计算化学公社

标题: 关于实验文章中一些溶液在Gaussian计算中是否需要体现问题 [打印本页]

作者
Author: zhb 时间: 2021-11-22 00:02
标题: 关于实验文章中一些溶液在Gaussian计算中是否需要体现问题
老师，我有一个问题，一般有时候实验文章中会说在PBS（PH=7.2）缓冲溶液中得到光谱实验值，那咱们利用Gaussian理论计算时，这个溶液应该选取那一个溶剂模型来体现这个溶液环境呢？还是直接可以不用溶剂模型，在气象下计算就可以？谢谢老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-22 01:01
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-11-21 18:03 编辑

以水为溶剂。
但凡是碰到实验用的溶剂在量化程序里没有定义的情况，都按以下方法解决：
（1）选一个和实验最接近的溶剂。
（2）如果知道实验所用溶剂的介电常数，把计算所用溶剂的介电常数改为实验值再算，否则直接算。
实验只要用了溶剂，计算永远不要在气相里算（至少单点能不能在气相里算，结构优化酌情，但是结构优化是否需要加溶剂仅取决于溶剂的极性，而丝毫不取决于实验所用溶剂在计算里是否支持），哪怕计算选的溶剂和实验差别很大，也比不用溶剂好太多。

作者
Author: zhb 时间: 2021-11-22 10:02

wzkchem5 发表于 2021-11-22 01:01
以水为溶剂。
但凡是碰到实验用的溶剂在量化程序里没有定义的情况，都按以下方法解决：
（1）选一个和实 ...

谢谢老师，那为什么要以水为溶剂呢？是因为PBS和水都是接近中性吗？再次麻烦您

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Author: 北大-陶豫 时间: 2021-11-22 10:22

zhb 发表于 2021-11-22 10:02
谢谢老师，那为什么要以水为溶剂呢？是因为PBS和水都是接近中性吗？再次麻烦您

额，因为这就是个水溶液啊

作者
Author: zhb 时间: 2021-11-22 11:13

北大-陶豫发表于 2021-11-22 10:22
额，因为这就是个水溶液啊

谢谢您回复，我查了下PBS缓冲溶液主要成分为Na2HPO4、KH2PO4、NaCl和KCl。含有很多成分，我主要担心如果用水的话是不是会少考虑这些成分的影响，还是说这些成分根本不会对分子有影响？

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-11-22 15:27

zhb 发表于 2021-11-22 11:13
谢谢您回复，我查了下PBS缓冲溶液主要成分为Na2HPO4、KH2PO4、NaCl和KCl。含有很多成分，我主要担心如果 ...

2楼都说了。
选一个和当前体系最接近的溶剂，那当然是选水（高斯好像没法使用混合溶剂，只能用纯溶剂）。如果能搞到你这个体系的实际的介电常数，就把介电常数改成你实际的介电常数，搞不到的话就只好用水的介电常数了。

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Author: wzkchem5 时间: 2021-11-22 16:24

zhb 发表于 2021-11-22 04:13
谢谢您回复，我查了下PBS缓冲溶液主要成分为Na2HPO4、KH2PO4、NaCl和KCl。含有很多成分，我主要担心如果 ...

PBS的主要成分是水，你说的那些物质的含量都远小于水。
这些成分固然有影响，所以用水代替PBS做计算是权宜之计，肯定会引入误差，但是也是无奈之举。总比不考虑溶剂好多了，PBS和水的差别肯定远小于PBS和真空的差别，错得多不如错得少。

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