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标题: 为什么用gmx wham命令产生的两次伞形采样的边界不同 [打印本页]

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Author: 退休老干部 时间: 2021-11-24 10:18
标题: 为什么用gmx wham命令产生的两次伞形采样的边界不同
我用gromacs对体系的某个二面角进行伞形采样，pull code如下：
pull                   = yes
pull-ngroups          = 6
pull-ncoords          = 1
pull-group1-name       = 6
pull-group2-name       = 5
pull-group3-name       = 5
pull-group4-name       = 2
pull-group5-name       = 2
pull-group6-name       = 1
pull-coord1-type       = umbrella
pull-coord1-geometry = dihedral
pull-coord1-init       = -150
pull-coord1-groups    = 1 2 3 4 5 6
pull-coord1-dim       = Y Y Y
pull-coord1-rate       = 0.00
pull-coord1-k          = 200
pull-coord1-start          = no
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用gmx wham -it tpr-files.dat -if pullf-files.dat -o histo -unit kCal进行分析，输出的边界： Determined boundaries to -1629.018311 and 1506.088135，然而边界明明是-160度到-64度。
然而用pullx-files.dat 作为输入文件就对了，这是为什么？pullx.xvg和pullf.xvg两个文件不应该输出的结果是一样的吗？

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