计算化学公社

标题: 关于GROMACS力场中定义新氨基酸的问题 [打印本页]

作者
Author:
xuxu    时间: 2021-11-22 15:58
标题: 关于GROMACS力场中定义新氨基酸的问题
请问各位老师,我定义了一个新的残基类型,修改了hdb,rtp,和residuestype.dat这三个文件,但依然报错,请问我是漏掉了哪个文件没有修改吗,谢谢

作者
Author:
panernie    时间: 2021-11-22 16:48
把错误贴出来
作者
Author:
xuxu    时间: 2021-11-22 16:58
错误显示的不对,实际就是力场文件有问题
error: residue 523 named MB of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database,but the atom N used in an interaction of type improper in that entry is not found in the input file .Perhaps your atom and/or residue naming needs to be fixed

作者
Author:
sobereva    时间: 2021-11-23 08:34
xuxu 发表于 2021-11-22 16:58
错误显示的不对,实际就是力场文件有问题
error: residue 523 named MB of a molecule in the input file ...

检查结构文件里相应残基里的原子名和rtp里相应残基的原子名的对应关系




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3