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标题: genion中和体系时,提示“在top中未找到SOL” [打印本页]

作者
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Lily好难    时间: 2021-11-23 18:05
标题: genion中和体系时,提示“在top中未找到SOL”
本帖最后由 Lily好难 于 2021-11-23 20:56 编辑

同学们,老师好!
我首先用packmol建立了一个含水体系,带正电。之后通过grompp命令顺利得到tpr,最后用genion命令使体系电中性。选择组1还是2,运行报错如下:
命令行:
  gmx genion -s em.tpr -p mix1.top -o EM.gro -pname NA -nname CL -neutral

Reading file em.tpr, VERSION 5.1.5 (single precision)
Will try to add 0 NA ions and 67 CL ions.
Select a continuous group of solvent molecules
Group     0 (         System) has 29845 elements
Group     1 (          Water) has 27000 elements
Group     2 (            SOL) has 27000 elements
Group     3 (      non-Water) has  2845 elements
Group     4 (          Other) has  2845 elements
Group     5 (            MOL) has   233 elements
Group     6 (             AA) has   612 elements
Group     7 (             IN) has  2000 elements

Select a group: 2
Selected 2: 'SOL'
Number of (3-atomic)溶剂分子:9000
报错↓
No line with moleculetype 'SOL' found the [ molecules ] section of file 'mix1.top'
找了一天也没有找到解决方法,将顶附上来,麻烦大家帮忙看看如何解决,不胜感激! [附上]1898[/附上]
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更:已找到解决方法,分享一下~
问题在于我的top是自己在windows下写的,而Linux和windows换行符是不同的,Windows格式文件的换行符为\r\n ,而Unix&Linux文件的换行符为\n。这容易导致Linux识别不出来。我在Linux输入命令:cat -v mix1.top回车,出现^M,说明我的mix1.top文件确实是dos格式,linux识别不了。
解决方法:在windows上下载了一个Notepad++,将top中的内容粘贴进去,先显示所有字符,然后利用搜索-查找功能将\r\n替换为空格,执行genion命令即成功。(尝试了替换为\n,仍报错,再将\n替换为空格才成功)
也可以用dos2unix工具进行top的转换,但在我们的服务器上安装需要权限。。














作者
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牧生    时间: 2021-11-23 18:30
本帖最后由 牧生 于 2021-11-23 18:56 编辑

如果linux下不能替换,在win下试试,替换离子后再拷过去。
如果这样操作可以,本质原因是win和linux下编码问题,可以使用dos2unix命令把top转化一下。

作者
Author:
Lily好难    时间: 2021-11-23 20:49
牧生 发表于 2021-11-23 18:30
如果linux下不能替换,在win下试试,替换离子后再拷过去。
如果这样操作可以,本质原因是win和linux下编 ...

确实是这个问题,已解决!谢谢




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