计算化学公社

标题: 计算ECD时出现ORCA finished by error termination in CIS问题 [打印本页]

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-11-24 18:23
标题: 计算ECD时出现ORCA finished by error termination in CIS问题
本帖最后由 ljc050512 于 2021-11-24 18:29 编辑

我是想尝试重复一篇文献计算ECD的，文章（Inorg. Chem. 2019, 58, 3670-3675）计算见下，原文献是用高斯算的。我把cif中的一个团簇挖出来，用H饱和后是这样的分子式：Au13 P10 C140 H140 O10 Cl2，共315个原子。
我参考了sob老师的文章，输入文件部分如下（没贴坐标）：
! PBE0 def2-SV(P) def2/J RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore  16000
%pal nprocs 16 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "DICHLOROMETHANE"
end
%tddft
nroots 100
TDA false
end
我借的机器是44核2696V4，内存共256G。
运行中报错，输出文件的最后如下：
****Iteration 0****
Memory handling for direct AO based RPA:
Memory per vector needed    ... 507 MB
Memory needed                ... 152364 MB
Memory available             ... 16000 MB
Number of vectors per batch ... 31
Number of batches          ... 10
Time for densities:          36.636
Time for XC-Integration:    111.340
ORCA finished by error termination in CIS
Calling Command: mpirun -np 16  /home/o/orca_cis_mpi /home/ofs/1124/unit315-2.cisinp.tmp /home/ofs/1124/unit315-2
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run
我在论坛里看了一些贴子，大部分这样的情况是由于内存不够。
我想问一下，我是不是应该改为用8个核甚至4个核，然后加倍内存设置？
另：算这个体系可否用sob老师文章里提到的这个呢（见下）？还是应该继续用PBE0 def2-SV(P) def2/J RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop？
wB97X-D3 def2-SV(P) def2/J RIJCOSX
%tddft
Mode sTDDFT

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-24 18:38
maxcore乘以nprocs不能恰好等于总内存，要比总内存小至少20%左右。否则orca以为内存够用，结果内存不够用，就会报错。
如果还是内存不足，就改用sTDDFT

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-11-25 05:33

wzkchem5 发表于 2021-11-24 18:38
maxcore乘以nprocs不能恰好等于总内存，要比总内存小至少20%左右。否则orca以为内存够用，结果内存不够用， ...

谢谢老师解答！我再去试试看。

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-11-25 17:21

wzkchem5 发表于 2021-11-24 18:38
maxcore乘以nprocs不能恰好等于总内存，要比总内存小至少20%左右。否则orca以为内存够用，结果内存不够用， ...

****Iteration 0****

Memory handling for direct AO based RPA:
Memory per vector needed    ... 507 MB
Memory needed                ... 152364 MB
Memory available             ... 20000 MB
Number of vectors per batch ... 39
Number of batches          ...    8
Time for densities:          41.188
Time for XC-Integration:    189.591

ORCA finished by error termination in CIS
老师，我用了10核，每个核是20G，还剩余56G内存，但还是出现这个报错。我看out文件末尾显示：
Memory needed                ... 152364 MB
Memory available             ... 20000 MB
是不是这里的显示并不能反映真实的内存使用，而出现实际上内存不够，才报错的。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-25 17:57

ljc050512 发表于 2021-11-25 10:21
****Iteration 0****

Memory handling for direct AO based RPA:

TDDFT需要的内存是有一个下限的，如果你指定的内存小于这个下限，这个计算无论如何也不可能完成，所以就报错了。
设定的内存必须大于程序实际需要用的内存，但是小于总物理内存。我上一个帖子只是想排除后者的情况，但是现在看来主要影响因素在于前者，也就是程序实际需要用的内存太大了。这种情况下可以考虑降低核数，如果还不行就用sTDDFT

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-11-26 12:34

wzkchem5 发表于 2021-11-25 17:57
TDDFT需要的内存是有一个下限的，如果你指定的内存小于这个下限，这个计算无论如何也不可能完成，所以就 ...

谢谢老师的指点。我用了sob老师的Multiwfn生成计算设置（带Mode sTDDFT）如下，还是用的10核，每核20G，总内存剩余56G：
|  1> ! wB97X-D3 def2-SV(P) def2/J RIJCOSX noautostart miniprint nopop
|  2> %maxcore  20000
|  3> %pal nprocs 10 end
|  4> %cpcm
|  5> smd true
|  6> SMDsolvent "DICHLOROMETHANE"
|  7> end
|  8> %tddft
|  9> Mode sTDDFT
| 10> Ethresh 7.0
| 11> PThresh 1e-4
| 12> PTLimit 30
| 13> triplets false
| 14> end

报错信息如下：
** On entry to SSYEVD parameter number  8 had an illegal value
[file orca_cis/cis_stda.cpp, line 1978, Process 9]:
Error (STDDFT) SMATPOW (LAPACKER) failed!

