计算化学公社

标题: 为什么重复进行的介电常数模拟结果差这么多？ [打印本页]

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2021-11-26 09:40
标题: 为什么重复进行的介电常数模拟结果差这么多？
本帖最后由 yaoyuan0711 于 2021-11-26 09:40 编辑

各位老师好！我在用ACPYPE脚本产生的top文件，结合RESP2电荷计算有机小分子（环丙基甲基酮）的介电常数。
利用迭代的方法将介电常数的值确定到13.79了（与上一步迭代结果相差0.2），然后用eps=13.79计算了RESP2电荷，利用完全相同的输入文件（2000分子，10ns）计算介电常数。（gro文件上传不了）

7次的结果分别为13.16，13.09，13.39，13.61，13.43，13.83，13.81。7次的结果怎么相差这么大？下一步应该全部相加除以7继续迭代？
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作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-26 11:28
轨迹跑得越长，统计误差越小，结果可重复性越好。而且确保统计的是轨迹已经平衡的区间
原理上，你统计100ns的轨迹，等于10次10ns的轨迹结果取平均

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2021-11-26 11:37

sobereva 发表于 2021-11-26 11:28
轨迹跑得越长，统计误差越小，结果可重复性越好。而且确保统计的是轨迹已经平衡的区间
原理上，你统计100n ...

我是按照您培训的内容，在模拟之前进行了预平衡200ps，然后跑10ns的产生相，温度在298.15K左右震荡，算是“轨迹已经平衡的区间”吗？这个平衡怎么判定呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-26 11:56

yaoyuan0711 发表于 2021-11-26 11:37
我是按照您培训的内容，在模拟之前进行了预平衡200ps，然后跑10ns的产生相，温度在298.15K左右震荡，算是 ...

看温度、压力、盒子尺寸、势能等等

为保险起见，建议取1ns之后的。分子越大，运动弛豫越慢，通常需要更长时间的平衡。

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2021-11-29 09:02

sobereva 发表于 2021-11-26 11:56
看温度、压力、盒子尺寸、势能等等

为保险起见，建议取1ns之后的。分子越大，运动弛豫越慢，通常需要 ...

好的，明白了，谢谢sob老师

作者
Author: ayanamiyao 时间: 2021-12-28 17:41

sobereva 发表于 2021-11-26 11:28
轨迹跑得越长，统计误差越小，结果可重复性越好。而且确保统计的是轨迹已经平衡的区间
原理上，你统计100n ...

sob老师，小弟遇到个困难，用Gromacs模拟的水介电常数误差太大，无奈只能在这里召唤您来指点迷津，我发了个帖子，劳烦您移步帮忙看一下，感激不尽~
请教各位大神，计算液体介电常数，但误差太大，如何校正？
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=19940
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-10-11 15:02

sobereva 发表于 2021-11-26 11:28
轨迹跑得越长，统计误差越小，结果可重复性越好。而且确保统计的是轨迹已经平衡的区间
原理上，你统计100n ...

老师您好，这里说用到了迭代的方法，请问这个应该怎么做啊？您这里说统计100ns的轨迹，等于10次轨迹的平均，这样的话就不需要进行迭代了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-12 01:02

yangjunfang 发表于 2022-10-11 15:02
老师您好，这里说用到了迭代的方法，请问这个应该怎么做啊？您这里说统计100ns的轨迹，等于10次轨迹的平 ...

我的回复里没提到过什么迭代，也根本不需要任何迭代测试模拟结果随模拟时间长度的收敛性是另一码事

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-10-12 09:37

sobereva 发表于 2022-10-12 01:02
我的回复里没提到过什么迭代，也根本不需要任何迭代测试模拟结果随模拟时间长度的收敛性是另一码事

好的，谢谢您，那使用MD计算静态介电常数时需要用迭代的方法吗，如果需要的话应该怎么弄呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-12 12:32

yangjunfang 发表于 2022-10-12 09:37
好的，谢谢您，那使用MD计算静态介电常数时需要用迭代的方法吗，如果需要的话应该怎么弄呢

都说了，没有“迭代”的概念

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-10-12 16:22

sobereva 发表于 2022-10-12 12:32
都说了，没有“迭代”的概念

好的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-12 16:35

yangjunfang 发表于 2022-10-11 08:02
老师您好，这里说用到了迭代的方法，请问这个应该怎么做啊？您这里说统计100ns的轨迹，等于10次轨迹的平 ...

应该是楼主提到了迭代，sob老师没提。
我觉得指的可能是，跑MD确定介电常数需要拟合RESP2电荷，拟合RESP2电荷需要考虑溶剂模型，溶剂模型又需要知道介电常数，所以必须重复多次【拟合RESP2电荷→跑MD】的循环，直到介电常数收敛

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-10-13 08:55

wzkchem5 发表于 2022-10-12 16:35
应该是楼主提到了迭代，sob老师没提。
我觉得指的可能是，跑MD确定介电常数需要拟合RESP2电荷，拟合RESP ...

是这个意思，我说法不够准确，误导别人了

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-10-13 10:35

wzkchem5 发表于 2022-10-12 16:35
应该是楼主提到了迭代，sob老师没提。
我觉得指的可能是，跑MD确定介电常数需要拟合RESP2电荷，拟合RESP ...

好的好的，明白了，非常感谢

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