:07
Q:
老师：您好！经常看见文献中这种计算公式，Ebind表示的是键能（分解成几个片段的键能），这个稍微明白一些，可是后面的Eprep,Eelstat,Epauli,fen分别表示的文章中有描述，能大概的看懂，可是一直不明白是怎么计算出来的，还望老师指点指点谢谢，！[图片][图片]
A:
做能量分解
此文第10节简要提及了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2016.01.30 11:59:47
Q:
请教sob老师大基组和小基组给出了不同的NBO轨道判定(BD,LP,BD*等) 请问这是怎么回事？
A:
小基组具体指什么？一般6-31G*级别对NBO就够了。
Q:
3-21G vs aug-cc-pVTZ
我分别算了一下H2(2-) 前者算出来了2个LP 后者居然算出了BD和BD*
两个LP还挺好理解的就是互斥然后这个分子不存在
A:
3-21G太low，没有参考价值
这也体现出NBO有很大的任意性，所以不要将它的结果太当回事
Q:
感觉对H2（2-）来说3-21G应该够了
而且H2（2-）确实也不存在
A:
3-21G太low，6-31G*是能正确描述电子结构的底限
Q:
喔那我再试试谢谢sob老师
A:
那个计算量很小，而且也没有能够并行化的地方，所以没并行化
Q:
用6-31G*和aug-cc-pvQz分别做了一下前者是对的后者结果不对
A:
这也体现出NBO内在原理上的缺陷
完美的方法，应当随着基组逐渐接近CBS，结果愈发合理
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2016.01.30 12:13:06
Q:
请问Multiwfn的AdNDP计算功能，好象不能并行计算，是不是?
A:
那个计算量很小，而且也没有能够并行化的地方，所以没并行化
Q:
我计算了一个38个原子的体系，算到7中心基本就算不动了，还有30个电子没划分
目测应该有8中心以上的
A:
- * / 什么基组？
Q:
lanl2dz，算的是贵金属
A:
- * / 直接用那种全排列方法搜索，即便并行了，原子数多了照样算不动。所以这种情况只能自定义限制搜索涉及的原子范围，或者直接手动输入要尝试的原子组合。往往需要结合MO和直觉考察应该怎么搜索，必须进行人为导向
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2016.01.30 13:03:04
Q:
正则轨道是不是和自然轨道对立的概念？
Canonical 和 localized 对立吧
嗯
自然轨道好像就是定域
我不太清楚啊smutao老师，似乎是的。在看一篇跃迁密度矩阵的文献，里面提到了这个名词。跃迁密度矩阵是推导自然跃迁轨道的基础。
不确定，即使算也只是localized中的一种
跟你们说的是符合的
A:
T 正则轨道就是指直接求解HF或KS-DFT方程得到的轨道
自然轨道是对于后HF而言的。后HF脱离了单电子近似，本身没有HF、KS-DFT那样的轨道的，但是可以通过对角化密度矩阵来得到一套轨道，就是自然轨道。
自然轨道和正则分子轨道一样也是有高度离域特征的。NBO轨道定域性很强，2中心或3中心，是通过对整个体系密度矩阵在局部进行对角化得到的。
与正则分子轨道直接对立的是定域化分子轨道，是对正则分子轨道进行酉变换得到的，有高度定域性。
从定域程度上来分
定域：自然键轨道(NBO)、定域化分子轨道(NLMO)
半定域：AdNDP轨道
离域：正则分子轨道(CMO)、自然轨道(NO)
从理论方法来分
CMO、NLMO：对HF、KS-DFT而言的
NO：对后HF而言的
AdNDP、NBO：对HF、KS-DFT和后HF波函数都可产生
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2016.01.30 16:47:53
Q:
文章讨论部分可以把电荷分析放到结构讨论那一块吗？求指点？ [表情]
A:
应该是电子结构讨论部分
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2016.01.30 16:50:40
Q:
老师，用Multiwfn根据超极化率密度积分得到的beta分量和 polar算出来了分量差一个负号要紧吗？
A:
高斯给出的超极化率少了负号
Q:
但我 beta分量是从Multiwfn里 parse 抓取的呃
没有修正吗……
A:
确认电场方向加的方向没搞错
仔细看博文的例子
Q:
sob 老师
[图片]
这个最后一个数值是笔误吗？差一个负号
A:
y
Q:
[图片] 老师，这个是g高斯输出里的 βxxx分量对吧
A:
和multiwfn解析出来的对照
Q:
符号相同啊
没有校正……
老师你等一下我截图
[图片]
老师这是Multiwfn里的分析
是不是程序Bug呢？
我发现有些符号是对的
[图片] 这是几个分子的对比图
A:
输出文件传上来
Q:
ok 我把3个输出打包
这三个分子符号有误，其它都ok
我用的是 3.3.9（dev）版的
A:
那是高斯自己搞怪
Multiwfn不是从archive部分读的，而是前头读的
[图片]
Q:
那看的是[图片]这个加符号吗
A:
和其它几个没问题的输出文件对照对照看是怎么回事
或者自行对极化率做有限差分验证一下
Multiwfn解析出来的应当无误
Q:
我是和超极化率密度空间格点积分对比的，也是您的那个博文里的方法验证
发现就这三个分子是符号有矛盾，其它都是和Multiwfn里parse的一致
