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标题: 酶蛋白配体复合物里结晶水的处理问题 [打印本页]

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Author: uenh1998 时间: 2021-11-22 15:20
标题: 酶蛋白配体复合物里结晶水的处理问题
本帖最后由 uenh1998 于 2021-11-23 21:37 编辑

各位老师好，这两天在做酶蛋白催化小分子的问题。其中有一个关键的模拟是看一下小分子与酶蛋白关键位点的结合问题。从蛋白数据库中找到的结合方式是第一个图（已关闭酶蛋白Polymer显示），图中间为配体小分子。采用的是酶蛋白Amber力场+配体GAFF力场。

可以看到有几个涉及氢键作用的结晶水必须保留。请问各位老师我该如何处理这个体系呢？已经预先处理将不涉及图里的结晶水都去掉了。
PDB中结晶水与小分子均在非标准残基中，是应该将结晶水与小分子配体一起单独保存为一个PDB，然后利用acpype获得拓扑文件，include到主top文件里。

还是说要将图里面结晶水，配体，以及与结晶水形成氢键的酶蛋白相关的氨基酸一起单独保存成PDB，然后利用acpype获得拓扑文件，include到主top文件里呢？
还是说用其他的办法。请各位老师指点一下！
感谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-23 08:31
结晶水和小分子又不是化学键连在一起的，当然不能合在一起用acpype来获得拓扑文件。和相关的氨基酸一起给acpype搞更是不可思议

水分子的拓扑文件本来就有现成的，诸如spce.itp。蛋白质标准氨基酸的定义直接在rtp里就有，不需要任何折腾。小分子拿acpype搞拓扑文件。

作者
Author: uenh1998 时间: 2021-11-23 08:42

sobereva 发表于 2021-11-23 08:31
结晶水和小分子又不是化学键连在一起的，当然不能合在一起用acpype来获得拓扑文件。和相关的氨基酸一起给ac ...

所以只需要按常规操作，把小分子的拓扑文件include到主top文件里，不需要有其他多余的操作了吧

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-23 09:06

uenh1998 发表于 2021-11-23 08:42
所以只需要按常规操作，把小分子的拓扑文件include到主top文件里，不需要有其他多余的操作了吧

是
但这几个水分子需要加氢
而且做正式模拟之前的限制性动力学的时候要把这几个水的氧原子限制住免得跑走

作者
Author: uenh1998 时间: 2021-11-23 21:43

sobereva 发表于 2021-11-23 09:06
是
但这几个水分子需要加氢
而且做正式模拟之前的限制性动力学的时候要把这几个水的氧原子限制住免得跑 ...

社长，我已经完成了酶蛋白带上那几个关键结晶水的拓扑文件的获得，配体拓扑文件已获得，配体的限制势也已经获得并include到配体itp文件里，准备把配体itp文件include到主top文件里。1楼的第2、3张图片是主top文件的开头和末尾部分。

有一个问题想再请教一下社长，之前说要把这几个氧原子也要限制住。请问在top文件开头结尾这两张图片中需要怎么进行操作才能达到目的呢？麻烦社长详细说说了

。
准备下个月分子动力学Gromacs模拟课上仔细学学，但是这两天研究就要用到，所以提前请教一下社长了。
谢谢社长！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-24 08:05
不得24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新社员必读贴

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Author: uenh1998 时间: 2021-11-24 15:00

sobereva 发表于 2021-11-24 08:05
不得24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新社 ...

好的社长，一定注意！

作者
Author: uenh1998 时间: 2021-11-26 09:29
本帖最后由 uenh1998 于 2021-11-26 11:03 编辑

sobereva 发表于 2021-11-24 08:05
不得24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新社 ...

社长您好，我将力场关于水分子的spc.itp文件复制一份改名为FIXWATER作为结晶水的itp文件include到主top文件里，且itp文件里所有的SOL改名为FIXWATER。同时紧接着他include了限制势文件water.itp。 FIXWATER.itp文件的settle部分已去掉，能量最小化能正常进行。但是用VMD看能量最小化结束后的gro文件，结构有问题。11个水分子只有一个是正常的。其余的氢氧原子都各自跑到别的地方去了。如图。

我觉得问题可能出在FIXWATER,water这两个itp文件上。结晶水为11个，33个原子。而从力场文件拿过来的文件FIXWATER.itp里只有一个水分子。water.itp里是对11个结晶水的pdb文件生成的限制势文件。我需不需要将FIXWATER.itp里也弄成11个水分子，数量对应一下呢。还是说要改限制势文件为对单个水分子的限制势。之后我试着将FIXWATER.itp文件里的原子部分改成第二个图所示，但还是出错。

相关文件已上传，请社长指点一下，谢谢社长。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-26 11:02

uenh1998 发表于 2021-11-26 09:29
社长您好，我将力场关于水分子的spc.itp文件复制一份改名为FIXWATER作为结晶水的itp文件include到主t ...

带有限制势字段[position_restraint]的文件是在被限制的分子的[moleculetype]之后引入的。[moleculetype]里的[atoms]里有多少个原子，你若想限制所有这类分子的原子，[position_restraint]里就要有多少原子。

作者
Author: uenh1998 时间: 2021-11-26 11:09
本帖最后由 uenh1998 于 2021-11-27 17:03 编辑

sobereva 发表于 2021-11-26 11:02
带有限制势字段的文件是在被限制的分子的[moleculetype]之后引入的。[moleculetype]里的[atoms]里有多少 ...

社长，water.itp里是我单独把11个水分子拿出来生成的限制文件。FIXWATER.itp是力场文件的单个水分子的itp文件。我把FIXWATER.itp原子部分改成楼上最下方那个图了。。我是直接复制粘贴并改了一下序号，发现还是出现氢氧原子各自跑到一边去的错误。具体我也没有查到这个itp的文件格式该怎么写。请问社长我这个图里的写法该怎么改呢。

作者
Author: lujuju 时间: 2024-8-23 09:29

uenh1998 发表于 2021-11-26 11:09
社长，water.itp里是我单独把11个水分子拿出来生成的限制文件。FIXWATER.itp是力场文件的单个水分子的itp ...

前辈您好，我最近也在做酶-配体-底物-结晶水的gromacs模拟，结晶水也需要保留。请问如何对结晶水进行位置约束？可以求您之前的水的限制势文件和用于做模拟的complex.gro和topol.top文件吗？我想对着修改一下。非常感谢您。

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