ORCA finished by error termination in CIS
Calling Command: mpirun -np 10  /home/o/orca_cis_mpi /home/ofs/1125/unit315-4.cisinp.tmp /home/ofs/1125/unit315-4
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run
我的问题有两个：
（1）报错的原因还是20G/核不够用对吧？
（2）基于之前报错的计算文件，我能否通过读取已经算好的一些部分来减少下一次的计算时间吗（因为Total SCF time: 0 days 16 hours 35 min 8 sec 有些长......）？比如读取上一次报错计算中算好的.gbw文件或者其他文件。我看到输出文件中，在SCF收敛之后有以下三句话，我猜测是不是能读取某些文件，直接进行后续计算呢？
**** THE GBW FILE WAS UPDATED (/home/ofs/1125/unit315-4.gbw) ****
**** DENSITY /home/ofs/1125/unit315-4.scfp WAS UPDATED ****
**** ENERGY FILE WAS UPDATED (/home/ofs/1125/unit315-4.en.tmp) ****
还是说，一定要重新开始计算？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-26 15:29

ljc050512 发表于 2021-11-26 05:34
谢谢老师的指点。我用了sob老师的Multiwfn生成计算设置（带Mode sTDDFT）如下，还是用的10核，每核20G， ...

你用的是不是ORCA 5.0.0？这个是5.0.0的bug，在5.0.1应该已经修复了，参见https://orcaforum.kofo.mpg.de/vi ... ry+to+SSYEVD#p32557
sTDDFT计算可以读取之前TDDFT计算的SCF波函数。准确来说可以读取任何在同等级别下做的单点计算的SCF波函数

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-11-26 16:21

wzkchem5 发表于 2021-11-26 15:29
你用的是不是ORCA 5.0.0？这个是5.0.0的bug，在5.0.1应该已经修复了，参见https://orcaforum.kofo.mpg.de ...

我是个很新的新手，接触ORCA的时候就已经是5.0.1版本了，所以我装的win版和Linux版都是5.0.1

。那我去试试读取已经算好的波函数，然后降低核数到5，内存给到40G/核试试看。再次感谢老师的耐心解答！

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-11-26 20:00

wzkchem5 发表于 2021-11-26 15:29
你用的是不是ORCA 5.0.0？这个是5.0.0的bug，在5.0.1应该已经修复了，参见https://orcaforum.kofo.mpg.de ...

老师好，我把核数降为5，每个核改为40G，读取上一次算好的.gbw
1> ! wB97X-D3 def2-SV(P) def2/J RIJCOSX noautostart miniprint nopop moread
|  2> %moinp "/home/ofs/1125/unit315-4.gbw"
|  3> %maxcore  40000
|  4> %pal nprocs 5 end
|  5> %cpcm
|  6> smd true
|  7> SMDsolvent "DICHLOROMETHANE"
|  8> end
|  9> %tddft
| 10> Mode sTDDFT
| 11> Ethresh 7.0
| 12> PThresh 1e-4
| 13> PTLimit 30
| 14> triplets false
| 15> end
我用的版本是5.0.1，输出文件前部有显示：
Program Version 5.0.1 -  RELEASE  -

报错信息和之前的一样：
** On entry to SSYEVD parameter number  8 had an illegal value
[file orca_cis/cis_stda.cpp, line 1978, Process 3]:
Error (STDDFT) SMATPOW (LAPACKER) failed!
您发我的orca论坛的链接我去看了，没看到在5.0.1修复某系bug的文字。
所以是不是5.0.1里还可能存在这个bug？
我这打算去掉sTDDFT再试试看。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-26 20:29

ljc050512 发表于 2021-11-26 13:00
老师好，我把核数降为5，每个核改为40G，读取上一次算好的.gbw
1> ! wB97X-D3 def2-SV(P) def2/J RIJCOS ...

那可能还没修复，你在那个orca论坛的帖子底下回个帖吧，就说发现这个bug还没有修复。ORCA 5.0.2马上就要出了，怕负责这一块代码的人忘了

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-11-26 20:39

wzkchem5 发表于 2021-11-26 20:29
那可能还没修复，你在那个orca论坛的帖子底下回个帖吧，就说发现这个bug还没有修复。ORCA 5.0.2马上就要 ...

好的老师，我去论坛加一句。我今晚去掉sTDDFT试试看。

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-11-27 06:42

wzkchem5 发表于 2021-11-26 20:29
那可能还没修复，你在那个orca论坛的帖子底下回个帖吧，就说发现这个bug还没有修复。ORCA 5.0.2马上就要 ...

