计算化学公社

标题: 请问charmm36m力场如何给短肽的C端加NH2封闭？ [打印本页]

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2021-11-26 10:13
标题: 请问charmm36m力场如何给短肽的C端加NH2封闭？
本帖最后由对抗路达摩于 2021-11-26 10:19 编辑

在gromacs上跑短肽自组装模拟，之前短肽C端加的是氮甲基封闭，在charmm36m的aminoacids.rtp里面有一个叫NME的残基名，可以类似残基地将NME加到pdb里面然后用pdb2gmx命令生成拓扑文件。现在想改用NH2封闭，但aminoacids.rtp里面并没有找到相应的残基名字。请问各位有在gromacs里面用charmm力场加过NH2封闭嘛？应该如何操作？感觉这应该是有自带的参数化好的NH2 cap吧，虽然我也可以用之前charmm27里面的一些参数，但害怕这样就丢掉了charmm36m本身相对于charmm27的准确性。

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2021-11-26 11:18
最后还是把课题组已经毕业的师姐的charmm27的参数直接套用过去了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-26 11:30
挪用charmm27的就可以。最末端细枝末节的参数无关紧要

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)