然后看了看其他正常的高斯文件，前头读的和archive 读得都是一致的
A:
就那几个文件，高斯前头输出的和archive部分符号是反的？
Q:
嗯
其它5个分子都正常然后Multiwfn也是正确corrected的了
老师要不把其余的文件也上传一下吗
A:
和其它5个分子用的关键词都一样么？
可
Q:
一样
稍等麻烦sob老师了
这是全部8个分子
A:
搞明白了
最后输出的是输入朝向下的超极化率结果，前头输出的是标准朝向下的结果。
那三个前后符号相反的，从输出文件里能看到正好高斯把体系朝向反转了一下。
Q:
也就是说Multiwfn分析的都是标准朝向下的吗
A:
对
Q:
对标准朝向纠正
A:
可
Q:
唉看来以后算polar 也要nosymm了么
老师，这样的话我定义的分子朝向如果正好是和高斯标准相反，人工在补上符号可以否
这样和我超极化率密度积分分析的符号一致了
A:
要想绝对的放心就用nosymm
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2016.01.30 19:04:57
Q:
请教大家，VMD中如何得到某两个原子间键长随时间变化的数据呢？
A:
点数字键2，点击两个原子，然后graphics-label，切换到bond标签页，下面选Graph标签页，选show preview可以查看，还可以导出数据
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2016.01.30 19:05:42
Q:
[图片]Gromacs计算时如何提供原子电荷信息？
A:
在拓扑文件里[ atoms ]里定义
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2016.01.30 20:32:05
Q:
[图片]请问，IRC出现l123错误是怎么回事？我在网上查，说是加大循环可以解决？
A:
Sobereva(190258442) 20:29:57
IRC里写LQA
Q:
谢谢sob老师，那就不是循环的问题吧？@Sobereva
sob老师您这个图太经典了，菜鸟。我看说明书，LQA是对预测步骤使用局域二次近似，这是什么意思呢？而且我的IRC曲线里出现这个情况，[图片]
A:
LQA法产生IRC不去做校正步所以不会因为校正步不收敛而报错
群里提过N多遍
Q:
我要把sob发的图片，作为头像
哦，那sob老师，[图片]这个可能会是什么引起的呢？
A:
IRC正常结束后就不会有这个
Q:
嗯，好的，我先加上LQA试试，看是否会消除此点，且正常结束。谢谢sob老师！[表情]@Sobereva
sob老师，那这个默认的加矫正和LQA不做矫正会有什么区别呢？
A:
默认的HPC会做校正步以让IRC更平滑，但做校正步时经常遇到不收敛
Q:
原来如此。基本不会对结果造成影响？还有，我看说明书，HPC对大分子体系是不实用的，这个大，大概指的是多少个原子？
A:
并没有明确标准
也并非不能用于大体系
关键毛病就是那个校正步出现不收敛的情况太频繁
关键毛病就是那个校正步出现不收敛的情况太频繁
[图片]
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2016.01.30 20:39:36
Q:
Sob你觉得模拟发一区文章是否比试验要难？
A:
肯定的
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2016.01.30 20:41:33
Q:
Sob你gmx培训幻灯片做完了？
A:
没呢
杂事多
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2016.01.30 20:43:03
Q:
[图片]请问这个NTO轨道转换的表达式是不是错了？以前看到的都是这样[图片] 实在搞不明白第一张图那个大sigma加和号是怎么操作的
[图片]第一张图的公式，看起来像是对所有MO（j=1-->N）分别变换（变换矩阵为U矩阵第i行），然后进行线性组合后再得到第i个NTO？如果这样解释的话，感觉跟第二张图的定义完全不同。我理解的变换矩阵应该是整个U才对。糊涂了，请各位老师帮忙瞅瞅[表情]
sob老师，我那个问题太low了吗？你给忽略了[表情]
A:
忙
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2016.01.30 20:46:06
Q:
请教sob老师，我在用gaussian对实验结果进行拟合时，实验上是液态的，那我要不要采用溶剂模型？如果采用溶剂模型，是要采用隐式溶剂还是现实溶剂模型呢？
A:
不说更具体没法说
Q:
嗯嗯，就是乙醇溶液的模拟，模拟形成的不同的分子团簇
A:
什么意思？乙醇溶液中某种分子形成的团簇？
Q:
我模拟的是乙醇溶液中形成的乙醇分子团簇，计算不同大小的团簇的能量，稳定性，是不是要加溶剂模型
A:
加
Q:
嗯嗯，那加显示溶剂模型还是隐式溶剂模型
A:
隐式
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2016.01.30 21:37:48
Q:
请教大家，为什么做gromacs的时候，要用resp电荷，为什么不要mullikin或者nbo电荷？如果使用了？有什么差别，是正误差还是负误差？有人对比过麼？
resp电荷对构象的依赖要小一些
A:
mulliken、NPA电荷对静电势重现性太差所以没法用于分子动力学，看群共享里《原子电荷方法的对比》
