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标题: ORCA 5.01 使用B97-3c几何优化总是不收敛 [打印本页]

作者
Author: 任豹 时间: 2021-11-25 16:12
标题: ORCA 5.01 使用B97-3c几何优化总是不收敛
计算流程：

1.使用Gaussian+orca进行过渡态搜索
参照社长的http://sobereva.com/422
orca计算参数如下
! B97-3c tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore  1000
%pal nprocs  16 end
! CPCM(Water) #没有隐性溶剂模型也算了

Gaussian参数如下
%chk=/home/xiu/soft/gau_orca/B97-3c/TS1.chk
%nproc=1
# opt=(nomicro,calcfc,ts,noeigen) external='./orca.sh'

TS1

-1 1
C    -2.41999000 1.21827000 0.67075000
C    -1.94679000 0.36239300 -0.46503000
C    -1.38893800 -0.89264400 -0.22714200
N    -1.19108000 -1.76941000 -1.31276500
O    -1.00781600 -1.29562300 0.92379400
H    -1.63157500 1.35891100 1.41902200
H    -2.71119200 2.21008200 0.31621100
H    -2.32996900 0.56816900 -1.45767200
H    -0.37296300 -2.35157100 -1.18476300
H    -1.17801500 -1.31022500 -2.21465000
C    0.14899500 1.37371300 -0.82603400
C    1.00862000 1.24054600 0.23047600
C    1.97473400 0.17276100 0.31344700
N    2.75735600 0.14463400 1.43718500
O    2.17629100 -0.67675400 -0.59445100
H    0.30433000 0.79861800 -1.72897100
H    -0.43372900 2.27707500 -0.93356700
H    0.94233900 1.91646600 1.07526400
H    2.47667500 0.67616400 2.24658500
H    3.31272000 -0.68171200 1.59828700
H    -3.28463400 0.80204800 1.20469800
中间还尝试了orca4、orca5和Gaussian16、09各种混合联用。
经过几轮计算，几何优化是成功了，但最终结构非常奇怪，且找不到过渡态。最终放弃！
我推测可能是我的体系是阴离子，B97-3c好像不计算弥散函数。
请各位大佬看看我是否需要加弥散？

2.单独Gaussian计算
参数如下
#P opt=(calcfc,ts,noeigen) freq ub3lyp/TZVP em=gd3bj scrf=(smd,solvent=water)
结构不变，没加弥散，几何优化成功，过渡态寻找成功。

3.单独ORCA 5.01计算
参数如下
! B3LYP D3 def2-TZVP(-f) def2/J RIJCOSX optTS freq tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore  10000
%pal nprocs  16 end
! CPCM(Water)
%geom Calc_Hess true end
结构不变，没加弥散，几何优化成功（和Gaussian结构有差别，可能是参数不一样），过渡态寻找成功。

4.主要问题：
现在已经计算到60个原子左右的体系了，参数和单独使用orca5.01一样，经过非常漫长的计算，过渡态都计算成功了
因为后期要计算200个原子体系，我怕最后算不动，决定使用B97-3c泛函
我使用B3LYP D3 def2-TZVP(-f) 结算成功的结构，用B97-3c计算
最终几何优化无法收敛，SCF是收敛的，出来的结构同样很奇怪，有的体系直接跑分离了。
请问各位大佬，这是为什么呢？因为刚开始学orca,具体也不知道什么原因
如果我想使用B97-3c，这个该怎么解决，倾向于使用这个泛函，想早点计算完，毕竟不是专业做理论计算的。
如果继续使用B3LYP D3 def2-TZVP(-f) 后面的体系能否算的动，算的太慢怕是毕不了业。
再次感谢各位老师和专家给与解答，谢谢。

作者
Author: RAL 时间: 2021-11-25 16:24
你单独用ORCA写"! B97-3c optTS freq"也是可以的，但是在联用的脚本里，就要把"optTS freq"都去掉，因为联用的时候ORCA只负责计算能量和受力，优化是Gaussian进行的

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-25 16:30
找过渡态为啥不直接用瓜丝，振动分析的速度其他所有软件都望尘莫及(指HF/DFT这个级别，当然实际上也包含双杂化/MP2这档次)

作者
Author: 任豹 时间: 2021-11-25 16:31

RAL 发表于 2021-11-25 16:24
你单独用ORCA写"! B97-3c optTS freq"也是可以的，但是在联用的脚本里，就要把"optTS freq"都去掉，因为联 ...