老师好。我改回不带STDDFT的计算设置，读取了之前算过的.gbw文件，用了5个核，每核40G
1> ! PBE0 def2-SV(P) def2/J RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop moread
|  2> %moinp "/home/ofs/1126/unit315-2.gbw"
|  3> %maxcore  40000
|  4> %pal nprocs 5 end
|  5> %cpcm
|  6> smd true
|  7> SMDsolvent "DICHLOROMETHANE"
|  8> end
|  9> %tddft
| 10> nroots 100
| 11> TDA false
| 12> end
算了一夜之后，目前没有报错。但是我看out文件里有如下内容：

*** TD-DFT CALCULATION INITIALIZED ***

---------------------------------
LR-CPCM (non-equilibrium)
---------------------------------

Setting up LR-CPCM          ... done

-------------------
RPA-DIAGONALIZATION
-------------------

Dimension of the (A+B)(A-B) eigenvalue problem ... 2329960
Number of roots to be determined             ... 100
Maximum size of the expansion space          ... 3000
Convergence tolerance for the residual       ... 2.500e-07
Convergence tolerance for the energies       ... 2.500e-07
Orthogonality tolerance                      ... 1.000e-14
Constructing the preconditioner             ... o.k.
Building the initial guess                   ... o.k.
Number of trial vectors determined          ... 3000

                     ****Iteration 0****

Memory handling for direct AO based RPA:
Memory per vector needed    ... 507 MB
Memory needed                ... 152364 MB
Memory available             ... 40000 MB
Number of vectors per batch ... 78
Number of batches          ...    4
Time for densities:          76.981
Time for XC-Integration:    708.012
Time for K (COSX):       5206.741
Time for RI-J (Direct):    6076.274
Time for LR-CPCM terms:    1058.518
Time for Sigma-Completion: 166.229
Time for densities:          76.988
Time for XC-Integration:    704.786
Time for K (COSX):       5620.540
Time for RI-J (Direct):    6754.526
Time for LR-CPCM terms:    1054.274
Time for Sigma-Completion: 164.043
Time for densities:          73.057
这里需要的内存152364 MB，是指的每个核需要150G多的内存对吗？而我给的只有40G/核。能否理解为只是暂时没报错？
另：我再orca论坛里那个帖子下面给出了相关bug的信息，并提问能否会在5.0.2修复。尽早消息提示：
Report closed by FrankNeese for: "Re: Error (STDDFT) SMATPOW (LAPACKER) failed!"

Fri Nov 26, 2021 8:59 pm
是不是意味着我的回复被删除了？没怎么用过那个论坛，里面的规则不太懂。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-27 16:02

ljc050512 发表于 2021-11-26 23:42
老师好。我改回不带STDDFT的计算设置，读取了之前算过的.gbw文件，用了5个核，每核40G
1> ! PBE0 def2-S ...

这里的Memory needed其实并不是最小需要的内存，而是最小的不影响计算速度的内存。如果实际内存比这个数小，但是小得不多，那么可以通过重复计算某些量来减少内存占用，所以计算仍然可以进行，只是变慢了。
发帖的问题我也不清楚怎么回事，没遇到过这个情况

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-11-27 16:15

wzkchem5 发表于 2021-11-27 16:02
这里的Memory needed其实并不是最小需要的内存，而是最小的不影响计算速度的内存。如果实际内存比这个数 ...

好的老师。我这次的计算出现两个“Iteration”后报错。奇怪的是在Iteration 0的时候能算完；而在出现Iteration 1的时候报错，错误的信息和之前一样。
                  ****Iteration 0****

Memory handling for direct AO based RPA:
Memory per vector needed    ... 507 MB
Memory needed                ... 152364 MB
Memory available             ... 40000 MB
Number of vectors per batch ... 78
Number of batches          ...    4
Time for densities:          76.981
Time for XC-Integration:    708.012
Time for K (COSX):       5206.741
Time for RI-J (Direct):    6076.274
Time for LR-CPCM terms:    1058.518
Time for Sigma-Completion: 166.229
Time for densities:          76.988
Time for XC-Integration:    704.786
Time for K (COSX):       5620.540
Time for RI-J (Direct):    6754.526
Time for LR-CPCM terms:    1054.274
Time for Sigma-Completion: 164.043
Time for densities:          73.057
Time for XC-Integration:    695.826
Time for K (COSX):       5643.918
Time for RI-J (Direct):    6843.105
Time for LR-CPCM terms:    1061.135
Time for Sigma-Completion: 163.113
Time for densities:          62.223
Time for XC-Integration:    594.980
Time for K (COSX):       4837.088
Time for RI-J (Direct):    4533.619
Time for LR-CPCM terms:    915.686
Time for Sigma-Completion: 136.551
Size of expansion space: 300
Lowest Energy       :    0.004032913467
Maximum Energy change  :    0.066557769674 (vector 99)
Maximum residual norm  :    0.004440731712

                  ****Iteration 1****
Time for densities:          82.405
Time for XC-Integration:    793.292

ORCA finished by error termination in CIS
Calling Command: mpirun -np 5  /home/o/orca_cis_mpi /home/ofs/1126/unit315-2-2.cisinp.tmp /home/ofs/1126/unit315-2-2
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

我是不是应该再减少核数，再加内存。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-27 16:32

ljc050512 发表于 2021-11-27 09:15
好的老师。我这次的计算出现两个“Iteration”后报错。奇怪的是在Iteration 0的时候能算完；而在出现I ...

