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标题: gromacs多线程跑崩溃 [打印本页]

作者
Author: 完美的木头 时间: 2021-11-23 08:06
标题: gromacs多线程跑崩溃
本帖最后由完美的木头于 2021-11-23 08:06 编辑

使用双线程，多核跑起来就崩溃，请问大家个情况怎么解决，谢谢各位！ (, 下载次数 Times of downloads: 29)

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-23 08:37
你的mpi和omp并行设置不合理。。。。不过你的核数还真是多

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Author: sobereva 时间: 2021-11-23 09:00
说清楚当前机子是什么CPU，多少物理和逻辑核心，以及mdrun运行的命令是什么

作者
Author: 完美的木头 时间: 2021-11-23 20:36

喵星大佬发表于 2021-11-23 08:37
你的mpi和omp并行设置不合理。。。。不过你的核数还真是多

好的，主要是最近需要跑一些程序

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Author: 完美的木头 时间: 2021-11-23 20:39

sobereva 发表于 2021-11-23 09:00
说清楚当前机子是什么CPU，多少物理和逻辑核心，以及mdrun运行的命令是什么

老师，你好，cpu是64 Intel(R) Xeon(R) Gold 5218 CPU @ 2.30GHz 物理核心 16 逻辑核心 64
mdrun 命令是export OMP_NUM_THREADS=110
mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md3 -cpi mdv2.cpt -noappend

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-24 00:04
你知不知道export OMP_NUM_THREADS=110这个是啥意思？我都傻了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-24 07:34

完美的木头发表于 2021-11-23 20:39
老师，你好，cpu是64 Intel(R) Xeon(R) Gold 5218 CPU @ 2.30GHz 物理核心 16 逻辑核心 64
mdrun 命令 ...

物理核心16个怎么可能逻辑核心有64个
没事甭用MPI版
并行线程数应当等于物理核心数

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Author: 完美的木头 时间: 2021-11-24 09:11

喵星大佬发表于 2021-11-24 00:04
你知不知道export OMP_NUM_THREADS=110这个是啥意思？我都傻了

我也是刚用这些命令，好多都不懂

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Author: 完美的木头 时间: 2021-11-24 09:20

sobereva 发表于 2021-11-24 07:34
物理核心16个怎么可能逻辑核心有64个
没事甭用MPI版
并行线程数应当等于物理核心数

老师，我应该是对概念不理解，物理核心是2个。每个核有16个物理核心，逻辑核心查的命令是64

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-25 10:22

完美的木头发表于 2021-11-24 09:20
老师，我应该是对概念不理解，物理核心是2个。每个核有16个物理核心，逻辑核心查的命令是64

那叫有两个CPU，每个CPU有16个物理核心，因此总共是2*16=32个物理核心。由于有超线程，所以是2*32=64个逻辑核心

作者
Author: chenbq18 时间: 2021-11-27 09:41

sobereva 发表于 2021-11-25 10:22
那叫有两个CPU，每个CPU有16个物理核心，因此总共是2*16=32个物理核心。由于有超线程，所以是2*32=64个逻 ...

老师这里64个逻辑核心是不是就是64线程。一个物理核心有两个线程，我这样理解对吗

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Author: tjuptz 时间: 2021-11-27 17:37
http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-1.html

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Author: sobereva 时间: 2021-11-28 14:33

chenbq18 发表于 2021-11-27 09:41
老师这里64个逻辑核心是不是就是64线程。一个物理核心有两个线程，我这样理解对吗

粗略来说是这样
但这和实际计算时候指定用多少线程做并行计算是两码事。
看看此文了解更多知识
正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392

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