抱歉,这部分写错了,orca和Gaussian联用的时候,optTS和freq必须分开算,不然没法计算.感谢!!!

作者
Author: RAL 时间: 2021-11-25 16:35

任豹发表于 2021-11-25 16:31
抱歉,这部分写错了,orca和Gaussian联用的时候,optTS和freq必须分开算,不然没法计算.感谢!!!

我的意思是一个都不能加，脚本里应该只写"B97-3c"

作者
Author: 任豹 时间: 2021-11-25 16:51

喵星大佬发表于 2021-11-25 16:30
找过渡态为啥不直接用瓜丝，振动分析的速度其他所有软件都望尘莫及(指HF/DFT这个级别，当然实际上也包含双 ...

Gaussian计算过渡态是比较成熟,但是我这后期的体系要到200个原子,应该算不动了吧,不太清楚.
关于双杂化/MP2能否给一下关键词?这个我没怎么研究过.我看论坛上都说HF不靠谱啊,社长也建议不让用MP2.
我最开始其实用Gaussian09的MP6,算的是非常快,但是好像都说MP6算出来的结构本来就不行.
后面我用Gaussian16的MP7算了,也挺慢的,感觉比不了orca.

作者
Author: 任豹 时间: 2021-11-25 16:52

RAL 发表于 2021-11-25 16:35
我的意思是一个都不能加，脚本里应该只写"B97-3c"

对的,对的,我改一下.orca里面不能加,不然就重复了.

作者
Author: sylar 时间: 2021-11-25 19:58
先联用xtb跑出结果再拿去联用ORCA，用r2Scan-3c感觉比B97-3c好些，速度也不会很慢

作者
Author: 任豹 时间: 2021-11-25 21:01
本帖最后由任豹于 2021-11-25 21:07 编辑

sylar 发表于 2021-11-25 19:58
先联用xtb跑出结果再拿去联用ORCA，用r2Scan-3c感觉比B97-3c好些，速度也不会很慢

谢谢您的建议,xtb现在还没有去弄.我还在排查问题,现在就在用r2Scan-3c检验,好像也是和B97-3c一样的问题.也可能是这两个泛函和我的体系不搭.xtb我再研究一下怎么弄,做这个把几个软件弄了一遍,主要自己还不太熟悉量化的软件.哎.

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-25 22:11

任豹发表于 2021-11-25 14:01
谢谢您的建议,xtb现在还没有去弄.我还在排查问题,现在就在用r2Scan-3c检验,好像也是和B97-3c一样的问题. ...

如果orca自己优化能收敛，干嘛非得让orca结合高斯也收敛呢。。。直接纯用orca往下做不就行了
B97-3c又不是必须结合高斯才能用

作者
Author: 任豹 时间: 2021-11-25 22:31

wzkchem5 发表于 2021-11-25 22:11
如果orca自己优化能收敛，干嘛非得让orca结合高斯也收敛呢。。。直接纯用orca往下做不就行了
B97-3c又不 ...

是啊,所以最开始Gaussian和orca联用放弃了,单纯使用orca的B97-3c计算,结果仍出现问题.所以我觉着还是这个泛函的原因,不是联用的问题.

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-11-26 07:41
你拿Orca闭壳层的结果和Gaussian开壳层计算的结果比?

作者
Author: 任豹 时间: 2021-11-26 09:09

fhh2626 发表于 2021-11-26 07:41
你拿Orca闭壳层的结果和Gaussian开壳层计算的结果比?

