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标题: IRC计算始终不完全 [打印本页]

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-11-21 21:43
标题: IRC计算始终不完全
在M062X/6-311+g(2d,p)下算IRC，结果只有两个点

把基组换成cc-pVTZ，def2-TZVP重新优化再算IRC结果也一样，加int=superfine或者irc=tight也没用
但是看虚频的振动模式感觉像是对的
之后也试过换理论级别，PM6算下来64个点（stepsize=5），有一个反应过程的雏形，但是也不完整，感觉还没到反应物或者产物就停了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-22 05:51
仔细看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）

加“int=superfine或者irc=tight”本来就没用
最简单粗暴做法是加大stepsize

IRC再怎么跑也不可能精确跑到极小点去，搞清楚原理

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-11-23 08:14

sobereva 发表于 2021-11-22 05:51
仔细看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread- ...

S老师，我看了教程，把stepsize调成20，但是跑HPC迭代不收敛，GS2虽然满足收敛标准还是报告不收敛，LQA总算算出来了，但是还是不完整，尤其是右边，明显不平坦，不知为何能够达到收敛限我看教程，这个是因为鞍点不精确导致的问题吗？我重新优化了结构，opt=verytight，IRC计算下来还是只有3个点

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-23 08:19

mfdsrax2 发表于 2021-11-23 08:14
S老师，我看了教程，把stepsize调成20，但是跑HPC迭代不收敛，GS2虽然满足收敛标准还是报告不收敛，LQA总 ...

没必要跑完整就不需要跑完整。搞清楚跑IRC的目的是什么

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-11-23 08:44

sobereva 发表于 2021-11-23 08:19
没必要跑完整就不需要跑完整。搞清楚跑IRC的目的是什么

IRC是确定过渡态是否连接对应的反应物和产物吧，没有跑完怎么确定呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-23 09:07

mfdsrax2 发表于 2021-11-23 08:44
IRC是确定过渡态是否连接对应的反应物和产物吧，没有跑完怎么确定呢

对两端优化啊

何况只观看过渡态开始的IRC轨迹走的趋势，从肉眼和直觉上也自然能判断出TS连通的是什么结构

好好把此文看了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-11-23 10:21

sobereva 发表于 2021-11-23 09:07
对两端优化啊

何况只观看过渡态开始的IRC轨迹走的趋势，从肉眼和直觉上也自然能判断出TS连通的是什么 ...

S老师，我认真看了您的文章，知道IRC只是一个定性分析的工具，但是现在项目需要高质量的IRC动画达到演示目的，所以无论如何都想把这个IRC做好，现在这个LQA+stepsize=20的动画很不连贯，长度也不够，无法达到要求，所以来请教您问题出在哪里。文章里面写的可能原因是过渡态优化精度不够，IRC步长太大，没有精确计算Hessian等原因，我已经尽力去排除了，最后都用上m062x/cc-pvtz stepsize=3 calcall int=superfine，仍然得不到好的IRC图，麻烦您再指点指点

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-23 10:26

mfdsrax2 发表于 2021-11-23 10:21
S老师，我认真看了您的文章，知道IRC只是一个定性分析的工具，但是现在项目需要高质量的IRC动画达到演示 ...

LQA+stepsize=20的时候加上calcall
IRC往往无法跑得特别完整是Gaussian自身判断结束标准的缺陷，不改源代码没法解决

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-11-23 14:49

sobereva 发表于 2021-11-23 10:26
LQA+stepsize=20的时候加上calcall
IRC往往无法跑得特别完整是Gaussian自身判断结束标准的缺陷，不改源 ...

跑这段IRC的时候已经用了calcall

再请问一下，还有其他软件能够算IRC吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-24 07:35

mfdsrax2 发表于 2021-11-23 14:49
跑这段IRC的时候已经用了calcall

再请问一下，还有其他软件能够算IRC吗

Gaussian已经是做的最好的了

没尝试其它程序的必要

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2021-11-28 17:20

sobereva 发表于 2021-11-24 07:35
Gaussian已经是做的最好的了

没尝试其它程序的必要

S老师，正好借着这个帖子，问一下论坛附件的问题。我在编辑之前帖子的时候，根本没有编辑图片和删除附件的选项，只能上传新图片，可能你的权限比较高可以编辑，但是我就不行，换了好几个浏览器都是一样的，这应该是论坛的BUG。
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-2 05:58

mfdsrax2 发表于 2021-11-28 17:20
S老师，正好借着这个帖子，问一下论坛附件的问题。我在编辑之前帖子的时候，根本没有编辑图片和删除附件 ...

跟权限没关系。不是bug。用搜狗浏览器，即便是普通用户也能修改之前上传的图片。
提问时候别借帖子问，论坛功能的问题发到公社大厅板块问

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