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标题: MSD扩散系数计算是否能进行采样平均 [打印本页]

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Author: pchenliang 时间: 2021-11-23 08:56
标题: MSD扩散系数计算是否能进行采样平均
本帖最后由 pchenliang 于 2021-11-24 15:05 编辑

（1）请问算msd扩散系数时，可以对msd值按时间采样平均吗，如以下设置，每隔100fs采样一次，共采样10次，进行平均，再每1000fs输出一次？，如下：
compute  n       na    msd
fix       msd1 na    ave/time 100 10 1000  c_n[1] c_n[2] c_n[3] c_n[4] file  na.msd
（2）还是说不能进行平均，只能进行单点输出？如下：
compute  n       na    msd
fix       msd1 na    ave/time 1000 1 1000  c_n[1] c_n[2] c_n[3] c_n[4] file  na.msd

（3）按本人的理解，方法2是合理的，因为msd随时间呈线性关系，从而线性拟合得出扩散系数，如果取平均值的话，可能会使拟合的斜率减小，而获得更小的扩散系数？该理解是否正确，请哪位大牛解惑

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