没有说是要拿Orca和Gaussian结果进行比较,现在的想法是他们谁算的快点,结果上理论合理,能使用就行.但是orca使用B97-3c算的结果不合理,虽然这个应该很快.真没有要比较的意思.请问您有什么建议吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-26 11:34

任豹发表于 2021-11-26 09:09
没有说是要拿Orca和Gaussian结果进行比较,现在的想法是他们谁算的快点,结果上理论合理,能使用就行.但是or ...

DFT的单点和优化，开RIJ/RIJCOSX的时候ORCA比Gaussian快（除非是很小的分子，以及分子有高对称的情况），这毫无悬念，根本没有对比的必要，不要做没意义的测试浪费时间。

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-11-26 13:50

任豹发表于 2021-11-26 09:09
没有说是要拿Orca和Gaussian结果进行比较,现在的想法是他们谁算的快点,结果上理论合理,能使用就行.但是or ...

我的意思是，闭壳层和开壳层的结果不一样很正常啊

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-26 15:32

任豹发表于 2021-11-26 02:09
没有说是要拿Orca和Gaussian结果进行比较,现在的想法是他们谁算的快点,结果上理论合理,能使用就行.但是or ...

闭壳层和开壳层不仅结果合理性没有可比性，时间也没有可比性

作者
Author: 任豹 时间: 2021-11-26 16:07

sobereva 发表于 2021-11-26 11:34
DFT的单点和优化，开RIJ/RIJCOSX的时候ORCA比Gaussian快（除非是很小的分子，以及分子有高对称的情况）， ...

社长您好，这个我是知道的。但是orca使用B97-3c算的过渡态优化基本都是失败的，但是使用B3LYP无论是orca还是Gaussian都能成功完成计算，这是否说明我的体系用B97-3c不合适。
不太明白B97-3c和B3LYP差异在什么地方，不知道能否修改参数或者别的方式使用B97-3c计算成功？
我主要是追求速度和合理性。

作者
Author: 任豹 时间: 2021-11-26 16:11

fhh2626 发表于 2021-11-26 13:50
我的意思是，闭壳层和开壳层的结果不一样很正常啊

好的，谢谢。您说的我明白，结果不一样我也能理解。问题是现在是想使用orca的B97-3c完成计算，但实际计算总是失败。如果B97-3c搞不定只能使用B3LYP进行计算。

作者
Author: 任豹 时间: 2021-11-26 16:38

wzkchem5 发表于 2021-11-26 15:32
闭壳层和开壳层不仅结果合理性没有可比性，时间也没有可比性

好的，多谢。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-26 20:31

任豹发表于 2021-11-26 09:07
社长您好，这个我是知道的。但是orca使用B97-3c算的过渡态优化基本都是失败的，但是使用B3LYP无论是orca ...

你的反应用B3LYP算出来的势垒多少？
B97-3c是纯泛函，可能倾向于低估势垒，如果是势垒特别低的过渡态，可能在B3LYP水平下存在，但在B97-3c水平下不存在

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-28 14:29

任豹发表于 2021-11-26 16:07
社长您好，这个我是知道的。但是orca使用B97-3c算的过渡态优化基本都是失败的，但是使用B3LYP无论是orca ...

既然B3LYP能跑出来，就甭拘泥用B97-3c了。你可以用wB97X-D3或M06-2X也跑跑，如果结构和B3LYP也差不多，说明B3LYP结构没问题。
B97-3c侧重于提供一个比较廉价、基本普适、结果通常又还不错的级别，开发者并未指望其普适性和精度能达到较好的杂化泛函的水准（B97-3是基于修改版B97纯泛函的，在ORCA里靠RIJ比杂化泛函便宜得多）

作者
Author: 任豹 时间: 2021-11-28 19:42

sobereva 发表于 2021-11-28 14:29
既然B3LYP能跑出来，就甭拘泥用B97-3c了。你可以用wB97X-D3或M06-2X也跑跑，如果结构和B3LYP也差不多，说 ...

好的,社长.非常感谢.

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