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2016.01.30 21:50:21
Q:
Lumo和homo的差值小表示此种物质更稳定吗
A:
没必然关系
Q:
那稳定应该从什么角度去分析呢？热力学
A:
关于稳定性参考这些帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
Q:
一种物质有三种异构体，想要说明为啥某种异构体分布最多，可以通过lumo减去homo吗
A:
应当计算自由能，根据玻尔兹曼分布考察
前提是构性分布是热力学控制
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
Q:
动力学控制看来就不合适这种了吧
A:
恩
Q:
sob老师，根据您这么说，要是一分子二聚体有不同结构，是否也可以根据根据Boltzmann分布计算不同构象所占比例哪
A:
可
构型/构象搜索程序molclus程序里的isostat工具在对结果进行统计的时候就会直接按照波尔兹曼分布给出指定温度下的分布比例
Q:
你的molclus发文章怎么应用
A:
Tian Lu, molclus program, ver x.xx, website: http://www.keinsci.com/research/molclus_EN.html
以后有空时再写成文章发表
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2016.01.30 23:16:04
Q:
我一直有个疑问，是不是美国人自己用的高斯，和发布出来给全世界用的高斯，代码不一样？
我估摸着不一样，最新的好的应该留着呢。。。
A:
一样
Q:
哦哦
A:
顶多是开发组自己用的和public的不一样
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2016.01.31 17:30:42
Q:
问下，学校没买的文献如何下载？
A:
sci-hub
Q:
具体是怎么用，以前用过，现在忘了......
A:
看群规
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2016.01.31 17:33:47
Q:
看到个说法，只要换种语言写作，就可以回避软件著作权。比如把MultiWFN用C++重写一遍，然后换个名字比如PowerWFN，就可以重新弄一个项目～
A:
并无法预感到用其它语言重写一遍在学术界能捞到任何好处，反倒搬起石头砸自己的脚
得利的话也得不了什么利，原本的程序都免费公开了大家谁都能用，又没法把原本的程序给消灭掉买他重写后的程序
国家基金，若搞不好被揭发也会搞臭名声
Q:
这样有意思吗？什么都山寨
我觉得可以山寨一个gaussian
Multiwfn就不用了吧
A:
如果重写程序，重写外国一些知名度低的开源程序，再在其基础上加点花样，比如弄个更好的interface，我想倒更容易得手
Q:
估计山寨Gaussian还是有难度
逼近式那么多人做的给Gaussian用
“毕竟”
也可以搞个大杂烩界面，把lammps gromacs dlpoly qchem都敢进去
跟ms那样
中国也就有了自己的桌面模拟软件了
对计算机专业的人，我觉得应该不是难事
界面不难，但那些物理、化学的算法就麻烦了
那个直接把那些代码买断啊
Lammps wien2k raspa什么的
但国内能真正写大型程序的确实不多，就是会的也慢慢死掉了
中国人自己的软件就别山寨了
你要是有核心算法找人开发还是很容易的
山寨老美的，让别人无路可走
[表情]
光山寨不是条路子
让它们高斯公司装逼，靠
还搞个禁止名单
[图片]天朝小人太多，还是不要公开源码比较好
Sob是学者，太不懂社会了，哎[表情]
敬告老师还是别公布源码了
A:
心里有数
所以才申请著作权登记
Q:
还是没用的，小人想规避这个，还是有各种各样的方法
A:
程序知名度越大、历史越长，越不好山寨，山寨完了也越难以发布
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2016.01.31 19:02:22
Q:
麻烦问您一下 ORCA 能输出分子在指定位置产生的电场吗？我在ORCA论坛问了没人回我
A:
ORCA能不能输出我不知道，但是用orca产生.molden文件，载入进multiwfn，用主功能1可以得到指定位置的电场
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2016.01.31 22:45:26
Q:
弱问一下，分子的 Jacobi 坐标是不是就是“内坐标”或者 Z-矩阵啊？
A:
不是
Q:
那请问 Jacobi 坐标应该怎么理解呢？
A:
google搜jacobi coordinate
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2016.02.01 00:05:59
Q:
有没有哪个地方可以看到理论化学研究的进展？中文的
就是类似于摘要那种
不是某一篇，而是有没有类似于化学进展这种期刊一样的
就是比如jctc上某某发表了一篇文章，然后就有人翻译了一下
因为文章太多，看英文太累了
如果有的话，还是很有价值吧
A:
没什么价值。能看明白JCTC文章内容的人也不会看不懂英文或者看英文吃力
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