计算化学公社

标题: 质子转移反应过渡态自由能如何计算？ [打印本页]

作者
Author: sylar 时间: 2021-11-25 19:45
标题: 质子转移反应过渡态自由能如何计算？
属于A+B=C+D的过程，A转移一个质子给B，请问这样的话过度态自由能如何计算，是1.过渡态拆分为[A-H+][H+][B]三部分分别计算再相加，还是2.以过渡态状态的[A]与[B]分别计算再相加，还是以一个整体来算，谢谢大家

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-25 19:52
永远按照整体算，因为两个分子之间即使不成键，彼此也是有相互作用的，分开算会漏算这一部分相互作用
另外建议仔细阅读http://sobereva.com/414

作者
Author: sylar 时间: 2021-11-25 20:08
谢谢老师，请问反应物和产物的自由能要分开算再相加吗

作者
Author: sylar 时间: 2021-11-25 20:34

wzkchem5 发表于 2021-11-25 19:52
永远按照整体算，因为两个分子之间即使不成键，彼此也是有相互作用的，分开算会漏算这一部分相互作用
另外 ...

谢谢老师，还有点不明白，《谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生》中说双分子的反应要分别计算反应物自由能，那我需要做的是反应物和产物的自由能分开算再相加，过渡态以一个整体来看，是这样吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-25 22:02
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-11-25 15:04 编辑

sylar 发表于 2021-11-25 13:34
谢谢老师，还有点不明白，《谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生》中说双分子的反应要分别计算反应物自 ...

是的，过渡态就是过渡态，不能因为过渡态里的反应物分子也是完整的，就把过渡态也拆开算。另外，只有当你确定这个反应是单步、双分子反应时，才应该这么做。有的反应表面上看是A+B反应生成C+D，但实际是先生成非共价复合物AB，AB再反应生成C+D，也就是说其实是两步反应。此时应当再多做一个计算，看看AB的自由能是否低于A和B的自由能之和，如果确实低于，那么AB是休眠种，计算时应当用过渡态的自由能减去AB的自由能，而不是减去A和B的自由能之和。

作者
Author: sylar 时间: 2021-11-26 08:32

wzkchem5 发表于 2021-11-25 22:02
是的，过渡态就是过渡态，不能因为过渡态里的反应物分子也是完整的，就把过渡态也拆开算。另外，只有当你 ...

明白了，谢谢您！

作者
Author: xxzj 时间: 2021-12-3 18:56
本帖最后由 xxzj 于 2021-12-3 18:58 编辑

wzkchem5 发表于 2021-11-25 22:02
是的，过渡态就是过渡态，不能因为过渡态里的反应物分子也是完整的，就把过渡态也拆开算。另外，只有当你 ...

老师，图片2中显示Ag离子和烯烃以及氧离子同时配位，但是不知道初猜结构在gaussview中如何绘制，试了几种但是优化后都不正确，附了其中一种自己的猜测，想请问老师，如果在gaussview中正确放置Ag离子的位置？
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作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-12-3 19:28

xxzj 发表于 2021-12-3 11:56
老师，图片2中显示Ag离子和烯烃以及氧离子同时配位，但是不知道初猜结构在gaussview中如何绘制，试了几种 ...

烯烃少了两个氢，先把氢补上再算。此外注意检查总体系电荷，文献没有标出电荷不代表总体系一定是中性，一定要透彻理解这个体系，确定总体系电荷，再确定自旋多重度，再算

作者
Author: liusci 时间: 2022-7-7 15:40

sylar 发表于 2021-11-25 20:34
谢谢老师，还有点不明白，《谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生》中说双分子的反应要分别计算反应物自 ...

请问楼主，还是在A+B-------C+D的情况下
算吉布斯自由能产物减去反应物的自由能是不是意思是说这里的产物和反应物的值都是分开算再相加得到
而不是以整体优化再算单点能得到的
谢谢

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