对，可以试一下。因为第0步迭代用的内存不会完全释放，有一部分内存是即使第0步迭代结束了也还在继续占用的（用来存放第0步产生的矢量），所以第1步迭代时程序消耗的总内存比第0步多

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-11-27 16:35

wzkchem5 发表于 2021-11-27 16:32
对，可以试一下。因为第0步迭代用的内存不会完全释放，有一部分内存是即使第0步迭代结束了也还在继续占用 ...

感谢老师的耐心解答。跟您学会了不少知识。

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-12-3 20:03

wzkchem5 发表于 2021-11-27 16:32
对，可以试一下。因为第0步迭代用的内存不会完全释放，有一部分内存是即使第0步迭代结束了也还在继续占用 ...

老师您好，我用了之前的泛函和基组，算完之后与文献的紫外光谱差距很大。我想用文献给出泛函和基组再试一下。涉及到写混合基组的事情，我不太清楚，想请教一下。文献中用泛函的是CAM-B3LYP，对Au用的基组是LANL2dz，对C、P、O、Cl和H用的是6-31G(*)。我查阅了咱这个论坛的一些贴子，写了两种设置，想麻烦您给看看。
（一）：
! CAM-B3LYP 6-31G(d) ECP{LanL2=[Au],LANL2DZ} RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore 100000
%pal nprocs 2 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "DICHLOROMETHANE"
end
%tddft
nroots 100
TDA false
end
（二）：
! CAM-B3LYP 6-31G(d) RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore 100000
%pal nprocs 2 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "DICHLOROMETHANE"
end
%basis
NewGTO Au "LANL2DZ" end # end前面需要写"DelECP Au"吗？
%tddft
nroots 100
TDA false
end
哪一种比较合适？还是二者皆可？
另外， 6-31G(d) 是不是后面加上RIJCOSX 不合适？直接去掉RIJCOSX吗？直接去掉的话，是不是就没有“加速”效果了？还是改基组为def2-SV(P)，然后写成“def2-SV(P) def2/J RIJCOSX”比较合适？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-12-3 20:13

ljc050512 发表于 2021-12-3 13:03
老师您好，我用了之前的泛函和基组，算完之后与文献的紫外光谱差距很大。我想用文献给出泛函和基组再试一 ...

LANL2DZ和6-31G*都属于比较过时的基组了，而且对于Au这么重的元素，用赝势考虑相对论效应未必靠谱。建议对金属至少用ZORA-def2-TZVP(-f)，并且用ZORA方法显式考虑相对论效应，非金属至少用ZORA-def2-SV(P)

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-12-3 21:17
本帖最后由 ljc050512 于 2021-12-3 21:26 编辑

wzkchem5 发表于 2021-12-3 20:13
LANL2DZ和6-31G*都属于比较过时的基组了，而且对于Au这么重的元素，用赝势考虑相对论效应未必靠谱。建议 ...

好的老师，我试试看您推荐的混合基组。我想请教一下，我写的那两个混合机组的格式可以用吗？第一次写混合机组，有点糊涂呢......

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-12-3 21:47

ljc050512 发表于 2021-12-3 14:17
好的老师，我试试看您推荐的混合基组。我想请教一下，我写的那两个混合机组的格式可以用吗？第一次写混合 ...

第一种写法我不确定行不行，第二种需要在%tddft前面再加一个end，因为NewGTO那一行的end对应的是NewGTO，%basis还需要另一个end，此外需要用NewECP（不是DelECP）指定ECP。
类似“这样写行不行”的问题，最简单的办法是自己写完了跑一下，如果输出文件一上来就报错，就证明这样写不对，也省得你发帖问了。如果输出文件没报错，那么仔细地、一行行地读输出文件，验证输出文件的内容是否和你设想的相符，如果还是不确定这样做对不对，再来问。

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-12-3 22:05

wzkchem5 发表于 2021-12-3 21:47
第一种写法我不确定行不行，第二种需要在%tddft前面再加一个end，因为NewGTO那一行的end对应的是NewGTO， ...

是的老师，我都去试一下。谢谢老师指点

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